1)устанавливались четыре церковных чина:
пасторы (ministres, pasteurs),
доктора для преподавания в школе,
старейшины (anciens) для нравственного надзора за гражданами,
диаконы, для различных благотворительных дел.
Старейшины и диаконы избирались из числа светских лиц магистратом (старейшины - из правительственных органов). Церковные должности тоже замещались магистратом, по рекомендации пасторов и после экзамена.
Создавалась консистория из 12 старейшин и 8 пасторов, которая разбирала особо важные проступки против нравственности и отступления от истинной веры. В менее серьезных случаях пасторы и старейшины, постоянно совершавшие обходы по домам, ограничивались частным внушением.
Из церковного обихода устранялись украшения, символы, церемонии.
Отменялись последние праздники, оставленные Реформацией (Рождество, Обрезание, Благовещение, Вознесение) и оставлялось только Воскресение.
В 1543г. вышло третье издание "Наставления в христианской вере", где содержалась подробная программа церковного переустройства. По этой программе предусматривалось разделение светской и церковной сфер. Наблюдение за нравственностью входило в сферу церковных органов. Выборы в консисторию и в пасторы должны были быть демократическими. Кандидаты назначались пасторами, но избрание совершалось при общем собрании всех членов общины. Они подвергались суровому экзамену, во время которого выяснялись их правоверность, умение проповедовать, безупречность их поведения. Избранные должны были принести присягу в ревностном соблюдении своих духовных обязанностей и соблюдении гражданских законов, "насколько последние не будут противоречить его обязанностям перед Богом". Пасторы приравнивались к пророкам и апостолам : они должны были "возвещать слово Божье, учить, увещевать народ, раздавать причастие и вместе со старейшинами налагать церковные наказания". Снисходительность к грешнику не подобает пастору, ибо он не только провозвестник истины, но и ее защитник, "мститель" за обиды, нанесенные имени Божьему. Он должен подражать той "страстности, с которой Павел обрушивался на ложных пророков". О содержании пасторов должна заботиться община. Кальвин не требовал от них евангельской бедности и даже не запрещал им заботиться о приумножении своих богатств, если это не противоречит строгой нравственности. Он видел в материальной обеспеченности средство для большей независимости духовного сословия. В своих проповедях и на заседаниях совета часто настаивал на возвращении новому духовенству церковного имущества, отобранного у католиков.
Положение самого Кальвина в общине выросло необычайно. На протяжении 1540-1564гг. он фактически правил городом. Авторитет его был настолько высок, что враги даже прозвали его "женевским папой". Он помимо всего прочего занимается и дипломатической перепиской, редактированием политического, судебного, полицейского законодательства Женевы. Беспорядки предыдущей эпохи привели управление Женевы в большое расстройство, Кальвин пытается привести все в порядок. Уже в начале 1543г. комиссия под его руководством провела ряд мероприятий: были установлены определенные рамки для деятельности различных государственных органов, четко и ясно обозначены обязанности должностных лиц. До мельчайших подробностей было разработано судебное устройство. Кальвин пишет подробные инструкции для смотрителей за постройками, для пожарной команды, даже правила для ночных сторожей. Недаром Кальвин изучал в свое время право. Почти каждый день он появлялся перед городским советом со своими докладами, донесениями и извещениями. Но его личное влияние не могло обеспечить беспрепятственного проведения реформ. Чем больше проводилась реформа, тем сильнее становились оппозиционные настроения среди населения и в самом магистрате. В данном случае немалую роль играли сами мероприятия магистрата. Запрещались танцы, театральные представления, азартные игры. За произнесение кощунств и проклятий налагались строгие наказания. Как признавал один из почитателей Кальвина, законы его "были писаны кровью и огнем". "Проповедь Кальвина не упала на бесплодную почву. Вряд ли можно найти, даже в те времена, другое государство, где бы при таком небольшом населении и в такой промежуток времени совершено было так много казней: 58 смертных приговоров и 76 декретов об изгнании в такое сравнительно мирное время, каким был первый период его деятельности в Женеве (1542 - 1546гг.), лучше всего показывают, как охотно женевские власти пользовались своим правом. Но еще ужаснее была та жестокость, которой отличалось само судопроизводство. Пытка была необходимой принадлежностью всякого допроса - обвиняемого пытали до тех пор, пока он не признавал обвинения, подчас в мнимом преступлении. Детей заставляли свидетельствовать против родителей. Иногда простого подозрения достаточно было не только для ареста, но и для осуждения: в числе этих 76 человек, осужденных на изгнание, 27 были осуждены только по одному подозрению. Человеческая жизнь словно потеряла всякую цену в Женеве." (115,с.230) Кальвин протестовал против подобной жестокости. Магистрат же попытался даже закрыть трактиры и заменить их собраниями граждан (так называемые аббатства, по одному в каждом из 5 городских кварталов), под надзором властей, для религиозных бесед. Хозяин заведения был правительственным чиновником и следил, чтобы гости не садились за стол без предварительной молитвы, не божились, не вели себя неприлично, не вступали в бесполезные прения. Неутомимый в работе, Кальвин того же требовал и от других. Никто не имел права бездействовать. Исчезли из города нищие. Кальвин старался стимулировать экономическую жизнь Женевы, но, в то же время, был против излишнего обогащения. Один раз он даже сказал, что "народ надо держать в бедности, иначе он перестанет быть покорным" воле Божьей. Хотя Женева утратила в силу целого ряда причин свое прежнее экономическое значение, но зато, по выражению французского историка Мишле, сделалась "городом духа, основанным стоицизмом на скале предопределения".
Широко хлынул поток религиозных эмигрантов из Италии, Англии, Нидерландов и особенно Франции. Французских эмигрантов оказалось настолько много, что через 15-20 лет они составили не менее половины населения Женевы. Этими пришельцами оказались недовольны особенно городские низы, увидевшие в них основную причину повышения цен и упадка ремесел. Их недовольство обрушилось прежде всего на пасторов и особенно Жана Кальвина. Недовольны многие горожане оказались и преследования за нарушение моральных запретов, которым подвергались все независимо от их должности и положения. В 1546г. за участие в танцах был осужден целый ряд высших должностных лиц города, в том числе генеральный капитан и первый синдик. Они выслушали суровое внушение и принесли публичное покаяние. В 1547г. образовалась сильная партия недовольных ("перринисты"), которые стремились ограничить влияние Кальвина и в большей степени подчинить консисторию и коллегию пасторов магистрату. Особым нападках с их стороны подвергалось церковное отлучение. В основе их деятельности лежали идеи У. Цвингли, поэтому значительная часть протестантов Швейцарии, особенно из Берна, оказалась на их стороне.
Выступили против кальвинистов и различные радикальные группировки, в частности анабаптисты и "либертины", с которыми Кальвину пришлось полемизировать в своей работе "Contre la secte furieuse des Libertins, nommes spirituels" ("Против неистовой секты либертинов, именуемых спиритуалами", 1545). По их учению, существует лишь единая Божественная субстанция, которая проявляется во всех творениях. Все, что создано, происходит от Бога и есть сам Бог. Бог есть все - и материя и дух. Следовательно, все божественно: нет ни ангелов, ни демонов, ни добра, ни зла, ни правды, ни лжи. Евангелие Божественно, но как и всякая друга книга. Все земные блага должны быть общей собственностью. Подобные идеи довольно широко были представлены в так называемой народной реформации.
Пользуясь попустительством магистрата, недовольная молодежь стала выступать против пасторов, задирать их на улице, демонстративно нарушать различные запреты, преследовать французов. Доклады и жалобы Кальвина, как правило, оставались без последствий. В 1549г. Кальвин и Генрих Буллингер заключили Цюрихское соглашение, по которому устанавливалось единство цвинглианской и кальвинистской церквей в некоторых спорных вопросах и закладывалась, таким образом, основа для их дальнейшего сближения. Но большинство цвинглианских проповедников все еще оставалась в оппозиции к Кальвину.