Реформация в Цюрихе была завершена в основном в 1524-25гг., а вскоре цвинглианство распространилось и победило в Берне, Базеле, Шафгаузене, Гларусе, Золотурне, Биле и Санкт-Галлене, которые объединились с Цюрихом в союз евангелических кантонов(1527).
В 1529г. ландграф Филипп Гессенский и некоторые другие немецкие князья подняли вопрос о примирении цвинглианства и лютеранства с целью заключения союза против императора Карла V. Была устроена встреча Лютера и Цвингли в Марбурге. Переговоры шли тяжело и во время них Лютер прямо заявил: "Ваш дух и наш дух несогласны между собой".
Одним из естественных следствий цвинглианской реформации стало и крестьянское движение в кантоне. Еще в заключительном тезисе "67 тезисов" Цвингли заявил, что "готов вести свободное обсуждение с теми лицами, которые выдвигают вопросы относительно обоснованности чиншей, десятин, крещения детей и причащения", т. е. дал понять, что готов к диалогу с различными социальными силами и уступкам крестьянским антифеодальным требованиям. Но магистрат действовал осторожнее и потому порученную ему евангелическую реформу Цвингли выполнял частично и постепенно. Повинности бывших монастырских крестьян, как уже говорилось, сохранились, но использовались для нужд городской благотворительности и образования, переданных в руки светских властей, чем вбивался клин между крестьянством и городским плебсом. Особенностью реформации Цвингли было то, что вся реформа проходила под надзором и при деятельном участии городских властей, которым подчинялась церковная организация. Это приводило к единообразию культа и его принудительности для всех граждан. Церковь и государство сливались здесь воедино. Административные распоряжения городских властей носили религиозную окраску. Суровость и решительность действий городского совета в отношении военного наемничества привели к тому, что позиции городского патрициата и дворянства оказались сильно подорваны. Цвинглианцам решительную поддержку оказали ремесленные гильдии. Был реформирован городской магистрат. В 1524г. произошло два религиозных диспута, в которых победил Цвингли. Но выявились постепенно новые его противники. Это прежде всего анабаптисты ("перекрещенцы"), отвергавшие в знак протеста против церковных и государственных устоев установленное Римом крещение. Идейные истоки этого течения коренятся во взглядах У. Цвингли. Он, основываясь на том, что Священное Писание не дает основания для католических ритуалов и месс, предложил Городскому Совету Цюриха вместо месс соблюдать Вечерю Господню. Городской Совет выступил резко против и Цвингли отступил. Тем не менее некоторые его последователи протестовали против компромисса, поскольку, по их мнению, учение Священного Писания должно выполняться в жизни христианина независимо от одобрения светских властей и городского совета. Во главе этой группы встали Конрад Гребел (1495 - 1526) и Феликс Манц (1498 - 1527). Они вначале безуспешно пытались убедить Цвингли в непоследовательности, затем отошли от него. К. Гребел упрекал Цвингли в том, что тот ориентируется на имущие классы. Занявшись совместным глубоким исследованием Священного Писания, они пришли к выводу, что церковь, организованная по новозаветному образцу, может состоять только из возрожденных верующих и призывали давать крещение только в случае сознательного исповедания веры. Цвингли критиковал своего бывшего друга Ф. Манца и закончилось все тем, что последнего утопили в реке в Цюрихе. Обвинение в адрес Манца звучало так: "Потому что он, вопреки христианским обычаям и традициям, практиковал перекрещивание... и признался в желании собрать вместе тех, кто хотел принять Христа и следовать за ним, присоединив их к себе через крещение... Таким образом, и он сам и его последователи отделились от христианской церкви и основали свою собственную секту... Это учение приносит вред всему христианству, а также грозит восстанием и подстрекательством к мятежу против государства". () Цвингли резко осуждал покушения анабаптистов на собственность и утверждал, что обобществление имуществ есть нарушение заповеди "не укради".
Выявилось и новое радикальное направление, объединившееся с анабаптистами. Они доводили до логического конца положения Цвингли. Если тот выдвигал требование пресечь злоупотребления в отношении десятины, они отрицали десятину и налоги вообще. Если Цвингли осторожно говорил о целесообразности отмены крепостничества, они отрицали всякие власти, духовные и светские. Он выдвигал требование секуляризации имущества, они всеобщего раздела имуществ. Толпы радикалов во главе с анабаптистскими проповедниками, не дожидаясь решения властей, приступили к очищению церквей от икон и статуй святых. С 1523г. случаи отказа платить десятину и другие подати стали всеобщим явлением. С весны 1524г. Цюрих, Шаффгаузен, Сен-Галлен и фогтство Тургау стали ареной мощных крестьянских выступлений, слившихся с крестьянской войной в Германии.
Власти Цюриха вынуждены были пойти на уступки, чтобы расколоть движение. Крестьянам предложили подать общие требования в городской совет. Эти требования, представленные в мае-июне 1525г., были умеренными, близкими немецким "12 статьям": отмена крепостничества, малой десятины, торговых ограничений, снижение налогов, упорядочение судопроизводства, свобода охоты и рыбной ловли, упорядочение судопроизводства, выборы деревенских пасторов и др. Они были частично удовлетворены: решено отменить крепостную зависимость и малую десятину, упорядочить судопроизводство, снять некоторые торговые ограничения. Лесные кантоны блокировали перевалы, чтобы не дать соединиться швейцарским крестьянам с немецкими.
Тем временем реформация широко распространилась по стране. В 1528г. ее принимает богатый Берн, а по его примеру и колебавшиеся Сен-Галлен, Гларус, Шаффгаузен, Базель и близлежащие немецкие города Мюльгаузен и Страсбург. Однако поражение крестьянской войны в Германии послужило сигналом к "контр реформации". Католические кантоны восстановили католицизм, города начали преследования анабаптистов. Цвингли решил выйти из кризиса путем усиления личной диктатуры, что привело к дальнейшему падению его авторитета. Потянулись слухи, что он хочет захватить власть. Даже бернцы заподозрили его в гегемонистских устремлениях.
Еще в 1525г. в Цюрихе был создан Совет на случай борьбы с "пятиградием", т. е. пятью лесными кантонами (Швиц, Ури, Унтервальден, Цуг, Люцерн). Цвингли приступил к объединению в федерацию под гегемонией Цюриха и Берна. Сложился протестантский союз Цюриха, Берна, Шаффхаузена и Констанца. Конфессонально-политический раскол Швейцарии достиг предела. Но прочность протестантского союза постепенно уменьшалась из-за внутренних разногласий. Радикализм Цвингли тускнел. Он настоял на сохранении большой церковной десятины, придал своей церкви четкие организационные формы и поставил ее в полную зависимость от светской власти. Постановлением городского совета от января 1525г. были изгнаны их Цюриха анабаптисты. Одним из поводов к их изгнанию послужило то, что цюрихские анабаптисты тайно поддерживали сношения с Т. Мюнцером. Все это приводило все к большему сужению его социальной базы. Переходили в контрнаступление цехи, требовавшие ограничения капитализма. "Пятиградие" пошло на союз с австрийским Фердинандом Габсбургом, что было прямым нарушением союзных договоров, оформивших Швейцарскую конфедерацию.