В конце 1986 года у моджахедов появились новые американские ПЗРК "Стингер", позволявшие поражать цели на высоте до 3500 м. Их массовое применение (а по американским данным, в Афганистан попали около 1000 "Стингеров") заставило серьезно изменить тактику. В борьбе с ПВО уничтожить все "отдельно стоящие цели" - стрелков с ПЗРК - было нереально, и решением проблемы стало нанесение ударов с больших высот. Истребители практически перестали применять ракетное и пушечное вооружение (при возросших дистанциях стрельбы огонь становился неточным из-за большого рассеивания снарядов) и почти полностью перешли на бомбы, выгодно отличавшиеся большой мощностью и простотой применения.
Противник в этой борьбе не оставался в долгу, проявляя изобретательность и изощренность. Весной 1987 года в грузе одного из караванов помимо оружия и боеприпасов обнаружили кислородные баллоны и маски - с их помощью моджахеды Ахмад Шаха (кстати, инженера по образованию) собирались поднять "потолок" своих зенитных средств, устраивая засады на вершинах горных пиков.
С больших высот обнаружить противника стало нелегко. Целеуказанием занимались пилоты с солидным боевым стажем, хорошо знавшие местность. Обычно для выполнения этих задач привлекались МиГ-23, на большой скорости выходившие к объекту атаки и обозначавшие его осветительными или дымовыми бомбами. Султан дыма становился ориентиром для пилотов основной группы, наносивших удар с безопасной высоты. Как вспоминал майор М. Огерь, "в феврале 1988 года мы вылетели эскадрильей поддержать блокированных на окраине кишлака у Гардеза десантников. Кишлак оказался большим, дувалы сплошь занимали долину, и где внизу идет бой, не то что разобрать где свои и чужие, - мы никак не могли. Ведущий Толя Язон хотел было "отметиться" бомбой прямо по кишлаку, чтобы снизу подсказали, в какой стороне от разрыва наши залегли. Но тут кого-то осенило, и по радио прокричали, что между ними и "духами" горит автобус. Полосу гари от коптивших покрышек увидели, прикинули что к чему и аккуратно положили бомбы, стеной разрывов накрыв "духов".
Истребители принимали участие в массированных налетах, которыми сопровождалось уничтожение опорных пунктов моджахедов. В феврале апреле 1986 года в ходе операции по разгрому "Волчьей ямы" - базы Джавара под Хостом, имевшей три линии обороны, 49 складов с оружием, свои учебный центр и патронный завод, истребители действовали в составе смешанных авиагрупп, в которых на задание уходили 8-16 Су-17, 12-18 МиГ-23 и 12-18 Су-25. На разгромленной базе были уничтожены 252 огневые позиции и более 2000 оборонявшихся. Успех однако был далеко не полным - почти все запасы с базы противник успел вывезти, а с отходом войск вновь занял Джавару.
Инциденты, начавшиеся на границе с Пакистаном, прибавили работы истребителям. Исламабад уже не ограничивался обучением и снабжением афганской оппозиции, а пакистанская армия сама начала втягиваться в войну, оказывая моджахедам поддержку, прежде всего в борьбе с авиацией - самым грозным противником.
Не ограничиваясь охраной воздушного пространства, пакистанские летчики со своей стороны атаковали ракетами появлявшиеся вблизи границы советские и афганские самолеты (досягаемости "Сайдвиндеров" для этого хватало). Зная, что советские летчики связаны приказом не входить в десятикилометровую приграничную зону и не пускать ракеты в сторону границы, избегая "провокаций", пакистанцы чувствовали свою безнаказанность и все чаще стали залетать на территорию Афганистана. И тут уже они не могли не встретиться с МиГами.
Для прикрытия ударных групп выделялась пара или звено МиГ-23МЛД, патрулировавшие воздушное пространство в районе налета. Их вооружение составляли две ракеты средней дальности Р-24Р/Т и 2-4 ракеты ближнего боя Р-60. Для увеличения продолжительности полета под фюзеляж подвешивали дополнительный бак емкостью 800 литров. При нанесении массированных ударов, проводившихся силами нескольких полков с аэродромов ТуркВО (их приходилось встречать у границы и сопровождать к месту атаки), МиГ-23 несли еще два бака под крылом.
Поиск противника истребители вели самостоятельно с помощью бортового радиолокационного прицела "Сапфир-23МЛ" с дальностью обнаружения целей 70 км и теплопеленгатора ТП-23М. Обходиться без традиционного для ИА наведения с земли заставляло отсутствие в ДРА единой сети РЛС и пунктов управления, контролирующих воздушное пространство, а окруженные горами аэродромные РЛС имели небольшой радиус действия. Авиацию, работавшую в северных провинциях ДРА, прикрывали МиГ-21бис и МиГ-23 из Кокаиды и Мары. В 1988 году эпизодически сопровождение осуществляли МиГ-29, осваивавшиеся летчиками САВО (иногда "по старой памяти" на новых МиГах проводили учебное бомбометание по знакомым целям "за речкой").
Истребители охраняли также вертолетные десанты и вели патрулирование границ. Кроме того, на каждом аэродроме выделялось вооруженное ракетами дежурное звено МиГ-23МЛД. Его летчики не оставались без работы - они поднимались в воздух для усиления истребительного прикрытия при появлении у границы пакистанских самолетов и были "на подхвате" при разного рода внеплановых ситуациях. Во время визита Э. Шеварднадзе в Кабул в январе 1989 года в небе над городом кружили дежурные МиГи из Баграма, а для защиты министерского Ту-154 от "Стингеров" от самой границы "тропили дорогу" САБами. Прикрывая перелет, истребители в эту ночь сделали 12 вылетов, а больше всех потрудился В. Магдалюк, приземлявшийся только затем, чтобы сменить самолет на заправленный и снаряженный.
Полеты на патрулирование и сопровождение (на жаргоне летчиков "прикрышку") в 1988 году составляли 15% всего объема работы, 4% занимала разведка, в основном же истребители продолжали раскручивать "карусель" БШУ, на которые приходилось 80% вылетов. К этому времени удары наносились почти исключительно бомбами (типовой нагрузкой МиГ-23 была пара бомб калибра 250 или 500 кг) с высот не ниже 5000 м. Эти меры оказались достаточно эффективными: 120-й ИАП, которому довелось "закрывать" афганскую кампанию, не имел ни одной боевой потери, хотя из-за ошибок летчиков и отказов техники были разбиты три самолета. Последним истребителем, принесенным в жертву афганской войне, стал МиГ-23МЛД капитана С. Лубенцова. 11 января 1989 года при возвращении в Шинданд на его самолете заглох двигатель, летчику пришлось катапультироваться над пустыней и провести несколько часов, сжимая в руке пистолет (как он вспоминал, "в ожидании новогодних подарков"), пока его не подобрал посланный на поиски вертолет. К счастью, места оказались безлюдными.
С выводом войск 40-й армии из Кандагара авиационная группировка была стянута к северу. Истребители к августу 1988 года сосредоточили в Баграме, а их присутствие в Шинданде свели к одному звену из четырех самолетов, задачей которого была ПВО аэродрома и прикрытие штурмовиков при БШУ. В Баграме, первоначально рассчитанном на два авиаполка, осенью 1988 года находились четыре советских полка (в общей сложности более 150 машин), а также МиГ-21, Су-22 и вертолеты афганских ВВС. К концу года для прикрытия уходивших войск к ним присоединились и штурмовики из Шинданда. Война близилась к концу, и в дело шли все подряд боеприпасы, скопившиеся на складах. Под новый 1989 год истребители несколько дней подряд работали даже САБ и ДАБ, с которых снимали парашюты и использовали в качестве зажигательных бомб. Участившиеся осенью и зимой обстрелы моджахедов, уничтожившие на земле 10 самолетов и 4 вертолета, почти не задевали истребителей. И все же за три осенних месяца в полку три МиГа задели осколки при минометном обстреле, крыло садившегося самолета прошила автоматная очередь, а фонарь кабины выруливавшего на старт истребителя пуля снайпера пробила перед самым лицом летчика.