Вскоре в среде нидерландских кальвинистов произошел раскол. Выделилась группа "гомаристов" во главе с профессором Лейденского университета Ф. Гомарием (Gomarus, 1563 - 1641) - рьяных кальвинистов, принимавших беспрекословно концепцию предопределения и последовательно придерживавшихся остальных постулатов. От них отделились "арминиане", которых возглавил Якоб Арминий (1560 - 1609), бывший сначала проповедником в Амстердаме, а потом профессором в Лейденском университете. Он обучался в Лейдене и Женеве у Т. Безы и много путешествовал по Италии. "Ересь" Арминия начала формироваться еще во время пребывания его в Амстердаме, где он вмешался в спор между "супралапсариями" и "инфралапсариями". Первые утверждали, что предопределение к спасению было дано еще до грехопадения, а вторые - после него и в связи с ним. Позиция самого Арминия была близка взглядам Пелагия (5в.), утверждавшего, что первородный грех не может иметь принципиального значения для человеческого рода, ибо является личным делом только самого Адама. В 1609г. уже в Гааге Арминий резко выступил против учения о предопределении в целом, ибо считал, что оно противоречит понятию о Боге и представляет его виновником греха. В 1610г., вскоре после смерти Арминия, группа его сторонников (среди которых был и автор трудов о международном праве Гуго Гроций) сделала штатам Голландии и Западной Фрисландии представление ("remonstrantia"), где утверждалось, что Бог до творения мира вечным непреложным установлением (aeterno immutabili decreto) , благоволил во Христе, ради Христа и через Христа спасти тех, которые благодатью Святого Духа (spiritus sancti gratia) веруют в Сына Его, и наоборот, - осудить тех, кто не обратился. К этому религиозному спору примкнули разные политические партии. Республиканская партия и арминиане потерпели поражение в борьбе с гомаристами и монархической партией. Учение арминиан было осуждено на национальном соборе в Дордрехте (1618-19). Это была действительно международная ассамблея кальвинистов, поскольку из 130 ее участников 28 были кальвинистами из Англии, Бремена, Гессы, Палатината, Швейцарии и Франции. Были выработаны 5 кальвинистских статей - каноны Дорта, которые противостояли "Ремонстрации" 1610г.. Гонения на арминиан продолжались до 1625г. Арминианство оказало значительное влияние на одну из разновидностей англиканской церкви в 17в., на движение методистов в 18в. и на Армию спасения.
Французский кальвинизм по своим идеям и организации был ближе всего к кальвинизму швейцарскому. Интерес французских гуманистов к истории раннего христианства и лютеранское влияние стали факторами, стимулировавшими возникновение своих протестантских настроений. Жан Кальвин стал именно тем человеком, которого не хватало на первом этапе французской Реформации. Широко стали распространяться идеи Кальвина во Франции при короле Генрихе II. В отличие от Франциска I, нередко использовавшего протестантов в своей борьбе с императором Карлом V, этот король прямо поставил перед собой задачу искоренения этой ереси. Он издал против французских протестантов (гугенотов - huguenots) целый ряд строгих постановлений и учредил при парламентах особые палаты для суда над еретиками (chambres ardentes). Результат, однако, оказался прямо противоположным. Именно при Генрихе II кальвинизм во Франции достиг наибольшего распространения. Сами гонения вдохновили Кальвина на его первое сочинение "Наставления в христианской вере" в 1536г. Это сочинение было традиционной апологетикой, в которой автор пытался защитить французских христиан, доказать их верность государству и призывал покончить с гонениями. Первыми приняли кальвинизм вальденсы в Южной Франции. К концу 50-х годов в стране насчитывалось до 2 тысяч кальвинистских общин (по некоторым сведениям до 400 тысяч французов были протестантами), а в 1559г. собрался первый церковный синод в Париже, принявший "Галликанское исповедание веры", первый набросок которого был подготовлен Кальвином. В нем был излагался детальный план создания церковной организации, которая должны была охватить всю Францию. Соседние общины объединялись в коллоквии, коллоквии - в провинции. Каждая группа имела свои собрания, свои консистории, своих выборных пасторов и старейшин. Функционировали провинциальные и генеральные собрания представителей общин.
Ж. Кальвин всячески поддерживал французских протестантов и "был настолько же вождем французских протестантов, сколько и протестантов Женевы" (45,с.259-260). Более 150 пасторов, обученных в Женеве, были посланы во Францию в 1555 - 1556гг.
Наибольший успех кальвинизм имел на юге и юго-западе Франции и в соседней с Францией Наварре. Король Наварры Антуан Бурбон стал одним из вождей партии гугенотов. Особенно охотно принимало кальвинизм дворянство, в среде которого чисто религиозные устремления переплетались с политическими целями и социальными идеалами. Кальвинистские представления представлялись удобным средством для возвращения феодальному дворянству политических прав и привилегий, утраченных ими за предыдущее столетие. Ослабление королевской власти при сыновьях Генриха II благоприятствовало политическим притязаниям феодальной аристократии и борьба за религиозную свободу слилась с борьбой за власть. С переходом гугенотов к политическим целям принципы кальвинистской организации были использованы в партийном строительстве. Особенно активно эта работа шла после Варфоломеевской ночи (1572). На юге и западе Франции гугеноты находят поддержку в сепаратистских устремлениях части дворянства и горожан и создают федерацию областей с представительными учреждениями. Целый ряд талантливых публицистов и историков (Франсуа Отман, Агриппа д'Обинье и др.) развивает с применением кальвинистских идей республиканские и конституционные теории, доказывают исконность представительных учреждений во Франции. Своего короля Генриха Наваррского гугеноты воспринимали как конституционного государя. Гугеноты стали настолько мощны и хорошо организованы, что практически создали как бы королевство в королевстве. В связи с этим государство перешло от политики гонений 1538 - 1562гг. к политике религиозной войны. С 1562 по 1598гг. прошло восемь жестоких войн и погромов. Во время Варфоломеевской ночи только в Париже было убито примерно 2 тысячи человек, а в общей сложности было уничтожено свыше 20 тысяч человек.