Широкое применение авиации требовало четкой организации ее взаимодействия со своими войсками и точного определения местонахождения противника. Однако пилоты сверхзвуковых истребителейбомбардировщиков, оснащенных самым современным оборудованием зачастую не могли самостоятельно отыскать малозаметные цели на однообразной горной местности среди ущелий и перевалов. По этой причине одна из первых масштабных операций, проведенная в долине реки Панджшер в апреле 1980 года (известная как первая панджшерская), планировалась без привлечения самолетов. Три советских и два афганских батальона, участвовавшие в ней, поддерживались лишь артиллерией и вертолетами.
Повысить эффективность действии авиации и облегчить работу летчиков должна была предварительная разведка объектов будущих налетов. Ее поначалу выполняли МиГ-21Р и Як-28Р, позднее - Су-17М3Р, оснащенные подвесными разведывательными контейнерами ККР-1/Т ККР-1/2 и ККР-2А с набором аэрофотоаппаратов для плановой перспективной и панорамной съемок инфракрасными (ИК) и радиотехническими (РЛ) средствами обнаружения. Особенно важной оказалась роль разведки при подготовке крупных операции по уничтожению укрепрайонов и чистке местности. Полученная информация наносилась на фотопланшеты, где были указаны размещение целей и средств ПВО противника, особенности рельефа местности и характерные ориентиры. Это облегчало планирование ударов, а летчики могли познакомиться с районом и определиться с выполнением задачи. Перед началом операции проводилась доразведка, позволявшая окончательно уточнить детали.
Ночное фотографирование ущелий и перевалов (а оживление в лагерях моджахедов, передвижение караванов с оружием и выход на позиции происходили в основном скрытно, по ночам) с подсветом светящими авиабомбами и фотопатронами ФП-100 оказалось не всегда эффективным. Множество резких теней, возникавших в горах при искусственном освещении, делало применение аэрофотоаппаратов УА-47 практически бесполезным - полученные снимки не поддавались дешифровке. Выручала комплексная разведка с использованием ИК оборудования и радиотехнических систем СРС-13 и СРС-9, засекавших работу радиостанций противника. Усовершенствованная ИК аппаратура "Зима" позволяла ночью обнаруживать по остаточному тепловому излучению даже следы от проехавшего автомобиля или потухший костер. Готовя "работу на день" вокруг Кабула, Баграма и Кандагара по ночам работали до 4-6 разведчиков Су-17М3Р (с августа 1988 - Су-17М4Р).
Появление в небе разведчиков не сулило моджахедам ничего хорошего. Как правило, вслед за ними прилетали ударные самолеты, да и сами разведчики обычно несли вооружение, позволявшее им самостоятельно выполнять охоту в заданном районе. При этом самолет ведущего помимо разведывательного контейнера нес пару тяжелых НАР С-24, а ведомого - 4 НАР С-24 или бомбы.
К 1981 году боевые операции в Афганистане приобрели масштабы, потребовавшие применения больших групп самолетов. Из-за трудностей базирования на территории ДРА (главным образом, малого количества аэродромов и проблем с подвозом боеприпасов и топлива) сосредоточение привлекаемой к нанесению ударов авиатехники производилось на аэродромах ТуркВО и САВО. Существенную долю там составляли Су-17М3, выгодно отличавшиеся от других самолетов значительной боевой нагрузкой и большей эффективностью при действиях по наземным целям. "Пропускавшиеся" через Афганистан полки Су-17 размещались на аэродромах Чирчика, Мары и Кокайты. Местные полки работали "за речкой" почти постоянно и в случае задержек с плановой заменой частей оказывались в ДРА "вне очереди".
Работа с баз ТуркВО требовала использования на Су-17 подвесных топливных баков, что снижало боевую нагрузку. Пришлось пересмотреть используемые варианты вооружения в пользу наиболее эффективных. Су-17 стали снаряжаться фугасными и осколочно-фугасными авиабомбами (ФАБ и ОФАБ), в основном, калибрами 250 и 500 кг (применявшиеся ранее "сотки" оказались недостаточно мощными для ударов в горах). Многозамковые бомбодержатели МБД-У6-68, каждый из которых мог нести до шести бомб, применялись редко - поднять в жару большое количество боеприпасов, делающих оптимальным их подвеску на МБД, Су-17 было просто не под силу, да и каждая из балок сама тянула на полтораста килограммов.
Широко применялись на Су-17 бомбовые связки и разовые бомбовые кассеты РБК, "засевавшие" осколочными или шариковыми бомбами сразу несколько гектаров. Они были особенно эффективны в условиях, где каждый камень и расщелина становились укрытиями для противника. Недостаточно мощные 57-мм НАР С-5 заменялись новыми 80-мм НАР С-8 в блоках Б-8М. Вес их боевой части был увеличен до 3.5 кг, а дальность пуска позволяла поражать цель, не входя в зону зенитного огня. Обычно боевая нагрузка Су-17 определялась из расчета надежного выполнения задания и возможности безопасной посадки при неисправности (по посадочному весу самолета) и не превышала 1500 кг - трех "пятисоток".
Летняя жара не только снижала тягу двигателей и надежность оборудования. Сами летчики не могли подолгу ожидать вылета в раскаленных кабинах, поэтому вылеты по возможности планировались на раннее утро. Установившийся распорядок обычно сводился к нескольким вылетам с утра, сменявшимся полуденной передышкой, позволявшей переждать жару, и вечерней "добавкой", если противник продолжал выказывать активность. "Капризными" были и некоторые виды боеприпасов: зажигательные баки, НАР и управляемые ракеты имели ограничение по температуре и не могли долгое время оставаться на подвеске под палящим солнцем.
Важной задачей также были превентивные акции, направленные на уничтожение караванов с боеприпасами и оружием, разрушение горных троп и перевалов, по которым моджахеды могли подобраться к защищаемым объектам. Мощные бомбы ФАБ-500 и сбрасывавшиеся залпом ФАБ-250 вызывали обвалы в горах, делая их непроходимыми, применялись они и для уничтожения скальных укрытий, складов и защищенных огневых точек. Типовыми вариантами вооружения при вылете на "охоту" были два ракетных блока (УБ-32 или Б-8М) и две бомбовые кассеты (РБК-250 или РБК-500) или четыре НАР С-24, причем в обоих вариантах подвешивались два ПТБ-800.
На стороне противника были хорошее знание местности, поддержка населения и умение пользоваться естественными укрытиями и маскироваться. Отряды оппозиции быстро передвигались и оперативно рассредотачивались в случае опасности. Обнаружить их с воздуха было нелегко даже по наводке из-за отсутствия характерных ориентиров на однообразной местности. К тому же самолеты и вертолеты все чаще натыкались на зенитный огонь. В среднем в 1980 году вынужденная посадка приходилась на 830 часов налета или примерно на 800-1000 вылетов (а мест, пригодных для посадки подбитого самолета, было крайне мало).
Для повышения боевой живучести конструкция и системы Су-17 постоянно дорабатывались. Анализ повреждений показал, что чаще всего выходят из строя двигатель, его агрегаты, топливная и гидросистемы, управление самолета. Проведенный комплекс доработок включал установку накладных подфюзеляжных бронеплит, защищавших коробку приводов, генератор и топливный насос, заполнение топливных баков пенополиуретаном и наддув их азотом, что предотвращало воспламенение и взрыв при попадании в них осколков и пуль, изменения в конструкции прицела АСП-17, устранившие его перегрев. Устранен был и дефект в конструкции тормозного парашюта, замок крепления которого иногда обрывался, а самолет выкатывался за пределы ВПП и получал повреждения. Выручали прочность конструкции и выносливость Су-17. Бывали случаи, когда возвращавшиеся с боевого задания поврежденные машины слетали с полосы и зарывались в грунт по самое "брюхо". Их удавалось восстановить на месте и вновь ввести в строй. Двигатели АЛ-21Ф-3 надежно работали даже в несущий песок и камни "афганец", перенося и немыслимые в нормальных условиях забоины лопаток компрессора, и загрязненное топливо (трубопроводы, протянутые от советской границы для его доставки, постоянно обстреливались, подрывались, а то и просто развинчивались охочим до дармового горючего местным населением). В результате Су-17М3 к 1985 году по надежности опережали штурмовики и боевые вертолеты, имея наработку на отказ 145 часов (при среднем в ВВС 40-й армии значении 133.7).