В марте 2000 г., за два дня до выборов президента, на НТВ вышла программа, от которой Кремль пришел в ярость. Она касалась расследования темных обстоятельств, окружавших якобы предотвращенный взрыв жилого дома в Рязани предыдущим летом, и возможной причастности к этому ФСБ. Министр по делам печати и средств массовых коммуникаций Михаил Лесин сообщил советнику Гусинского Игорю Малашенко, что «НТВ переступило черту и стало в их глазах преступником».
Похоже, с этого момента НТВ было обречено. Бизнес-империя Гусинского «Медиа-Мост», которой принадлежало НТВ, испытывала серьезные финансовые трудности. В 1990-е гг. Гусинский занял сотни миллионов долларов для реализации своих экстравагантных планов по расширению влияния. Был даже запущен собственный спутник в надежде, что нарождающийся средний класс вскоре начнет закупать спутниковые антенны НТВ и программное обеспечение. Гусинский собирался вывести акции компании на Нью-Йоркскую фондовую биржу, увеличить ее капитализацию и таким образом расплатиться с долгами. Но после августовского кризиса 1998 г. эти планы рухнули, равно как и российский рынок телевизионной рекламы. Компания «Медиа-Мост» оказалась обременена кредитами, по которым не могла расплатиться, причем главным ее кредитором был «Газпром» — и это дало Кремлю мощный рычаг, с помощью которого они решили придушить Гусинского. По словам Киселева, Гусинский вел переговоры с «Газпромом» о реструктуризации долга, но когда Путин стал президентом, он приказал газовой монополии потребовать немедленной выплаты всего долга — или, если «Медиа-Мост» откажется, забрать активы НТВ. 11 мая, через четыре дня после инаугурации Путина, сотрудники налоговой полиции и ФСБ взяли штурмом штаб-квартиру «Медиа-Мост». К концу дня они вывезли сотни ящиков с документами, кассетами и оборудованием. Малашенко охарактеризовал произошедшее как «чисто политический акт мести и устрашения».
Но еще оставался призрачный шанс выжить. Примерно в то же время Малашенко получил предложение непосредственно из Кремля: выполнить определенные условия — и тогда репрессалии будут прекращены. Условия, по словам Шендеровича, были следующие: прекращение расследования коррупции в Кремле, изменение информационной политики в вопросе происходящего в Чечне и изъятие из числа персонажей «Кукол» «первого лица». Иными словами, из программы должна исчезнуть латексная физиономия Путина.
Для Шендеровича это было как красная тряпка для быка. Он отреагировал на предложение новым уморительным выпуском «Кукол», который представлял собой памфлет на само распоряжение. Поскольку они не могли показывать Путина, показали вместо него горящий куст. Моисей — в образе руководителя президентской администрации Александра Волошина — получал скрижали от своего невидимого лидера с кремлевскими «десятью заповедями». В финале он называет лидера: «Просто Господь Бог. Сокращенно — ГБ». По-английски это звучит как простое сокращение. Но по-русски — предельно откровенно и провокационно (для каждого россиянина это означает КГБ).
Спустя две недели, 13 июня 2000 г., Гусинский был арестован. Когда один телевизионный репортер задал Путину вопрос об этом событии, тот продемонстрировал полную непричастность. «Я ничего об этом не знал, — сказал он, с трудом скрывая играющую на губах улыбку. — Для меня это произошло неожиданно. Надеюсь, у органов, которые принимали это решение — полагаю, это сделала прокуратура, да? — имеются серьезные основания санкционировать эти действия».
Гусинскому предложили на выбор: продать медиаимперию «Газпрому» или отвечать за мошенничество в особо крупных размерах. Он согласился на продажу и покинул страну. Самая свободная российская медиагруппа перешла под контроль Кремля.
Второй крупный медиамагнат, Борис Березовский, преуспел не намного лучше. Ему предъявляли обвинения в мошенничестве еще при премьер-министре Примакове, но когда премьер-министром стал Путин, обвинения были сняты. Березовский безоговорочно считался самым могущественным олигархом, владеющим медиаимперией и значительными промышленными и коммерческими активами, в том числе нефтяной компанией «Сибнефть» и авиакомпанией «Аэрофлот». По мере того, как Березовского выдавливали из ближайшего окружения Путина, его СМИ стали занимать все более критическую позицию. В июне он подверг критике планы Путина по децентрализации власти. На следующий день после ареста Гусинского прокурор объявил о продлении расследования финансовой деятельности «Аэрофлота». Березовского подозревали в мошенничестве и отмывании денег в особо крупных масштабах.