Для снижения потерь были выработаны новые рекомендации по тактике боевого применения самолетов. Заход на цель рекомендовалось выполнять с большой высоты и скорости, с пикированием 30-45Ь, что затрудняло противнику прицеливание и снижало эффективность зенитного огня. По данным на 1985 год, на скорости свыше 900 км/ч и высотах более 1000 м боевые повреждения у Су-17 вообще исключались. Для достижения внезапности удар предписывалось выполнять с ходу, сочетая в одной атаке пуск ракет со сбросом бомб. Правда, точность такого бомбоштурмового удара (БШУ) из-за большой высоты и скорости снижалась почти вдвое, что приходилось компенсировать увеличением количества самолетов ударной группы, выходивших на цель с разных направлений, если позволяла местность.
Уже в 1981 году насыщенность районов боевых действий средствами ПВО достигла таких масштабов, что при планировании операций приходилось принимать во внимание необходимость их преодоления. Вокруг укрепленных районов и баз моджахедов насчитывалось до нескольких десятков зенитных огневых точек. Снижение риска достигалось умелым использованием рельефа местности, обеспечивавшим скрытность подхода и внезапность выхода на цель, а также выбором путей отхода после атаки.
Как правило, первой в намеченном районе появлялась пара Су-17, задачей которой была доразведка и целеуказание осветительными и дымовыми бомбами, упрощавшее ударной группе выход на цель. Пилотировали их наиболее опытные летчики, имевшие боевой опыт и навыки обнаружения малозаметных объектов. Поиск противника выполнялся на высоте 800-1000 м и скорости 850-900 км/ч, занимая около 3-5 минут. Дальше все решала быстрота удара, не дававшая противнику организовать ответный огонь.
На обозначенную САБ цель через одну-две минуты выходила группа подавления средств ПВО из 2-6 Су-17. С высоты 2000-2500 м они обнаруживали позиции ДШК и ЗГУ и с пикирования наносили удар НАР С-5, С-8 и кассетами РБК-250 или РБК-500. Уничтожение зенитных точек выполнялось как одиночным самолетом, так и парой - ведомый "добивал" очаги ПВО. Не давая противнику опомниться, через 1-2 минуты над целью появлялась основная ударная группа, выполнявшая атаку с ходу. На укрепления и скальные сооружения обрушивались бомбы ФАБ-250 (ОФАБ-250) и ФАБ-500 (ОФАБ-500), ракеты С-8 и С-24. Надежные и простые в эксплуатации С-24 имели большую дальность и точность пуска (особенно с пикирования) и применялись очень широко. Для борьбы с живой силой использовались кассетные боеприпасы РБК-250 и РБК-500. При действиях в "зеленке" и на открытых местах иногда использовались зажигательные баки с огнесмесью. Пушки постепенно утрачивали свое значение - их огонь при больших скоростях и возросших высотах был неэффективен.
Для повторной атаки самолеты выполняли маневр с расхождением, поднимаясь до 2000-2500 м, и вновь наносили удар с разных направлений. После отхода ударной группы над целью опять появлялись разведчики, производившие объективный контроль результатов БШУ. Выполнение задачи следовало подтвердить документально - в противном случае наземные войска могли ожидать неприятные сюрпризы. При выполнении особенно мощных авиационных налетов фотоконтроль выполнял специально вызывавшийся с кабульского аэродрома Ан-30. Его богатое фотооборудование позволяло сделать многоспектральную съемку местности и точно определить степень разрушений. Надежную радиосвязь с КП и согласованность действий обеспечивал постоянно находящийся в воздухе самолет-ретранслятор Ан-26РТ.
Если удар выполнялся для поддержки наземных частей, требовалась повышенная точность, поскольку цели находились вблизи своих войск. Для организации взаимодействия с авиацией частям придавались авианаводчики из ВВС, которые налаживали связь с летчиками, указывали им положение переднего края пуском сигнальных ракет или дымовыми шашками. Атака при поддержке наземных войск продолжалась до 15-20 минут. С помощью авианаводчиков наносились и удары по вызову для подавления вновь выявляемых огневых точек. Для обеспечения скрытности маневра войск или прикрытия их отхода Су-17 привлекались в качестве постановщиков дымовых завес. Для оценки результативности атак летчики не позднее чем через 5-10 минут после посадки, когда еще свежи были впечатления, должны были подать в штаб полка донесение, немедленно передававшееся на КП ВВС.
Еще одной задачей Су-17 стало минирование с воздуха опасных районов и горных троп. Наряду с разрушением перевалов бомбовыми ударами, их минирование затрудняло моджахедам передвижение, лишая преимущества в подвижности и неожиданности нападения. Для этого использовались КМГУ, каждый из которых нес по 8 блоков, вмещавших 1248 противопехотных фугасных мин. Разбрасывание мин Су-17 производили на скорости порядка 900 км/ч.
При выполнении боевых задач выявились и недостатки, снижавшие эффективность БШУ и увеличивавшие риск повреждении и потерь. Так, при освоении афганского театра боевых действии летчики, выполнив несколько успешных боевых вылетов, склонялись к переоценке своих сил, недооценке противника (особенно его ПВО) и начинали выполнять атаки однообразно без учета особенностей местности и характера целей. Сброс бомб производился не по единой методике, что приводило к их рассеиванию. Несколько звеньев Су-17 были даже возвращены на базы из-за низкой точности ударов и опасности попадания по своим войскам. Так, летом 1984 года под Кандагаром ведущий группы Су-17, отказавшийся от помощи авианаводчика, по ошибке сбросил бомбы на свой пехотный батальон. Погибли четыре человека и девять были ранены.
Другим недостатком было частое отсутствие точных данных о ПВО противника (по сведениям разведки, в районах базирования моджахедов в 1982 году насчитывалось до 30-40 зенитных средств, а в опорных пунктах - до 10). Зенитные пулеметы и ЗГУ маскировались, прятались в укрытиях и быстро выдвигались на огневые позиции. Шаблонность атак и затягивание времени на обработку цели в таких условиях становились опасными. В районе Кандагара летом 1983 года Су-17М3 был сбит при выполнении шестого (!) захода на цель. Другими причинами потерь были ошибки пилотирования и отказы техники.
Возросшее напряжение боев привело к большим нагрузкам на летчиков и техников самолетов. Специалисты НИИ авиакосмической медицины, изучавшие "человеческий фактор", определили, что чрезмерные нагрузки на организм в течение 10-11 месяцев интенсивных боевых вылетов приводят к "существенным функциональным сдвигам и нарушениям в сердечно-сосудистой и двигательной системах, у 45% летчиков отмечается переутомление и нарушения нормальной психической деятельности". Жара и обезвоживание приводили к потерям в весе (в некоторых случаях до 20 кг) - люди буквально высыхали на солнце. Медики советовали снизить летную нагрузку, сократить время ожидания перед вылетом и создать благоприятные условия для отдыха. Практически же единственной реализуемой рекомендацией стало соблюдение предельно допустимой летной нагрузки, определенной в 4-5 боевых вылетов за смену.
На основе накопленного опыта были сформированы смешанные группы, состоявшие из истребителей-бомбардировщиков, штурмовиков и вертолетов, дополнявших друг друга при поиске и уничтожении противника. С их применением в декабре 1981 - январе 1982 года была проведена тщательно подготовленная операция по уничтожению исламских комитетов "власти на местах" в провинции Фориаб, организовывавших вооруженное сопротивление Кабулу. Кроме сухопутных войск, к операции привлекался воздушный десант (1200 человек) и 52 самолета ВВС: 24 Су-17М3, 8 Су-25, 12 МиГ-21 и 8 Ан-12. От армейской авиации в операции участвовали 60 советских и 12 афганских вертолетов. Вся операция готовилась в строгом секрете - уже был опыт нанесения ударов по пустым местам в случаях, когда в разработке планов участвовали афганские штабисты. На этот случай для них была разработана легенда, и только за 2-3 часа до начала операции афганских военных посвятили во все детали.