Серьезное внимание минералоги древности уделяли анализу факторов, от которых зависит процесс разрушения жемчуга. К внутренним факторам Бируни относил процессы разрушения жемчуга внутри моллюска, к внешним — процессы, вызывающие разрушение жемчуга после извлечения его из раковины. Первые пороки более существенны, они почти не поддаются «лечению». Дефекты второго рода более многочисленны и в основном зависят от места обитания жемчужницы. По мнению Бируни, лучшие сорта жемчуга «находят только на большой глубине, там, где нет яркого солнца, а вода холодная и чистая». Жемчуг с мелководья низкосортный. Яркий солнечный свет не благоприятствует получению жемчугом присущего ему цвета, а повышенная температура воды на мелководье способствует его помутнению. В связи с этим уместно напомнить, что верхний слой воды в тропических и субтропических районах нашей планеты прогревается солнцем до 30° С. На мелководье эта температура может быть еще выше.
Итак, первые изменения жемчуга проявляются в пожелтении, посерении и потемнении его поверхности. Жемчуг становится тусклым, непривлекательным. «Потухшие» слои арагонита различны по своему строению. Они наиболее однородны в том случае, если имеют светло-желтую окраску. Иногда на их поверхности находятся углубления, производящие светорассеяние в различных направлениях. Светло-желтый и серый фон измененных жемчужин осложняется появлением на них крапинок коричневого вещества. Подмечено, что это обычно происходит при соприкосновении поверхности жемчужин с металлом, в частности с медью, а иногда с золоченым серебром. Жемчужины периферийных частей некоторых предметов (в основном подвесок) иногда более интенсивно изменены, чем жемчужины, находящиеся в середине. В одном и том же изделии мелкие зерна жемчуга изменяются более интенсивно, чем крупные жемчужины.
Ряд изделий с «потухшим» речным жемчугом находится в Московском краеведческом музее. Жемчужины потемнели, а местами стали совершенно черными. Покрывающий их налет похож на сажу. С одних жемчужин он очищается сравнительно легко, с других — труднее (жемчужина будто корродируется им). В связи с этим поверхность многих жемчужин шероховата, мелкопориста.
Перечисленные изменения жемчуга фиксируют различные моменты поверхностного разрушения арагонита. Участками арагонит превращается в порошковатый агрегат с величиной частичек порядка 0,01 мм. Меньший показатель преломления этих частичек отвечает меньшему показателю преломления арагонита, он равен 1,53. Арагонит в другие минералы, в частности в кальцит, не переходит.
Следует отметить, что пожелтение как первый этап изменения жемчуга может быть вызвано не только разрушением органического вещества, но и другими факторами, в частности воздействием на него масел и сильно пахнущих веществ (благовоний, камфары и др.). Этому вопросу много внимания уделяли минералоги далекого прошлого.
Последующее изменение речного жемчуга обусловлено более интенсивным разрушением органического вещества. В ряде случаев это вещество не выносится из жемчужины, а концентрируется на ее поверхности в виде коричневого маслянистого налета, имеющего форму крапинок, пятен, неправильных разводов и выдержанных по ширине полосок. В итоге разрушающийся жемчуг приобретает пятнистую окраску и совсем теряет свои драгоценные качества. Изделий с таким жемчугом много в Мурманском краеведческом музее. Отмечены случаи, когда из двух рядом расположенных жемчужин одна в процессе изменения стала пятнисто-коричневой, а другая только слегка потускнела. Иногда коричневой становится только поверхность нижней (примыкающей к шитью) части жемчужины. В сетке-поднизи (первая половина XIX в.) жемчужинами с маслянистыми разводами сложены целые участки. Избирательное изменение жемчуга следует связывать с различным составом и строением органического вещества жемчужин. Коричневое вещество глубоко в жемчуг не проникает.
Морской жемчуг, как говорилось, менее долговечен. Его изменение также связано с разрушением органического вещества. Однако последнее не образует на нем подобных налетов, как на пресноводном жемчуге. В процессе изменения морские жемчужины становятся серыми, свинцово-серыми, свинцово-черными, черными. Этому жемчугу порой еще можно возвратить первоначальный блеск.
На заключительных этапах изменения отдельные морские жемчужины становятся тускло-коричневыми, бежевыми. Они хотя и не потеряли своей формы, но считаются «неизлечимо больными».