Когда на отдельных направлениях станции, узлы и даже отделения дороги оказывались в зонах боевых действий оперативно руководить ими из управления дороги было практически невозможно. Поэтому создавались пункты оперативного управления — оперативные группы. В каждую группу входили 3–5 работников управления дороги и представитель политотдела. Группа возглавлялась одним из старших командиров.
По прибытии на фронтовой или прифронтовой участок эта группа пополнялась за счет командиров отделения, преимущественно из диспетчерского аппарата. Работники, вошедшие в оперативную группу, раскреплялись по важнейшим объектам участка, каждому давались конкретные задания, намечался план действий с учетом возможных осложнений и отсутствия связи. Командированные на места работники имели право самостоятельно принимать решения. Руководитель группы поддерживал контакт с военным командованием, местными партийными и советскими органами. В распоряжении группы были обычно диспетчерская связь и автомашина. Оперативная группа координировала работу линейных предприятий участка, информировала руководство дороги о положении дел. Оперативные группы решали весьма важные задачи, связанные с транспортным обеспечением фронтовых операций.
На прифронтовых дорогах особое значение приобретало регулирование вагонного парка. Регулировочные мероприятия проводились обычно при сгущенном и неравномерном подводе поездов, концентрации грузовых операций на головных участках и станциях, перенасыщении дорог подвижным составом, в особенности порожними вагонами, несоответствии пропускной способности фактическим грузопотокам, задержках с переработкой поездов на головных участках и необходимости продвижения в первую очередь особо срочных грузов, изменении направления вагонопотоков, большом количестве переадресовок.
Фронтовые дороги были преимущественно выгрузочными. Массовое прибытие вагонов в ограниченное число пунктов часто затрудняло движение. Поэтому оперативно регулировался подвод поездов к выгрузочным районам и всемерно ускорялась разгрузка вагонов. За выгрузкой устанавливался жесткий контроль. Расширялись фронты разгрузочных работ, ускорялась подача и уборка подвижного состава, увеличивалось число людей, занятых выгрузкой.
Очень важно было как можно быстрее убирать порожние вагоны. Перенасыщение подвижным составом прифронтовых дорог и в особенности выгрузочных районов не только осложняло эксплуатационную работу, но и увеличивало потери от ударов авиации противника.
Особое значение имело регулирование пропуска поездов и отдельных вагонов по степени их важности в решении поставленных задач.
Временная оккупация врагом экономических районов западной и южной частей страны повлекла за собой изменение межрайонных связей и, как следствие, направлений грузопотоков.
На дорогах образовалось два мощных потока: воинских грузов — на запад, для фронта и эвакуационных — на восток. К потоку воинских грузов добавлялся еще поток порожних вагонов для обеспечения эвакуации. Прифронтовые дороги порой так перегружались, что приходилось ограничивать прием поездов. Это замедляло их продвижение, накапливался вагонный парк. На Московско-Киевской дороге, например, в начале июля, скопилось большое число воинских поездов, следовавших на фронт, и поездов с эвакогрузами. Число поездов, находившихся в движении, возросло более чем втрое по сравнению с предвоенным периодом. Рабочий парк вагонов был завышен почти в 4 раза. Многие узлы и станции испытывали затруднения при переформировании поездов, так как в составах часто оказывались вагоны назначением в пункты, уже оккупированные противником, или без документов. И приходилось буквально на ходу пересматривать планы формирования. Так, на Северо-Кавказской дороге вместо групповых поездов стали формировать прямые маршруты назначением на отдельные дороги. Это ускоряло продвижение грузопотоков. Практиковалось и формирование прямых маршрутов назначением на дороги Урала и Сибири, и подборка в некоторые составы вагонов с местным грузом по пунктам выгрузки для дорог, испытывавших особые затруднения.
Мощный грузопоток то и дело поступал на ранее малодеятельные участки. Для его освоения не хватало пропускной и провозной способности. Тогда составы с менее срочным грузом приходилось задерживать, размещать на ветвях необщего пользования, в тупиках и т. д. Все было мобилизовано и направлено на быстрейшее продвижение поездов с воинскими грузами к фронту и эвакопотока на восток.
Для обеспечения бесперебойного снабжения важнейших промышленных предприятий страны материалами, сырьем, топливом было введено оперативное регулирование погрузки, августа 1941 года правительство начало утверждать нормы погрузки не только по дорогам, но и по наркоматам. Это позволяло контролировать удовлетворение заявок на перевозки грузов важнейших отраслей народного хозяйства. С ноября для предотвращения сбоев в движении поездов размеры погрузки на ряде дорог стали определять в зависимости от назначения и утверждаемой правительством нормы потока народнохозяйственной продукции через наиболее затрудненные направления. Большие трудности возникали в связи с резким уменьшением протяженности сети железных дорог, сокращением ремонтнои базы. Многие локомотиво- и вагоноремонтные заводы и другие предприятия находились в процессе перебазирования на восток. Часть действующей ремонтной базы транспорта была переключена на выпуск оборонной продукции.
Сократился выпуск паровозов из капитального и среднего ремонта. Для снижения остроты положения пришлось увеличить производство среднего ремонта паровозов в депо.
Резко изменились условия и характер ремонта вагонов, особенно в депо и на вагоноремонтных пунктах фронтовых дорог. До войны вагоны поступали в ремонт в срок с нормальным износом, теперь же начали ставить на ремонт по действительному техническому состоянию. Приходили разбитые, сильно поврежденные вагоны, для восстановления которых требовались большие затраты. Осложнила положение нехватка запасных частей и материалов, поэтому пришлось максимально расширять подсобные и утилизационные цехи.