Преобладают серые и темно-серые цвета измененного жемчуга. На начальных этапах изменения жемчуг только слегка тускнеет, но блеск и радужность сохраняются. Нередко даже в одном изделии морские жемчужины характеризуются различной степенью изменения. Так, из восьми жемчужин, украшающих перламутровый крест в серебряной оправе (XVII в.), три умеренно изменены, одна темно-серая, три свинцово-черные, одна изменена настолько слабо, что отсвечивает зеленоватым. Существенно изменились крупные жемчужины, украшающие подвесную пелену работы XVII в. (Оружейная палата). Отдельные жемчужины неправильные (барокко), с въевшимся в них черным налетом. В экспонатах Мурманского музея морские жемчужины заметно потускнели.
Своеобразно изменяются уродливые жемчужины. Некоторые из них хотя и приобрели за 300 лет хранения бежевую окраску, но полностью не потеряли своего блеска, сверкания и привлекательности. Особенно хороши верхушки таких жемчужин: они ярко светятся и радужно играют огнем. Мало изменились за это время и редко встречающиеся морские жемчужины с характерными красными верхушками, тогда как речные жемчужины, находящиеся с ними в одном изделии, заметно потускнели.
Вторая стадия изменения жемчуга связана с нарушением агрегатного строения жемчужин, его расслоением на отдельные чешуйки и последующим полным разрушением. Сюда относятся все дефекты жемчуга за счет естественного «старения» камня, его «умирания», в конечном итоге приводящие к самопроизвольному его разрушению, вплоть до превращения в пыль. В истории известен такой случай. При заложении собора св. Петра в Риме была вскрыта гробница дочерей римского полководца Стилихона, умерших в 397 г. При соприкосновении со свежим воздухом найденные в ней 53 жемчужины почти мгновенно рассыпались в пыль, украшения же из золота и драгоценных камней не изменились на протяжении более чем тысячелетия. Описанный пример служит хорошим подтверждением зависимости состояния жемчуга от условий внешней среды.
Степень разрушения речного жемчуга на второй стадии в известной степени зависит от продолжительности хранения. По нашим наблюдениям, в жемчужинах, хранящихся в изделиях около 150 лет, иногда обнаруживается отслоение верхних выветрелых оболочек. Создается впечатление, что жемчужина самостоятельно освободилась от «умерших» сфер, обнажив при этом неизмененные участки. Однакс такое отслоение происходит не полусферами, а небольшими чешуйками. После их удаления поверхность жемчуга становится ступенчатой. Жемчужины 300-летней давности из фондов Московского краеведческого музея изменяются по-иному. В них прослеживаются обе стадии изменения. Первая стадия проявляется в потере блеска: жемчуг становится тусклым, теряет присущую ему игру светом. Заметно ухудшают блеск зарождающиеся на жемчужине трещинки, проходящие в разных направлениях. На второй стадии изменения жемчужина раскалывается по трещинкам на несколько разновеликих кусочков. Отмечены случаи, когда непосредственно в изделии слегка удлиненная жемчужина разделяется поперек на две примерно равные половинки.
Морским жемчужинам на второй стадии разрушения также присуще отслоение оболочек, однако по сравнению с речным жемчугом оно происходит более толстыми чешуйками, а то и целыми сегментами. Так шелушится перламутровая оболочка большой белой жемчужины на стерженьке, украшающей клобук патриарха Никона (Оружейная палата, XVIII в.). Двух- и трехступенчатое отслоение происходит чешуйками толщиной порядка 2 мм и участками вскрывает центральную часть жемчужины, сложенную призматическими кристаллами арагонита. Менее интенсивное отслоение выветрелых слоев отмечено и на других морских жемчужинах, которые украшают клобук. А на отдельных жемчужинах отчетливо просматриваются трещинки, по которым такое отслоение может произойти в недалеком будущем. Участками трещины располагаются закономерно, чем очень напоминают трещины отдельности. На морских жемчужинах в венцах и других предметах вклада Ивана Грозного в Троицкий монастырь (XVI в.) отмечено не только отслоение выветрелых оболочек, но и разрушение жемчуга до порошковатого состояния.
В фондах Государственного Русского музея мы обнаружили две «умершие» жемчужины 300-летней давности. Жемчужины достаточно велики (0,7 см), цвет от коричневого до темно-коричневого. Они потеряли свою первоначальную круглую форму и, видимо, не рассылались только потому, что их в свое время хорошо закрепили в серебряных гнездах. Верхние половины жемчужин представляют собой нагромождение тонких (десятые доли миллиметра) неплотно прилегающих друг к другу отслоенных оболочек. Последние, словно лепестки цветка, немного отошли в стороны, оставив в центре отверстие с неровными стенками.