Набираясь опыта, вражеские стрелки старались прицельным огнем выбить экипаж: 44% всех потерь в вертолетной авиации приходилось на гибель летчика от стрелкового оружия. К 1982 году количество попаданий в кабину достигло 74% от общего числа, при этом 42% пуль спереди приходилось на незащищенное остекление Ми-8. "Бур" с прицельной дальностью до 2600 м представлял не меньшую опасность, чем автоматическое оружие. В марте 1982 года старшему лейтенанту Минину из 339-го полка, забиравшему раненых из Гардеза, пуля "бура" попала в лицо. Он умер в воздухе, вся кабина была залита кровью, но штурман успел перехватить управление и увести вертолет. Шедшего ведомым капитана Александрова тут же ранили в руку, и он перевернулся на посадке. На борту все остались целы, а "меченый" летчик, вернувшись в строй, в первом же вылете получил пулю снайпера в то же место! Майора Харитонова в полете спас авиагоризонт, в котором засела пуля, шедшая точно в голову...
Против взлетающих и садящихся вертолетов моджахеды пускали в дело ручные гранатометы, в обращении с которыми были настоящими мастерами. Кумулятивная граната РПГ вырывала до 1.5 кв.м борта, вызывала течь топлива и пожар, могла оторвать хвостовую балку или разнести винт. Капитана Иванова гранатометчик подстерег на взлете в Асадабаде. Дух, грязный и лохматый, поднялся из-за камней рядом и в упор всадил в борт гранату. Едва оторвавшаяся от земли "восьмерка" рухнула в огне, по ней тут же ударили автоматы, но летчики успели выскочить и, прячась за стелющейся гарью, укрылись за броней подоспевшей БМП. Из РПГ могли вести и заградительный огонь, при этом гранаты срабатывали на самоликвидацию, рассыпая вокруг осколки (видимо, такие случаи породили уже в начале войны слухи о применении ПЗРК, ведь вспышка разрыва гранаты в воздухе очень походила на разрыв ракеты). Один из Ми-8 стал жертвой угнанной из афганской части "Шилки". 22 июля 1980 года при ведении разведки у Мраморной горы под Кандагаром вертолет получил попадание в фюзеляж, разрезавшее машину пополам, и повалился к земле. Ведомый, шедший следом, ничем не мог помочь - в охваченной огнем машине сгорели все.
С насыщением ПВО крупнокалиберными зенитными пулеметами и ЗГУ с эффективной наклонной дальностью стрельбы до 1500 м пришлось поднять эшелоны полетов вертолетов. Количество попаданий из стрелкового оружия, в том числе калибром до 14.5 мм, на высотах свыше 1200 м падало до 3-5% от общего числа, а после 2000 м его можно было не принимать во внимание. Появление ПЗРК качественно изменило характер применения вертолетов, по сути, началась война за господство в воздухе. "Ред Ай - опасные районы" отмечались на полетных картах еще в 1980 году, а в мае 1982 года в Панджшере были захвачены первые душманские "Стрелы". Однако новое оружие еще не было толком освоено, у взятых трофеев, например, оказались совершенно отсыревшими батареи. Первые пуски были зафиксированы в 1983 году, затем их число стало угрожающе нарастать; к концу 1984 года отметили 62 случая применения ракет, в 1985 - 141 пуск, в 1986 - уже 847, поразившие 23 машины. В 1987 году, по данным оперотдела штаба 40-й армии, у противника имелся 341 ПЗРК, а в лагерях на территории Пакистана и Ирана, где обучали зенитчиков, специальность стрелка-ракетчика стала одной из массовых. Попадание ракеты с мощной БЧ, полосовавшей вертолет плотным потоком осколков и фугасным ударом, чаще всего приводило к катастрофическому исходу - пожару, взрыву и гибели летчиков. Специалисты, изучавшие устойчивость систем и узлов вертолетов к ПЗРК, пришли к выводу, достойному цитирования: "Прямое попадание ракет в вертолет приводит к его гибели, поэтому конкретный характер боевых повреждений авиатехники в данном случае не представляет практического интереса". Зона досягаемости ПВО с появлением более совершенных "Стингеров" охватила высоты до 3500 м, а поджидать авиацию стрелки могли повсюду: докладывали даже о пусках из центра Кабула, с крыш домов и автомобилей.
Первые доработки по повышению защищенности от ПЗРК были проведены уже летом 1980 года. Они включали установку экранно-выхлопных устройств (ЭВУ) и автоматов пассивных помех АСО-2В с ИК-ловушками. ЭВУ, смешивая горячие выхлопные газы с наружным воздухом, снижали тепловой фон двигателей в 2-3 раза. Блоки АСО, содержавшие по 32 пиропатрона ЛО-56, подвешивались на стальных лентах под хвостовой балкой. Позднее на Ми-8МТ их стали монтировать пакетами по три на бортах фюзеляжа, чтобы ловушки догорали в тепловом следе двигателей. Отстрел задавался автоматически сериями по 4-16 штук. Однако эти системы не обеспечивали радикального решения: эффективность маломощных ловушек со временем горения 5-8 с составляла только 10-15%, а конструкция ЭВУ оказалась не совсем удачной. Выхлопные газы они направляли вверх, чтобы их размывало потоком от винта, но проведенные в ЦАГИ эксперименты, в ходе которых вертолет с ЭВУ снимали с разных ракурсов тепловизионной аппаратурой, выявили неожиданный эффект наличие при прохождении лопастей четко идентифицируемых всплесков ИК-излучения, привлекательных для ГСН ракет. Добиваясь удовлетворительного результата, пришлось сменить три типа ЭВУ. С 1982 года на вертолетах появилась станция оптико-электронных помех СОЭП-В1А (изделие Л-166 или "Липа"), которую монтировали сверху фюзеляжа. При помощи нагревательного элемента (мощной ксеноновой лампы или нихромовой спирали) и системы вращающихся линз "Липа" создавала вокруг вертолета импульсный поток непрерывно перемещающихся ИК-лучей, вызывавших раскачку следящей системы ракет и срыв наведения. Станция оказалась чрезвычайно эффективной - при испытании она срывала атаку с вероятностью, близкой к 1, хотя имела "мертвые зоны" внизу и не обеспечивала полностью защиту от "Стингеров". Практичные вертолетчики нашли и бытовое применение поистине универсальной системе, приспособившись на ее мощной "печке" жарить картошку и кипятить чайники. Суммарная эффективность всех трех вертолетных систем активной и пассивной защиты в боевых условиях достигала 70-85% (она оценивалась по числу сорванных пусков к их общему числу).
Вместе с тем ЭВУ прибавляли 68 кг массы, еще 50 кг давали АСО и 25 кг - "Липа", что было довольно много для потяжелевшей после всех доработок машины. Накапливаясь (общая масса доработок достигла 500 кг), они начинали давать отрицательный эффект. Для сохранения летных качество в частях начали облегчать вертолеты, снимая пилонные ПКТ, а нередко и громоздкие "лопухи" ЭВУ, сильно увеличивавшие сопротивление (особенно это ощущалось на менее мощных Ми-8Т, "потолок" которых на режиме висения составлял полметра от земли!). Хвостовой ПКТ, незаменимый для защиты от огня сзади, оставляли. Другой простой и эффективной мерой стала установка зеркал заднего вида, позволявших летчикам следить за задней полусферой. В итоге у Ми-8 уязвимость при выходе из атаки оказывалась почти вдвое ниже, чем у Ми-24, такой защиты не имевшего.
Топливные баки Ми-8 снаружи оклеивали пористой резиной, закупоривавшей пробоины, а изнутри заполняли пенополиуретановой губкой, останавливавшей пламя и гасившей взрыв. Эти меры практически исключали пожары и взрывы баков даже при попадании крупнокалиберных пуль. Разнесли тросы управления рулевым винтом, чтобы их не перебивало одним попаданием (как не раз случалось раньше), защитили экранами магистрали масляных и гидросистем, попутно проведя множество эксплуатационных улучшений: вечно текущие дюриты гидравлики заменили прочными шлангами в металлической оплетке, повысили ресурс лопастей за счет усиления лобовой оковки, защищавшей от туч песка и летевших камней, герметизацией шарниров защитили их от пыли. Характеристики Ми-8МТ улучшили установкой двигателей ТВ3-117В с повышенной высотностью. С 1982 года на Ми-8МТ стали применять ракетные блоки Б-8В20 с более мощными 80-мм НАР, пушечные контейнеры УПК-23-250 и универсальные вертолетные гондолы ГУВ, комплектовавшиеся скорострельными пулеметами и гранатометами.
Растущее число потерь побудило вертолетчиков использовать разные приемы - от противозенитного маневра и работы с малых высот, оставлявших противнику минимум времени на изготовку и прицеливание (ГСН "Ред Ай" и "Стингеров" могла захватывать цель на высотах не ниже 30 м), до ухода на практический потолок, вне досягаемости огня ПВО. Моджахеды, в свою очередь, совершенствуя оборону, вводили посты раннего предупреждения, рассредоточивали зенитные позиции для ведения огня с разных направлений и ярусов в горах, эшелонировали их вокруг базовых районов с растущей плотностью к центру. При очередном наступлении на Панджшер весной и летом 1984 года за один день 16 июня (запомнившийся как "день вертолетчика") на базу не вернулись 5 машин. В апреле 1986 года, пытаясь высадить десант на нерасчищенный от ПВО плацдарм у базы Джавара, пять вертолетов потеряли афганцы. Без потерь не обходились крупные операции "Пустыня" в июле 1985 года, сопровождавшаяся высадкой в горах 7000 человек, и "Плотина" осенью того же года, в ходе которой Кунарское ущелье на протяжении 170 км блокировал десант из более чем 12000 бойцов. В ноябрьской операции под Кандагаром вертолеты выполнили за две недели 508 вылетов, высаживая и обеспечивая десантников на 19 площадках. За эти дни были сбиты три Ми-8МТ, в одном из которых погиб командир 280-го полка Филюшин. В горах, где зенитный огонь был особенно опасен, а обзор и маневр затруднены, потери возрастали в 1.3-1.5 раза по сравнению с операциями на равнинах. Всего за 1985 год боевые потери Ми-8 распределялись следующим образом: 27% пришлось на ручное стрелковое оружие, 40% - на огонь ДШК, 27% - ЗГУ и 6% - ПЗРК. За тот год среднее число вылетов на один Ми-8 составило 426, а максимальное - 906 с налетом 963 часа.