Выслушав его признания, Маргарита ощутила, что «в сердце её прокралось какое‑то новое, дотоле ей неведомое чувство». Испугавшись этого, она решила избегать Бонниве. Тогда, возможно, желая вызвать её ревность, тот стал чуть ли не открыто ухаживать за одной из своих бывших любовниц. Через некоторое время, заметив, что добился желаемого, ловелас снова решил откровенно поговорить с принцессой и заверил её, что ухаживал за вышеназванной дамой потому, что та заподозрила о его любовных отношениях с ней.
— Вы нашли отличный способ служить и своим, и моим интересам, — иронически ответила Маргарита, — сами Вы получаете удовольствие, и одновременно это помогает Вам оберегать мою честь.
В конце концов, Бонниве сумел убедить сестру Франциска в том, что любит её. Сначала неопытная и чистая сердцем принцесса видела в нём только мужа своей подруги. Однако, увлечённая Платоном и поэзией трубадуров Южной Франции, была готова одарить его нежной дружбой (в духе неоплатонизма). Тем временем военные действия в Италии возобновились. Из боязни, что в его отсутствие сердце Маргариты похитит другой поклонник или что её выдадут замуж, и он уже не сможет с ней свободно видеться, хитроумный Бонниве решил сделать свою жену компаньонкой принцессы. Маргарита пообещала ему, что с кем бы она ни вступит в брак и куда бы ни уедет, она возьмёт с собой Бонавентуру.
Молодой человек уехал окрылённый, но во время военных действий попал в плен (вероятнее всего, к испанцам, хотя об этом факте его биографии нигде не упоминается). Первой весть о его пленении узнала Луиза Савойская. Графиня, по словам Маргариты, подозревала, что её дочь влюблена в брата Буази, но старалась не подавать виду, что о чём-то догадывается, ибо очень привязалась к молодому человеку. Она позвала к себе дочь и рассказала ей о несчастье, постигшем Бонниве. Однако Маргарита, прекрасно владевшая собой, только ответила:
— Это большая потеря для всего их дома и мне особенно жаль его бедную жену, которая сейчас к тому же больна.
Но, видя, что мать заливается слезами, принцесса решила и сама немного поплакать вместе с ней, чтобы не выдать своих настоящих чувств. Находясь в плену, Гильом пользовался каждым случаем, чтобы писать о себе своим друзьям, и через одного из них известил принцессу о том, что он здоров и надеется её увидеть. Луиза позволила дочери ответить ему, и её частые письма вселяли в пленника бодрость и силу.
— Я не стану рассказывать о том, сколько раз Флорида отправлялась в святые места, сколько времени она проводила в постах и молитвах за своего любимого, — даже спустя годы в словах Маргариты чудится тоска, которую она испытывала тогда.
Однако прошло ещё не меньше двух лет, прежде чем она увиделась с Бонниве.
В 1507 году умер Франциск Паолийский. Узнав об том, Луиза Савойская приказала достать тело из простой могилы, где он смиренно завещал себя похоронить, и, поцеловав его руку, повелела совершить новое погребение в достойном его мавзолее. Графиня была уверена, что рано или поздно предсказание старца сбудется. И когда это действительно произошло, она выплатила Риму сумму, необходимую для канонизации отшельника. Таким образом, 2 апреля 1519 года Франциск Паолийский был причислен к лику святых. (Чрезвычайная набожность не мешала Луизе оставаться очень суеверной и постоянно советоваться со своим астрологом Корнелиусом Агриппой).
— 3 августа 1508 года, в царствование короля Людовика XII, мой сын уехал из Амбуаза ко двору и оставил меня в полном одиночестве, — спустя годы написала Луиза Савойская в своём дневнике.
На самом деле, Маргарита осталась вместе с матерью, но, конечно, она не могла заменить ей Франциска. После того, как юноша приобретал придворный лоск, путь ему, обычно, был один — на войну, где он мог бы выказать свою храбрость. Но, в отличие от товарищей его детских игр, принца воевать не отпустили, хотя он очень рвался. Тем не менее, Людовик ХII был неумолим: а вдруг, не дай Бог, убьют его будущего зятя и наследника? И Луиза в этом была с королём полностью согласна.
Между тем Анна Бретонская не могла смириться с тем, что её дочь должна выти замуж за Франциска. Она не позволила Клод провести ни минуты наедине с женихом или с его матерью, и упорно придерживалась этого в течение оставшихся восьми лет своей жизни. Чтобы разделись семью Франциска, королева начала подыскивать подходящего мужа для Маргариты. Одно время Анна даже соглашалась на её брак с Карлом Габсбургом, однако тому шёл только восьмой год, в то время как Маргарите исполнилось шестнадцать лет. По этой причине, а также потому, что королева не утратила надежды выдать собственную дочь за внука императора, этот брачный проект был отвергнут.