Смерть отца (1531) предоставила Жану полную свободу и он с жаром отдается своим увлечениям. Сначала он хотел составить себе имя ученого литератора в духе Эразма. В 1532г. он издает комментарий на трактат Сенеки "De Clementia" ("О кротости"). Это работа филологическая, но в ней уже виден интерес и к вопросам политическим. Переход Кальвина к протестантизму был результатом медленной и сложной рассудочной работы. Сам он о процессе своего перерождения говорит мало. В знаменитом предисловии комментария к Псалмам, рассказывая вкратце о своей жизни, он только упоминает, что Божественная истина, как молния, озарила его и он понял, "в какой бездне заблуждений, в какой глубокой тине погрязла до тех пор его душа. И тогда, о Боже, я сделал то, что было моим долгом, и со страхом и слезами, проклиная свою прежнюю жизнь, направился по Твоему пути" (115,с.180).
Сначала Кальвин придерживался умеренного направления, к которому принадлежали члены кружка Маргариты Наваррской, сестры Франциска I, и мечтал в духе Эразма о проповеди чистого Евангелия на почве существующих учреждений. Но вскоре гуманистические занятия заброшены окончательно и "гуманист становится теологом, Библия и отцы церкви навсегда вытесняют классиков" (115,с.180). Очень быстро он становится знаменит: "Все, что было предано чистому учению, собиралось вокруг меня, чтобы поучаться у меня, неопытного молодого человека" (115,с.181). Вскоре ему приходится спешно уезжать из Парижа. Как рассказывает в своей биографии Теодор Беза, это было связано с его участием в одной демонстрации в день Всех Святых в октябре 1533г. Во время обыска в его квартире ему удается бежать через окно. Переодевшись в крестьянское платье, он покидает Париж. Под именем д' Еспевилля отправляется в Южную Францию. Об этом периоде его жизни достаточной информации нет. Он много скитается по западной и южной Франции, даже по Италии, пытается проповедовать. Во время пребывания в Ангулеме у каноника Луи дю Тиллье он задумывает свой великий труд. Правительство не особенно рьяно разыскивает его, он смог даже съездить в свой родной Нуайон и отказаться от бенефиция. Эмиграция его из Франции поздней осенью 1534г. была, видимо, добровольной, но так или иначе она была связана с начавшимися в 1533г. религиозными преследованиями. Французский протестантизм принял радикальный характер к этому времени и потому желающих срочно покинуть страну оказалось немало. Кальвин отправляется сначала в Страсбург, а затем в Базель. Здесь проживал стареющий Эразм, который, впервые увидев будущего реформатора, сразу оценил его и заметил, что "в лице этого молодого человека против церкви готовится страшный бич". И именно здесь, в Базеле, в 1535г. появилось первое издание "Наставления в христианской вере". Оно состояло всего из 6 глав, шестое, прижизненное, издание 1559г. состояло уже из 4 книг, подразделявшихся на 80 глав. За каждым латинским изданием обычно следовал его французский перевод. Это сочинение сразу создало Кальвину славу одного из крупнейших богословов эпохи.
Когда летом 1536г. Кальвин на короткое время остановился в Женеве, Г. Фарель постарался привлечь его на сторону реформаторского лагеря. Кальвин был приглашен для чтения богословских лекций, но скоро занял видное место среди проповедников. Начинается период его активной реформационной деятельности.
Кальвинистская реформация в Женеве.
"Беспорядок" в Женеве поразил Кальвина : "Когда я впервые увидел эту церковь, она представляла нечто бесформенное. Проповедовали - и это было все. Разыскивали идолов и сжигали их - и в этом заключалась вся Реформация. Всюду господствовал хаос" (115,с.206). В этот хаос Кальвин решается внести порядок.
Одной из первых своих забот у него стало составление катехизиса, где в общедоступной форме излагались бы основы нового учения. Он представлял из себя конспект из "Наставления" и, по мысли автора, должен был быть распространен в народе и служить руководством для школьного преподавания. С этой же целью Кальвин составляет евангельское исповедание в 21 тезисе. На рассмотрение магистрата был предложен проект нового церковного устройства. Основные его черты таковы:
основой церкви должна быть правильная вера ее членов и нравственная чистота общины;
для обеспечения того и другого все граждане должны подписать формулу исповедания и присягнуть ей. Отрекшиеся люди должны быть исключены из церкви;
должен был быть установлен надзор за частной жизнью граждан. Осуществлять его должны проповедники и старейшины. К недостойным членам должно быть применено отлучение.
Этот проект Кальвина был принят магистратом, но принятие присяги провести не удалось. Более того, сложилась серьезная оппозиционная Кальвину группировка. В городе под влиянием анабаптистов прокатились выступления плебса, было разгромлено несколько католических церквей. По приказу магистрата несколько анабаптистских проповедников было казнено, а остальным приказали покинуть Женеву. Консервативные слои женевского бюргерства использовали эти непопулярные мероприятия своих политических противников "новых горожан" и на выборах 1538г. снова пришли к власти. В начале этого года друзья Ж. Кальвина и Г. Фареля были исключены из магистрата, а в апреле изгнаны из Женевы оказались и сами Кальвин и Фарель. Кальвин отнесся к своему поражению достаточно спокойно: "Если б мы служили людям, то были бы плохо вознаграждены, но мы служили Богу, и награда от нас не уйдет". В течении года Кальвин пытается добиться компромисса со своими противниками из-за боязни, что его объявят схизматиком, который внес раскол в общину. Поселился Кальвин в г. Страсбурге, где его назначают лектором при академии и проповедником при французской церкви св. Николая. Он комментирует послания ап. Павла, принимает участие в публичных диспутах. Его лекции приезжают слушать даже из Англии. Летом 1539г. было готово к печати второе издание "Наставления" и издано толкование к "Посланию к Римлянам" - одно из лучших экзегетических произведений реформатора. К этому же времени относится и "Небольшой тракта о Святом причастии", предназначавшийся для "простой публики" и потому написанный по-французски. В это же время он является руководителем страсбургской общины французских эмигрантов и проводит в ней ряд реформационных мероприятий. В частности, им была введена строгая нравственная дисциплина. Страсбургские реформаторы Буцер и Капитон втянули его в обсуждение общецерковных вопросов и Кальвин, несмотря на свое незнание немецкого языка, принял активное участие в работе Франкфуртского сейма и религиозных конференций в Гагенау и Вормсе в 1539 и 1540гг., а также особенно важного регенсбургского сейме весной 1541г. Уже здесь им была проявлена особая решимость в проведении всех необходимых церковных преобразований. Кальвин возлагал большие надежды на эти сеймы и надеялся достичь полного соглашения между всеми протестантскими партиями ради торжества победы над католиками. За деятельность по объединению протестантских князей вокруг французского короля Франциск I даже поблагодарил его через свою сестру. Но работа сеймов закончилась практически безрезультатно, немецкие протестанты считали Кальвина излишне фанатичным. Это было одно из причиной принятия Кальвиным приглашения вернуться в Женеву.
На выборах 1540г. в Женеве снова победили "новые горожане" ("рьяные"). По обвинению в государственной измене синдик Жан Филипп (он уступил часть женевских владений Берну) был казнен. Казнены были и 3 других синдика, содействовавшие изгнанию Кальвина. Победители сразу же обратились ко всем "гиллерменам" (от имени Фареля Guillaume) с призывом возвратиться в город. В сентябре 1541г. Кальвин с триумфом был встречен в Женеве. Его проект церковных ордонансов (ordonnances ecclesiastiques), однако, был принят магистратом лишь после долгих споров и с ограничениями. Этот проект представлял из себя следующее: