Направлявшиеся в Афганистан истребительные полки оставляли на месте часть самолетов (чтобы не оголять аэродром основного базирования) и обычно имели в своем составе две усиленные эскадрильи с общим числом 30-35 самолетов. Особенно большую нагрузку несли учебно-боевые МиГ-21УС/УМ. Помимо тренировок, спарки использовались в вывозных полетах, в которых летчики знакомились с районом боевых действий для ведения разведки и целеуказания (место инструктора при этом занимал опытный летчик или штурман, хорошо знавший местность). С помощью спарок выполняли руководство, когда над местом удара "висел" кто-либо из штаба ВВС, и контроль результатов налетов.
Для дневной и ночной фотосъемки местности применялись МиГ-21Р, оснащенные аэрофотоаппаратами АФА-39 и АШФА. В состав их оборудования входил и магнитофон, на который летчик записывал "путевые впечатления". Разведывательные МиГи использовались при ночных ударах, подсвечивая район налета "люстрами" - осветительными авиабомбами САБ-100 и САБ-250. Они участвовали в атаках и поиске караванов с оружием, особенно по ночам, благо разведчики были в числе немногих, кому поручалась рискованная ночная работа в горax (если днем досмотр вели поисковые группы на вертолетах, то скрывавшийся в темноте караван вез явно не изюм, и его судьба решалась однозначно). Экипажи МиГ-21Р, лучше других знавшие, где искать цель, вели и "свободную охоту" самостоятельный поиск и уничтожение противника. В этом случае они несли подвесные баки и две РБК-250-275 или 2-4 НАР С-24.
Афганские истребители летали на МиГ-21МФ и МиГ-21бис (к весне 1980 года в Мазари-Шарифе находились также 50 МиГ-17Ф/ПФ, использовавшиеся для штурмовки). В технике пилотирования многие из них не уступали советским летчикам, и причина этого крылась отнюдь не в глубокой "идейной убежденности". Афганские пилоты большей частью были выходцами из знатных пуштунских и таджикских родов, чувствовали себя в воздухе раскованно и мало обращали внимание на всевозможные наставления и ограничения, излюбленные в наших ВВС. При этом, однако, их боеспособность нельзя было назвать высокой - летали афганцы от силы 2-3 дня в неделю с обязательным предписанным Кораном выходным по пятницам. Выполнением боевых задач они себя особо не утруждали, считая бомбовую нагрузку из пары "соток" вполне достаточной (да и те часто ложились в стороне от цели). Случалось, из взрывателей бомб оружейники забывали вынуть чеки, превращая их в бесполезный груз. Штаб 40-й армии отмечал: "в самостоятельных действиях у афганцев пропадает желание воевать" и, чтобы повысить результативность боевой работы, советским инструкторам нередко приходилось самим занимать места в кабинах афганских самолетов.
Подготовка машин союзников оставляла желать лучшего, а при малейшем повреждении самолеты даже не пытались восстанавливать, пуская на запчасти, а то и просто разворовывая. Достопримечательностью Шинданского аэродрома долгое время был "промазавший" при посадке самолет, хвост которого торчал из пролома в стенке местного КП, со второго этажа которого как ни в чем ни бывало продолжали разноситься команды. ВВС ДРА теряли в 3-4 раза больше машин, чем советские части, - получение дармовой техники из СССР было гарантированно. Впрочем, о судьбе поставок ни у кого не было иллюзий, и среди этих самолетов попадались успевшие повоевать подремонтированные машины, еще хранившие на бортах звездочки - отметки о боевых вылетах. Всего же, по официальным оценкам, на оказание военной помощи ДРА было израсходовано более 8 млрд. долларов.
Основная тяжесть боевой работы оставалась на советских авиаторах, не знавших ни выходных, ни праздников. За год пребывания в ДРА они успевали налетать 2.5-3 нормы "мирного времени", при этом на отдельных самолетах выполнялось 450-470 вылетов. Рекорд среди истребителей, видимо, принадлежал начштаба 190-го ИАП подполковнику А.А. Почиталкину, успевшему за год работы 563 раза слетать на боевые задания. За 1984 год на ИА приходилось 28% от общего числа БШУ и 6% всех разведрейдов. Интенсивность боевой работы летчиков-истребителей была на треть выше, чем в ИБА и опережала даже штурмовиков, уступая по напряженности только экипажам вертолетов. Со временем еще более возросшая нагрузка заставила комплектовать полки вторым составом летчиков и техников из других частей. Это позволяло приобрести боевой опыт работы большему числу авиаторов и, по возможности, удержать нагрузку на людей в допустимых пределах (хотя и при этом каждый рабочий день, начинавшийся еще до восхода солнца, длился 12-14 часов, а полк успевал "переработать" 15, 20, а то и 30 тонн бомб и "допустимые пределы" сводились к тому, что люди все же не падали от усталости).
Хотя многие вылеты приходилось выполнять на пределе возможности техники, надежность МиГ-21 оказалась весьма высокой. Боеготовые машины в полках составляли 85-90%, и даже по сложным системам навигационному и радиооборудованию - число отказов было небольшим. Нарекания вызывало остекление фонаря, быстро желтевшее и терявшее прозрачность от солнца и пыли (недостаток, унаследованный и МиГ-23). Вездесущая, всепроникающая пыль полностью забивала топливные фильтры и жиклеры уже через 5-7 часов работы, что грозило остановкой двигателя в полете. В летнюю жару садившиеся самолеты встречали с поливальными машинами или просто с ведрами воды, чтобы быстрее охладить перегревшиеся тормоза - иначе давлением могло "разнести" пневматики. Интенсивная эксплуатация все же не могла не сказаться на состоянии техники - из-за недостатка времени регламентные работы выполнялись на скорую руку (привычно записывая "в полном объеме"), ремонтировать и латать самолеты приходилось на месте. После года работы на них накапливались многочисленные дефекты, был полностью "выбит" ресурс, и по возвращении в СССР истребители приходилось отправлять в капитальный ремонт. Подтверждением были и данные отчетности: аварии по небоевым причинам в тяжелых условиях работы не уступали, а часто и превосходили потери от огня противника.
С усилением ПВО моджахедов самолеты все чаще натыкались на зенитный огонь. По сообщениям летчиков, горы буквально искрили "сваркой", особенно возле баз и опорных пунктов, прикрытых 12.7-мм пулеметами ДШК китайского производства и 14.5-мм зенитными горными установками с дальностью поражения до 2000 м. В 1985 году на их долю приходилось 62.5% всех боевых повреждений самолетов. Основными причинами потерь командование ВВС признавало недостатки в планировании операций и недостаточный учет ПВО противника.
Чтобы застать моджахедов врасплох и не дать организовать огонь, предлагалось практиковать атаки со сверхмалых высот (до 50-60 м). Однако эта тактика, выработанная для европейского ТВД, не встретила энтузиазма среди летчиков, так как в условиях сложного рельефа в таких полетах на малой высоте приходилось уменьшать скорость, а при снижении в межгорья велик был риск нарваться на засаду или попасть под огонь сверху. Практичнее стало прокладывание безопасных "обходных" маршрутов, выход к цели с направлений, не прикрытых ПВО, уход на безопасные высоты.
Помимо этого, начали применять "активные меры" - выделять специальные группы для подавления ПВО. Борьба с зенитными средствами оказалась небезопасной - уничтожить позицию можно было только прямым попаданием, иначе на смену "выбитому" расчету тут же приходил следующий, и огонь возобновлялся (иногда один за другим сменялись 2-3 стрелка). Нередко противник оборудовал рядом несколько зенитных точек, разнесенных по высоте, и самолет, атаковавший одну из них, попадал под огонь соседних. Чтобы сократить время пребывания под обстрелом, удар следовало наносить на большой скорости, не ниже 950-1000 км/ч, и для этого чаще всего выделялись истребители, вооруженные НАР или РБК с шариковым или осколочным снаряжением. В МиГ-21, стремительный и меньший, чем Су-17, нелегко было попасть.