С самого начала своего понтификата в ноябре 1305 г. папа Климент V запросил мнение магистров военных орденов о подготовке крестового похода и о проекте объединения орденов. 6 июня 1306 г. магистров официально пригласили в Пуатье, где поселился Климент V, для обсуждения этой проблемы. По просьбе папы Жак де Моле написал две памятных записки, по одной по каждому из вопросов. Они были написаны летом 1306 г. и переданы папе осенью. Встреча в Пуатье, сначала намеченная на первую половину ноября 1306 г., была отложена из-за болезни папы; но Жак де Моле покинул Кипр около 15 ноября 1306 г. и в конце ноября или начале декабря высадился во Франции. Из того, что он делал в первой половине 1307 г., известно не всё: может быть, он ненадолго заезжал в Париж? Во всяком случае, во второй половине мая он был в Пуатье. По ключевому вопросу объединения орденов великий магистр стоял на своем; это было досадно, потому что он раздражал французского короля, противореча его амбициям, и мешал папе в переговорах с королем по щекотливой проблеме осуждения памяти Бонифация VIII, осуждения, которого король любой ценой хотел добиться. К тому же это вредило попыткам организовать крестовый поход. Эта непримиримая позиция великого магистра ослабляла орден Храма, когда — Жак де Моле узнал об этом во время данной поездки — об ордене ходили клеветнические слухи. Король и его советники во главе с Гильомом де Ногаре не упустят случая воспользоваться этой слабостью.
Жак де Моле приехал в Париж в связи с капитулом ордена, намеченным на 24 июня; он встретился с королем, с которым говорил об обвинениях, выдвинутых против ордена Храма. Отчасти успокоенным он вернулся в Пуатье, где провел лето, однако он просил папу поскорее провести тщательное расследование, чтобы очистить орден от нависших над ним подозрений. 24 августа папа объявил о намерении начать следствие с согласия ордена. Но король Франции не собирался выпускать из рук задуманное дело. 14 сентября 1307 г. он под большим секретом начал операцию, которая завершилась 13 октября 1307 г. арестом всех тамплиеров королевства и конфискацией их имущества. Жак де Моле был арестован в Париже, куда вернулся на днях для участия в похоронах Екатерины Валуа.
Допрошенный 24 октября, он признался, что был принят в орден Храма по непристойному ритуалу, включенному в состав ритуала безупречно ортодоксального, который описан в уставе. Магистр фактически признал только отречение от Христа и плевок на крест, но, вынужденный на следующий день повторить свои показания публично, он дал королевской пропаганде против ордена Храма достаточно аргументов, чтобы полностью дискредитировать Храм и его членов, тем более что королевские агенты добились от него письма, адресованного всем тамплиерам, в котором он требовал признать эти факты. Чтобы перехватить инициативу, Климент V 22 ноября 1307 г. отдал приказ арестовать тамплиеров во всем христианском мире.
Тем не менее папа хотел выслушать Моле; в декабре он послал в Париж кардиналов. Перед ними Жак де Моле отрекся от своих показаний. Тогда началась борьба между папой и королем, которая в августе 1308 г. завершилась компромиссом. Булла «Рас1епз гшзепсогшат» дала ход двум процессам, которые после тщательного расследования, проведенного епископами и папскими комиссиями, должны были завершиться судом над отдельными личностями и судом над орденом; судьбу ордена Храма предстояло решить собору, который должен был собраться во Вьенне. Что касается сановников ордена, в том числе Жака де Моле, их будет судить папа. Через недолгое время в Ши-ноне, в королевском замке, Жак де Моле, вновь допрошенный кардиналами, но в присутствии королевских агентов, вернулся к своим показаниям от 24 октября 1307 года. Потом на год наступило молчание. Постепенно формировались комиссии. Папская комиссия по Французскому королевству начала допросы в Париже в ноябре 1309 года. Жак де Моле дважды давал перед ней показания, 26 и 28 ноября; он дал понять, что не признает обвинений, выдвинутых против ордена, но на тот момент избрал тактику защиты, от которой уже не откажется, — ничего не говорить комиссии и целиком положиться на суд папы.