Он начал открыто жаловаться на свою жену за то, что она бездумно тратит большие денежные суммы. Он выражал недовольство тем, что она использует самолеты и вертолеты «Олимпик Эрлайнс» для личных целей. Его вывело из себя то обстоятельство, что она, пригласив гостей в свою квартиру на ужин к шести часам, появилась только в 8.30. Более чем два с половиной часа Онассис выполнял роль хозяина, развлекая таких людей, как Фрэнк Синатра, Питер Душин и Леонард Бернстайн. За несколько минут до прихода мэра Нью-Йорка и миссис Линдсей, Джекки, наконец, вышла из своей комнаты, держась так, как будто ничего не произошло.
Он жаловался на то, что она позволяет детям делать все, что они хотят, особенно подчеркивая то, что она разрешает им носить грязные джинсы. Он чувствовал, что она могла бы приложить больше усилий для сближения с его детьми, которые отвергали ее. Онассис свободно говорил на шести языках, но не читал книг и не мог понять, как может Джекки проводить столько часов за чтением в полном одиночестве.
Вскоре он начал проводить еще больше времени без Джекки, чем раньше. Он просил у нее извинения за то, что ему приходится подолгу оставаться за границей, ибо того требуют дела, но в действительности он терял интерес к своей империи.
Оставив Джекки в Нью-Йорке, он совершил продолжительный круиз вместе с дочерью, единственной наследницей империи Онассиса. Естественно, он скептически относился к тому, что женщина может управлять делами, но после смерти сына у него уже не было выбора, и ему пришлось подготавливать Кристину.
Впервые в жизни на Кристину ложился груз ответственности. До этого она вела бессмысленную жизнь, развлекалась с плейбоями и представителями высшего света, теперь же ей пришлось часами проходить науку управления делами. Но она все еще находилась в глубокой депрессии после смерти брата и, в отличие от отца, не могла найти забвения в работе. Она начала удаляться от родственников и друзей. Через несколько недель в Лондоне она приняла сверхдозу каких-то таблеток и была доставлена в больницу под вымышленным именем. Ее жизнь удалось спасти.
Едва оправившись, она узнала, что ее мать, Тина Ниаркос, умерла в парижском отеле от воспаления легких. Услышав это, Онассис немедленно отправился к Ниаркосу, своему давнему врагу. Кристина прибыла через несколько часов и потребовала проведения вскрытия. Ожидая установления подлинной причины смерти матери, она подозревала, что Ниаркос имеет к этому какое-то отношение. Когда ее тетя Евгения умерла, отравившись большой дозой снотворного, вскрытие показало, что у нее на теле имеется 14 ран, которые, по предположению врачей, нанес ей муж, чтобы привести ее в чувство. Делались предположения, что он намеренно пытался убить ее, но ничего конкретного доказать не удалось. Через год мать Кристины, Тина, развелась, с маркизом Блэнфордским и вышла замуж за Ниаркоса.
Вскрытие подтвердило воспаление легких, но Кристину это не убедило. Позднее она скажет, что, если бы Ставрос спал в той же спальне, что и его жена, она была бы жива. Ниаркос чувствовал ее враждебность. В гневе он сообщил репортерам, что его жена впала в депрессию после того, как посетила в больнице Кристину. Он сказал также, что Тина не могла оправиться от шока, вызванного попыткой самоубийства дочери. Факт, который Кристина тщательно скрывала. Позднее Кристина пыталась отсудить наследство в 300 миллионов долларов, которое он получил после смерти жены.
Онассис не в силах был присутствовать на похоронах жены. Он чувствовал себя усталым, старым человеком и стал задумываться о своей смерти. Позднее он слег в одну из нью-йоркских больниц с диагнозом «миастения». Врачи, опасаясь, что болезнь может повлиять на его сердце, настаивали на тщательном обследовании. В случае миастении нарушается правильный обмен веществ, что ведет к нарушениям в деятельности нервов и мышечной системы. У Онассиса болезнь выражалась в том, что он не мог открыть глаза, и его веки необходимо было прикрепить ко лбу. Чтобы скрыть это, ему пришлось носить солнцезащитные очки.
Джекки искренне пыталась облегчить его страдания, связанные со смертью сына. Она пригласила Пьера Сэлинджера с женой в круиз на «Кристине» из Дакара к Антильским островам. Она постоянно говорила Аристотелю, что ему нужно отправиться в путешествие, хорошенько отдохнуть и забыть все дела. Тогда он почувствует себя гораздо лучше. В прошлом это срабатывало, но теперь он получал мало удовольствия от путешествий. Он даже не мог спать ночами.