В начале 1509 года графиню Ангулемскую неожиданно вызвали в Париж во дворец Турнель, куда прибыл Людовик ХII со своим двором. В его свите находился герцог Алансонский, который не пользовался благосклонностью Маргариты, несмотря на его неуклюжие попытки очаровать её. Однако он настойчиво уговаривал короля и королеву помочь ему жениться на ней. Анна Бретонская сразу поддержала его просьбу. Людовику тоже был выгоден этот брак, с помощью которого он надеялся уладить давний спор между короной и домом Алансонов из-за графства Арманьяк. После свадьбы Маргариты король решил передать ей спорные земли в качестве вдовьей доли.
Правда, сначала Карл Алансонский был обручён с Сюзанной Бурбон, единственной наследницей Анны Французской и Пьера де Божё, герцога Бурбона. Но потом их брачный контракт был аннулирован по приказу короля, чтобы урегулировать спор между Сюзанной и её кузеном Карлом де Монпасье из-за наследства Бурбонов. Дело закончилось браком этой пары. Взамен двадцатилетний герцог Алансонской должен был получить руку Маргариты Ангулемской.
Пожалуй, худшего претендента на роль жениха умной и образованной принцессы трудно было найти. Карл Алансонский обладал меланхолическим и ревнивым характером. Несмотря на небольшие способности, он настойчиво добиваться от короля должностей, которые был неспособен занимать из-за своей тупости и медлительности, а также слабого здоровья. В общем, герцог не пользовался ни малейшим уважением при дворе. В его активе было только высокое происхождение. Однако мнение Маргариты никого не интересовало, даже её мать, которая рада была породниться с Алансоном. Приданое принцессы составило 60 000 турских ливров, помимо графства Арманьяк. Указанная сумма должна была выплачиваться в рассрочку. Первую часть приданого сестры в размере 6000 ливров Франциск вручил герцогу Алансонскому в день подписания брачного контракта. Документ, хранящийся в Королевской библиотеке и подписанный Маргаритой и Карлом гласит, что герцог Алансонский не получал дальнейших сумм до 1518 года. В этом и в следующем году ему досталось ещё 40 000 ливров, в 1520 году Франциск внёс аванс в размере 7000 ливров. После этого всё ещё оставалась задолженность в размере 7000 ливров, которую, вероятно, муж Маргариты так и не увидел.
Когда все приготовления уже были сделаны, Луиза Савойская сообщила дочери об её предстоящем браке с герцогом Алансонским:
— Я выбрала для Вас эту партию, ибо считаю её наиболее подходящей.
Зная, что — коль скоро решение уже принято — отказываться нельзя, принцесса смиренно ответила матери:
— Ежели Господь того хочет, я готова исполнить Его волю.
Тем не менее, ей стоило такого труда сдержать подступавшие слёзы, что у неё хлынула кровь из носа. Маргариту уложили в постель, и жизнь её какое‑то время висела на волоске. Но это не избавило её от ненавистного брака.
Королева Анна обязалась покрыть расходы на свадьбу. Церемония была проведена с большим великолепием в Блуа 9 октября 1509 года, в пятнадцать минут шестого вечера. Кардинал Нантский соединил молодую пару в присутствии короля, королевы и собравшегося двора. Людовик ХII вёл невесту к алтарю и обратно. Как подружка невесты, Маргариту сопровождала Анна Бретонская. Луиза же, по словам хрониста, была этим так растрогана, что не могла удержаться от слёз. После церемонии королева дала банкет в честь молодой, на котором присутствовали все самые знатные дамы королевства.
Почти на всю длину зала был накрыт стол. В центре сидела Анна Бретонская на своём троне, а по правую руку от неё, чуть в отдалении, новобрачная и кардинал Нантский, он же архиепископ Санса, который читал мессу и провёл обряд бракосочетания. Далее разместились послы. По левую руку от королевы сидела Анна де Божё, чуть дальше — вдовствующая герцогиня Алансонская, свекровь Маргариты, а также Сюзанна де Бурбон, Луиза Савойская, герцогиня де Лонгвиль и другие. У королевы, невесты и вдовствующей герцогини де Бурбон были отдельные блюда из золота, у остальных — общие и из серебра (кроме послов). На другой стороне зала, ниже, стоял ещё один стол, где сидели новобрачный, Франциск и другие принцы крови, и с ними остальные дамы. Анна Бретонская вручила герольдам и трубачам большую вазу, и они, крича: «Щедрость!», пошли меж столами. После обеда немного потанцевали. Когда танцы закончились, гости перешли в другое помещение, чтобы полюбоваться поединками, которыми руководил брат Маргариты с семью приятелями, причём Франциск был одет в золотое сукно, а его компаньоны — в жёлтый шелк.