Дальнейшее развитие кальвинистского учения о Церкви, строго говоря, связано не только с самим Кальвином. Большое влияние на раннем этапе на его взгляды оказал Мартин Буцер (1491-1551). Центром его деятельности был город Страсбург в Юго-Западной Германии, он занимал ведущее место в группе верхненемецких реформаторов. Разделяя в целом взгляды М. Лютера, он и его сподвижники, в то же время, более последовательно отрицали католицизм в богословии и богослужении. Буцер имел серьезную репутацию церковного администратора и его советы оказались полезны для женевского реформатора. Буцеру Кальвин обязан представлением о необходимости четвертичной структуры духовенства (пастор, доктор или учитель, старейшина, диакон) и теорией о различии между видимой и невидимой церковью. Некоторые положения Буцера, однако, не нашли отголоска в учении Кальвина. Так, например, он не согласился с тем, что церковная дисциплина является существенной характеристикой ("знаком") новой церкви. Хотя Кальвин включил "пример жизни" в число "определенных отметок" церкви в издании "Наставлений" 1536г., более поздние издания содержали акцент на правильной проповеди Слова Божьего и совершении таинств. Дисциплина может укрепить нерв церкви, но ее сердце и душа определяются спасительной доктриной Христа.
Кальвин утверждал, что есть конкретные библейские указания относительно правильного порядка служения, поэтому конкретная форма церковного порядка стала особым пунктом его доктрины. Он начинает разрабатывать конкретную форму церковного управления и для этой цели заимствует из сферы светского государства слово "administratio". В результате минимальное определение церкви начинает расширяться. Для того, чтобы правильно проповедовалось Евангелие и правильно совершались обряды таинств, необходим, по словам Кальвина, "порядок, которым Христос желал, чтобы Его Церковь управлялась". Кальвин разрабатывает подробную теорию церковного управления, базирующуюся на экзегезе Нового Завета и во многом основанной на терминологии римской императорской администрации. В противоположность тому, что говорили и писали радикалы, Кальвин настаивает на том, что конкретная форма церковной структуры и управления изложена в Писании. Так, Кальвин утверждал, что пастырское управление Церковью является Божественно освященным, как и разграничение понятий "пастырь", "старейшина", "диакон" и "народ".
Таким образом, Кальвин закладывает, по сути, основания нового отношения к церкви. Если Лютер определил церковь по ее отношению к проповеди Слова Божьего, называл ее "собрание святых"(congregatio sanctorum) и "общение веры и Духа Святого в сердцах" (societas fidei et spiritus sancti in cordibus), то Кальвин, сохраняя акцент на важности проповеди Слова Божьего, начинает разрабатывать конкретные формы новой церковной организации. Его точка зрения была более конкретной и определенной, чем точка зрения Лютера. А результатом явилось то, что ко времени смерти Ж. Кальвина, новая реформаторская церковь стала таким же институтом общества, как и католическая церковь.
Сразу же после возвращения в Женеву из страсбургского изгнания Кальвин составил "Церковные установления" (Ordonnances ecclesiastiques, 1541). Убежденный в необходимости создания дисциплинированной, хорошо организованной церкви, Кальвин изложил подробные наставления, касающиеся различных аспектов ее жизни и деятельности.
Одним из наиболее важных пунктов этой программы является положение о консистории. Она была основана в 1542г. и состояла из 12 старейшин-мирян и пасторов ( 9 человек в 1542г. и 19 в 1564г.). Этот орган должен был собираться еженедельно по четвергам с целью поддержания церковной дисциплины. Вероятно, прообразом этого учреждения послужили магистратские матримониальные суды. Вначале консистория занималась прежде всего супружескими проблемами, решение которых считалось не столько юридической проблемой, сколько обязанностью пасторов. Вопросы церковной дисциплины на первых порах разрешались властями реформационных швейцарских городов. Это было связано с неоформленностью вначале самой церковной организации. Так, например, при преемнике Цвингли Генрихе Буллингере отлучение рассматривалось цюрихскими властями как гражданское дело, находящееся в компетенции магистрата, а не духовенства. Серьезные ограничения в полномочиях церковных органов имелись и в Базеле. Еще в 1530г. Иоанн Эколампадий спорил с городским советом Базеля о разграничении полномочий гражданских и церковных властей. Он предлагал учредить церковный суд, который бы рассматривал вопросы греха, а гражданские власти должны были рассматривать уголовные преступления. Совет не согласился на это нововведение и вопрос был отложен.
Тем не менее в 30-е годы вопрос о сугубо церковном суде стал широко дискутироваться. Мартин Буцер 19 октября 1530г. отверг эту идею, но уже через год, как это видно из письма Цвингли от 12 февраля 1531г., изменил свое мнение. Он предложил учредить такой церковный суд в г. Ульм. Он должен был состоять из мирян и пасторов и рассматривать сугубо церковные вопросы. Основание Мюнстерской коммуны в феврале 1534г. побудили власти Страсбурга пойти на учреждение такого органа. Он не стал сугубо церковным судом, но церковные вопросы стали в нем рассматриваться отдельно.
На Кальвина, таким образом, оказали влияние эти споры. Идеи Буцера, страсбургский опыт и взгляды Г. Фареля необходимо в этом плане отметить особо. "Церковные установления" предваряют статьи об организации женевской церкви, составленные совместно Кальвином и Фарелем. Это позволяет предположить, что в Страсбурге Кальвин особенно много занимался этой проблематикой.
Кальвин воспринимал консисторию как своеобразный "полицейский" инструмент по укреплению церковной дисциплины. Она должна была рассматривать дела тех, чьи религиозные взгляды настолько отличались от официальных, что представляло угрозу религиозному порядку в Женеве. Сначала консистория убеждала этих людей изменить свое поведение, а если убеждения не помогали, то применяла наказание в виде отлучения. Однако это было церковным, а не гражданским наказанием. Городской совет настоял, что "все это должно происходить таким образом, чтобы пасторы не имели гражданской власти, а использовали лишь духовное оружие Слова Божьего... и чтобы консистория не подменяла собой власть сеньора или обычное правосудие. Гражданская власть должна осуществляться беспрепятственно" (55, с.241).
По Кальвину, церковь наделена "духовной властью", но ее духовная власть ни в коем случае не посягает на область гражданской власти. Магистрат неподвластен церкви (117,р.1149-1150). Однако, и церковь неподвластна магистрату. "Церковь не имеет права мечом карать и сдерживать, не имеет власти принуждать, у нее нет ни тюрем, ни наказаний, которые применяет магистрат. Ее целью является не наказание грешника против его воли, а получение у него добровольного покаяния. Эти две функции являются совершенно разными вещами, поскольку ни Церковь не имеет права брать на себя функции магистрата, ни магистрат 0 то, что входит в компетенцию Церкви" (55, с.262). Данное обстоятельство позволяет выразить сомнение в том, что Кальвин пытался создать теократическое государство. Две власти, религиозная и светская, должны были дополнять друг друга, по крайней мере, теоретически. По крайне мере, такое мнение было уже однажды высказано: "фраза "кальвинская Женева" является глубоко ошибочной. Кальвин не был диктатором, правящим железной рукой населением Женевы. В течение большей части своего пребывания в городе он не был даже гражданином Женевы и, таким образом, был лишен доступа к политической власти. Он был лишь проповедником, который не мог диктовать свою волю правящему магистрату. В действительности городские власти до самого конца сохраняли за собой право изгнать Кальвина, даже если они и предпочли не воспользоваться им. Как член Консистории он мог, конечно, от имени священников делать представления в магистрат, однако эти представления часто игнорировались. В любом случае Кальвин не имел законного права действовать независимо от остальных священников, чье коллективное мнение он, как известно, ценил и уважал. Влияние Кальвина в Женеве, в конечном итоге, было основано не на официальной должности (которая была незначительной), а на его большом личном авторитете проповедника и пастора" (55, с.264).
Кальвин отчасти, как и Лютер, возлагал некоторые надежды на монархов и князей (особый интерес у него вызывал французский двор), но в целом монархи того времени относились к кальвинизму довольно враждебно. В таких условиях само существование кальвинистских групп зависело от сильной и дисциплинированной церковной организации. Усложнение церковных структур в значительной степени в тот период было связано с элементарным выживанием.