Анализ потерь за 1985 год показал, что 12.5% самолетов были сбиты из автоматов и ручных пулеметов, 25% - огнем из ДШК, 37.5% огнем из ЗГУ и 25% - ПЗРК. Снизить потери можно было путем дальнейшего увеличения высоты полетов и применением новых типов боеприпасов. Мощные НАР залпового пуска С-13 и тяжелые HAP C-25 запускались с дальности до 4 км, они были устойчивы в полете, точны и снабжены неконтактными взрывателями, повысившими боевую эффективность. Основной же защитой стал уход на большие высоты (до 3500-4000 м), сделавший применение НАР малорезультативным, и главным видом вооружения истребителей-бомбардировщиков стали бомбы. Они уверенно вытесняли другие средства поражения: расход авиабомб в 1987 году возрос до 113 тысяч штук по сравнению с 96 тысячами в предыдущем году, в то время как число ракет снизилось впятеро - с 1250 тысяч до 226 тысяч штук.
В Афганистане впервые в боевой обстановке были применены объемно-детонирующие авиабомбы (ОДАБ) и боевые части к ракетам. Жидкое вещество такого боеприпаса при попадании в цель рассеивалось в воздухе и образовавшееся аэрозольное облако подрывалось, поражая противника раскаленной ударной волной в большом объеме, причем максимальный эффект достигался при взрыве в стесненных условиях, сохранявших мощность огненного шара. Именно такие места - горные ущелья и пещеры служили укрытиями вооруженных отрядов. Чтобы уложить бомбы в труднодоступное место, применялось бомбометание с кабрирования: после сброса самолет уходил вверх из зоны досягаемости зенитного огня, а бомба, описав параболу, падала на дно ущелья. Применялись и специальные виды боеприпасов: так, летом 1988 года Су-17М3 из Мары ломали скальные укрепления бетонобойными бомбами. Корректируемые бомбы и управляемые ракеты чаще использовались штурмовиками Су-25, больше подходившими для действий по точечным целям.
Авиационные налеты велись не только "умением", но и "числом". Суточный расход бомб только на авиабазе Баграм составлял минимум два вагона При интенсивных бомбежках, которыми сопровождалось проведение крупных операций, в дело шли боеприпасы прямо "с колес", подвозимые с заводов-изготовителей. При особенно большом их расходе со складов отовсюду свозились даже сохранившиеся с тридцатых годов бомбы старых образцов. Бомбодержатели современных самолетов не подходили для их подвески, однако любому оружейнику с афганским опытом известен был способ подгонки - от мешавшего третьего ушка избавлялись, делая на каленом металле пару насечек напильником и сшибая его кувалдой. Несмотря на доработки матчасти и тактические приемы, 1986 год стал для "сушек" пиковым по числу потерь, "выбивших" 7 самолетов, в числе которых были 5 Су-17 из состава разведэскадрильи. Одним из них был Су-17М3Р капитана Александрова, сбитый при фотографировании над Горбандом 22 сентября. Летчик катапультировался и вскоре вернулся в строй, однако незадолго до возвращения домой, 16 мая 1987 года, вновь был вынужден покидать подбитый самолет.
Одной их самых напряженных операций с широким применением авиации была проведенная в декабре 1987 - январе 1988 года "Магистраль" по разблокированию Хоста. Бои велись на территориях, контролируемых племенем Джадран, ни в какие времена не признававшим ни короля, ни шаха, ни кабульского правительства. Граничащие с Пакистаном провинция Пактия и округ Хост были насыщены самым современным оружием и мощными укреплениями. Для их выявления на укрепленные районы высадили ложный воздушный десант и по обнаружившим себя огневым точкам нанесли мощные авиационные удары. При налетах отмечалось до 60 пусков ракет по атакующим самолетам в час. С такой плотностью зенитного огня летчикам еще не приходилось встречаться. В широкомасштабной операции участвовало 20000 советских солдат, потери составили 24 убитых и 56 раненых.
Затянувшаяся война велась уже только ради самой себя, поглощая все больше сил и средств. Конец ей мог быть положен отнюдь не военным путем, и с 15 мая 1988 года начался вывод советских войск из Афганистана. Для его прикрытия на приграничные аэродромы стянули мощные авиационные силы (ТуркВО к этому времени был ликвидирован, слившись с соседним САВО, а штаб объединенного округа сохранили в Ташкенте). Задача была однозначной - не допустить срыва вывода войск, обстрелов уходящих колонн и нападений на оставляемые объекты. С этой целью требовалось помешать передвижению вооруженных отрядов, срывать их выход на выгодные позиции, наносить упреждающие удары по местам их развертывания, вносить дезорганизацию и деморализовать противника. В канун вывода был потерян последний за афганскую кампанию Су-17М3: 25 апреля летчик из Баграма после попадания птицы покинул самолет, упавший неподалеку от аэродрома.
Об эффективности каждого вылета "за речку" речь уже не шла поставленные задачи должны были выполняться количественно, "выкатыванием" на афганские горы запасов со всех окружных складов авиационного боепитания. Бомбардировки велись с больших высот, поскольку по данным разведки к осени 1988 года у оппозиции насчитывалось 692 ПЗРК, 770 ЗГУ, 4050 ДШК. На Су-17М3 и М4, участвовавших в налетах, была доработана радиосистема дальней навигации (РСДН), обеспечивавшая автоматизированный выход на цель и бомбометание. Точность ее оказалась невелика, и в декабре 1988 года при одном из налетов бомбами "накрыли" полевой штаб афганского корпуса.
Второй этап вывода войск начался 15 августа. Чтобы избежать последних жертв подходившей к концу войны, решили увеличить интенсивность бомбежек районов ожидаемого сосредоточения моджахедов и постоянными ударами сопровождать выход колонн, срывая связь между отрядами оппозиции и подход караванов с оружием (а их только за октябрь замечено было больше ста). Для этого широко стали применяться ночные вылеты группами по 8, 12, 16 и 24 Су-17с выходом в заданный район с помощью РСДН на большой высоте и проведением навигационного (площадного) бомбометания. Удары наносились в течение всей ночи с разными интервалами, изматывая противника и держа его в постоянном напряжении близкими разрывами мощных бомб. Два вылета за ночь стали для летчиков обычным делом. Кроме того, велась ночная подсветка местности вдоль дорог с помощью САБ. В конце октября при плановой замене ИБА в Шинданде "сухих" сменил полк трехэскадрильного состава на МиГ-27М и МиГ-27Д из Жангиз-Тобе. Смена "коней" под самый конец войны по указанию Главного Штаба ВВС была продиктована уходившей возможностью испытать МиГи в деле. Им досталась нелегкая задача: 3-4 (а иногда до 6) вылета на летчика в смену в оставшиеся месяцы были нормой.
К зиме особенно важным стало обеспечение безопасности на участке, соединявшем Кабул с Хайратоном на советско-афганской границе. Район Панджшера и южного Саланга контролировали отряды Ахмад Шаха Масуда "панджшерского льва", лидера независимого и дальновидного. Командованию 40-й армии удалось договориться с ним о беспрепятственном проходе советских колонн. Перемирие сорвали афганские правительственные части, которые постоянно вели провокационные обстрелы селений вдоль дорог, вызывая ответный огонь. Избежать боев не удалось, и 23-24 января 1989 года начались непрерывные авиационные налеты на Южный Саланг и Джабаль-Уссардж. Сила бомбовых ударов была такова, что жители близлежащих афганских кишлаков покидали свои дома и перебирались ближе к дорогам, по которым к границе тянулись грузовики и военная техника.
Вывод войск завершился 15 февраля 1989 года. Еще раньше, к началу месяца, на советские аэродромы перелетели Су-17М4Р из Баграма и МиГ-27 из Шинданда, а наземное имущество было вывезено Ил-76. Но "сухие" еще оставались в Афганистане - 355-й афганский авиаполк продолжал боевые действия на Су-22. Поставки самой современной боевой техники и боеприпасов правительству Наджибуллы с уходом советских войск даже расширились. Война продолжалась, и в 1990 году решением ЦК КПСС и Совета Министров СССР Афганистану были переданы 54 боевых самолета, 6 вертолетов, 150 тактических ракет и множество другой техники. У летчиков 355-го авиаполка впереди были еще три года боев, потерь, участие в неудавшемся мятеже в марте 1990 года и бомбардировки Кабула при взятии его силами оппозиции в апреле 1992 года.