Призматические кристаллы арагонита нарастают на тонкую прослойку органического вещества и как бы служат естественным продолжением предыдущего призматического слоя. В направлении к периферии жемчужины количество органического вещества в ней обычно уменьшается. Такие жемчужины слегка просвечивают. В жемчужинах, где органические прослойки очень тонкие, призматический кристаллик арагонита можно проследить на всю его длину. При заметной мощности прослоек органического вещества призмочки арагонита четко обособляются одна от другой, ориентировка их становится различной.
Интенсивность окраски многих жемчужин зависит от количества органического вещества, покрывающего торцы призматических кристаллов. Значительное площадное распространение его обусловливает коричневый цвет жемчужин. Оболочка как таковая в подобных жемчужинах отсутствует. На поверхности хорошо видны верхушки кристаллов арагонита, многие из них закруглены. Это позволяет предположить наличие на верхушках кристаллов небольших граней, которые, к сожалению, совсем не изучены. Не исследована и природа неправильных белых пятен, просвечивающих в глубине коричневых жемчужин.
На призматические слои нарастают пластинчатые слои арагонита, обусловливающие перламутровый блеск жемчуга. Ими иногда сложена не только оболочка, но и целая жемчужина. Такие жемчужины слегка просвечивают. Пластинки (их можно назвать кристалликами) чаще имеют гексагональный облик, реже встречаются четырех- и пятиугольные, неправильные. Величина их от 3 до 30 мкм в поперечнике, толщина до 2,2 мкм. Толщина перламутровой оболочки 0,5 мм. Как и в перламутровом слое раковины, пластинки арагонита в жемчуге ориентированы своей главной осью перпендикулярно поверхности нарастания, т. е. грань пиканоида {001} пластинок расположена параллельно плоскости слоев.
Как и кристаллы призматического слоя, пластинчатые кристаллы арагонита заключены в конхиолиновые чехлы-капсулы. Посредством их и тонких прокладок органического вещества пластинки разделяются между собой. Это же вещество скрепляет пластинки арагонита в компактный минерально-органический агрегат.
Пластинчатые слои нередко занимают лишь часть поверхности жемчужины, тогда как на других участках обнажаются призматические слои. К этому следует добавить, что иногда речь идет не столько о слоях, сколько о наплывах и даже пленках перламутра, легко очищаемых стальной иглой с поверхности жемчужины.
Проведенное геологом А. А. Кораго [1981] исследование строения пластинчатых слоев белой (ювелирной) и серой жемчужин показало, что для первой характерна высокая степень однородности. Она проявляется в одинаковых размерах и толщине выделяемых моллюском пластинок арагонита и склеивающих их пленок органического вещества. Оболочка серых жемчужин сложена пластинками арагонита, величина и толщина которых колеблются в широких пределах. Крайне непостоянна мощность прослоек органического вещества. Существенно различаются обе жемчужины также по поверхности (простой в ювелирной жемчужине и сложной в серой), характер которой зависит от расположения пластинчатых кристаллов в оболочках.
Речные жемчужины сложены в основном слоями призматических кристаллов арагонита. Пластинчатый (перламутровый) слой на них имеет небольшую толщину. Видимо, поэтому такие жемчужины переливают бледным лунным светом.
Морские и пресноводные жемчужины несколько различаются по строению. Драгоценные морские жемчужины сложены слоями пластинчатых кристаллов арагонита, призматических кристаллов у них нет. Однако строение жемчуга из раковин мидии не подчиняется этому правилу. Жемчужины, выловленные в Феодосийской бухте, состоят в основном не из пластинчатых слоев, а из призматических кристаллов арагонита, серых в центре и белых на периферии. Слои разделены тонкими прокладками органического вещества. Ширина концентров — сотые—тысячные доли миллиметра.
Детальное исследование черноморского жемчуга произвели Е. Ф. Шнюков и Д. П. Деменко [1983]. С помощью электронно-микроскопических исследований они определили в ядре жемчужин кристаллы кальцита и гидрослюды и впервые зафиксировали в строении жемчуга слой рыхлого колломорфного арагонита. Этот слой пронизан многочисленными порами, направленными от периферии к центру. Поры разветвляются и, по мнению исследователей, являются важными каналами в жемчужине. В отдельных жемчужинах развит не один, а два колломорфных слоя, хорошо разделяющиеся между собой. Однако в таком случае в обоих слоях поры отсутствуют.