Надежные и неприхотливые С-25 при снаряжении самолета были не сложнее обычных авиабомб. Фанерные пусковые трубы с ракетами штабелями лежали на аэродромах, и для их подготовки достаточно было сорвать оберточную бумагу и ввернуть взрыватель. Применялись и подвесные установки СППУ-22-01 с подвижными пушками ГШ-23. Во время высадки десанта на базу Джавара в апреле 1986 года четверка Су-25, поливая огнем СППУ по склонам ущелья, расчищала дорогу подходившим вертолетам. "Гребешок" был плотным, и ни один Ми-8 с десантом не был потерян. Иногда СППУ подвешивали стволами назад, ведя огонь в хвост при выходе из атаки. Стрельба велась без прицеливания, но завеса снарядов защищала от возможного обстрела вдогон.
В апреле того же года Су-25 Руцкого и комэска Высоцкого, атакуя вырубленные в скалах под Хостом склады, впервые применили управляемые ракеты, которые могли запускаться с безопасных удалений и высот. При использовании радиокомандных Х-23 летчику было сложно самому отыскивать цель и управлять ракетой, следя за ее полетом. Поэтому наиболее практичными оказались Х-25 и Х-29Л с лазерным самонаведением, подсветку цели для которых с помощью бортового дальномера-целеуказателя "Клен-ПС" мог вести и другой штурмовик, но такая методика использовалась нечасто по той же причине - летчикам не всегда удавалось с высоты различать и фиксировать лучом малозаметные объекты. Так, при первом применении из четырех пущенных Х-29Л в цели, затянутые дымом, попали только две. Лучшие результаты давала помощь наземного наводчика, хорошо знающего местность. Первое время наземные лазерные целеуказатели пробовали монтировать на БТР и БМП импровизированно, затем их сменили штатные боевые машины авиационного наведения (БОМАН) на базе БТР-70, на которых система была укрыта под броней и выдвигалась наружу при работе.
Противник быстро оценил значение необычно выглядевших машин и старался расстрелять их в первую очередь. После нескольких особенно удачных пусков, когда ракеты накрыли штабы и исламские комитеты, охота на БОМАН началась на дорогах и стоянках, заставляя прятать машины за колючей проволокой и минными заграждениями хорошо охраняемых аэродромов. Ракеты стали надежным оружием поражения пещерных укрытий, практически неуязвимых для других боеприпасов. Моджахеды использовали их под склады и тайники, оборудовали мастерские по ремонту оружия (в пещерном городе на базе Джавара находился целый патронный завод). Изрытые норами горы превращались в естественные крепости - затащив наверх безоткатные орудия ДШК и минометы, душманы устраивали огневые позиции, закрытые от обстрела снизу, и выбить их оттуда артиллерия и танки не могли. Огонь с высившихся скал был губительно точен, а подобраться к ним не давали крутые откосы и завалы. При использовании авиации противник прятался в глубине под толстыми сводами, а бомбы и НАР впустую крошили камни вокруг. Переждав налет, стрелки выбирались наружу и продолжали вести огонь. Точность попадания "лазерок" была поразительной - ракеты удавалось укладывать точно во входы пещер и амбразуры, а их солидной БЧ с избытком хватало для уничтожения цели. Особой эффективностью отличалась тяжелая Х-29Л с БЧ массой 317 кг, заключенной в прочный корпус. Пробивая камень, она уходила вглубь и взламывала изнутри самые неприступные объекты. Если же в пещере скрывался склад боеприпасов, успех был поистине оглушительным. Использовались и более простые управляемые снаряды С-25Л - вариант обычных НАР, на которые устанавливали головной блок с системой управления и лазерной ГСН того же типа что и на Х-25 и Х-29Л.
Ракетную атаку Су-25 ярко описал командир десантной роты, прижатой к земле огнем из нависшего над Багланским ущельем дота: "Головы было не поднять, как вдруг над нами проскочила пара самолетов, и тут же что-то светлое влетело в амбразуру между камней и разнесло дот в щебенку". Чаще достаточно дорогие ракеты применяли по штучным целям, используя данные разведки и тщательно готовя каждый удар. Пуски выполняли с дальности 4-5 км с пологого пикирования под углом 25-30Ь, отклонение ракет от точки прицеливания при этом не превышало 1.5-2 м. По данным ОКБ Сухого всего в ДРА было произведено 139 пусков управляемых ракет.
С появлением у моджахедов ПЗРК статистистика потерь штурмовиков стала меняться к худшему. Первой их жертвой стал, видимо, комэск подполковник П.В. Рубан, сбитый 16 января 1984 года над местечком Ургун. На его Су-25 осколками были повреждены двигатели и управление, штурмовик стал падать, и, когда летчик попытался покинуть машину, высоты уже не хватило. Однажды Су-25 даже привез из полета неразорвавшуюся ракету, угодившую точно в двигатель и торчавшую наружу. В это время использовались поступавшие из арабских стран ракетные комплексы "Стрела-2М" и шедшие через Пакистан "Ред Ай" американского производства. Появлялись и английские "Блоупайп" с радиокомандным наведением и большей высотностью (до 3000 м), не нашедшие, однако, широкого применения из-за сложности управления и большого веса (21 кг в снаряженном состоянии против 15 кг у "Стрелы" и 13 кг у "Ред Ай"). Вероятнее всего, ПЗРК 6 апреля 1986 года под Хостом сбили А.В. Руцкого: самолет уже был прошит очередью ЗГУ, когда ракета попала в воздухозаборник левого двигателя и "выключила" его, вызвала помпаж соседнего и повредила осколками систему управления. Едва державшийся в воздухе штурмовик добила следующая зенитка, и летчик успел покинуть валившуюся на бок машину уже над самой землей.
Для защиты от тепловых ГСН Су-25 был оборудован четырьмя кассетами АСО-2В с инфракрасными пиропатронами ППИ-26 (ЛО-56), но летчики пользовались ими редко. Щиток управления АСО находился сбоку от пилота, и для работы с ним нужно было отвлечься в самый горячий момент атаки. К тому же, запаса ловушек хватало едва на одну минуту работы АСО, и штурмовики берегли их на крайний случай, но когда они замечали пуск, сыпать пиропатроны становилось уже поздно - ГСН захватывала цель, и ракета шла к самолету. Ввиду срочности проблему решили просто - установили на мотогондолах дополнительные балки АСО-2В, вдвое увеличив число ловушек. Теперь отстрел начинался автоматически с нажатием на боевую кнопку в начале атаки и продолжался в течение 30 секунд до окончания боевого захода. Су-25 стал нести 256 пиропатронов, каждый из которых стоил тогда около 7 рублей, и устроивший хороший "фейерверк" летчик выпускал таким образом в воздух 5-6 своих зарплат. Но расходы стоили того - в действенности ловушек пилоты убеждались, слыша позади разрывы уходивших в стороны обманутых ракет. Ситуацию изменило появление в конце 1986 года "Стингеров" с высокочувствительной селективной ГСН, отличавшей двигатель с характерным диапазоном температур от горящей ловушки. "Стингер" имел большую досягаемость по высоте, мог применяться на встречных курсах, а его БЧ была втрое мощнее, чем у "Ред Ай". В сочетании с неконтактным взрывателем, срабатывавшим даже при пролете рядом с самолетом, это давало возможность причинять тяжелые повреждения и без прямого попадания. Надежность защиты с помощью ЛО снизилась, и отчеты стали отмечать "тенденцию к серьезному росту потерь от ПЗРК". За первые две недели применения "Стингеров" в начале 1987 года ими были сбиты три Су-25, погибли два летчика. К концу 1987 года потери составили почти целую эскадрилью - 8 самолетов (столько же было потеряно и в предыдущем году - как от огня противника, так и по небоевым причинам, преимущественно при грубых посадках).
Намерение установить на Су-25 станцию активных помех "Сухогруз", глушившую ГСН ракет и неплохо показавшую себя на вертолетах, реализовать не удалось из-за ее слишком большого энергопотребления, и живучесть штурмовика стали повышать более традиционными способами дополнительной защитой наиболее уязвимых агрегатов и систем. Ракурсы подхода ракет и разлета осколков, наиболее страдающие узлы, характер разрушений и их фатальность определили, изучая статистику повреждений, недостатка в которой не было - "грачи" нередко возвращались домой "на честном слове". Майор А. Рыбаков 28 мая 1987 года (накануне он уже получил снаряд зенитки в закрылок) дотянул до аэродрома на самолете с одним захлебнувшимся двигателем, залитым керосином из пробитых баков, иссеченным осколками фонарем, полностью отказавшей гидросистемой и невыпускающимся шасси. В кабине не работал ни один прибор, и летчик с залитым кровью лицом вел самолет вслепую, по командам напарника. Сев на брюхо, пилот бросился в сторону от самолета и, лишь убедившись, что взрыв машине не грозит, вернулся выключить поднимавший тучи пыли двигатель. 28 июля 1987 года на базу пришел штурмовик с дырой в борту, у которого ракетой разнесло правый двигатель, хлеставшим из мотоотсека пламенем прожгло противопожарную перегородку, полностью выгорела электроарматура и энергоузлы, на 95% перегорели тяги управления рулем высоты. Пожар продолжался до самой посадки, причем от короткого замыкания сами вышли стойки шасси, но из-за отказа сигнализации летчик не знал об этом и пытался сажать самолет на брюхо рядом с полосой. Шасси попало в канаву и было вырвано с корнем.