Спустя два месяца Яковлевой предложили срочно возвратиться в Москву. На заседании президиума 30 декабря 1918 года было принято решение отозвать председателя комиссии из Петрограда. Посыпались телеграммы от многих людей, в том числе от Ленина. Последняя телеграмма от 2 января 1919 года гласила: «Повторяю требование вашего немедленного выезда. Порицаю. Оставьте заместителя, кого хотите, например, Сергеева».
Варваре Николаевне пришлось уехать в Москву. Кто же стал новым председателем Петроградской чрезвычайной комиссии? Яковлева распорядилась назначить на свой бывший пост глубоко симпатичного ей человека — Николая Кирилловича Антипова, а не рекомендованного Лениным Сергеева. Следует заметить, что в основном она общалась с мужчинами. Яковлева легко научилась управлять ими, безошибочно выбирая в союзники тех, кто впоследствии становился преданным человеком.
Став председателем, Варвара Николаевна добилась назначения Антипова своим заместителем. По-другому, впрочем, и быть не могло. Они оба примкнули к революционному движению еще в юношеском возрасте сполна испытав муки арестов, тюрем и ссылок. Да и по возрасту Яковлева была старше Антипова на десять лет. Все это облегчало возможность взять его под свою опеку, хотя чекистом Николай Кириллович стал совсем недавно. В то время это не было в диковинку — ведь президиум Петроградской ЧК расширялся, и стаж работы в органах госбезопасности не имел решающего значения.
Позднее в Петрограде появились компрометирующие Варвару Николаевну материалы. Узнав об этом. Антипов поспешил сообщить ей об этом, послав в Москву гонца с сообщением личного характера. Тем гонцом оказался уже упоминавшийся Гольдингер.
И еще несколько слов об Антипове. После десятилетнего председательства ПЧК он побывал на различных партийных и государственных должностях во многих городах СССР. В 1936 году Николай Кириллович занимал посты председателя Народного контроля и заместителя председателя Совета народных комиссаров. Также он был членом ЦК ВКП(б). В свите Сталина Антипов появлялся на трибунах и в президиумах. 27 февраля 1937 года в числе двадцати высокопоставленных государственных и партийных деятелей во главе со Сталиным присутствовал на заседании комиссии ЦК ВКП(б) по делу Бухарина и Рыкова. Антипов поддержал предложение Шкирятова: «Бухарина и Рыкова исключить из состава кандидатов ЦК ВКП(б) и членов ВКП(б) и предать суду без применения расстрела». Все, кто голосовал за это предложение, впоследствии были арестованы и расстреляны. Избежал этой участи лишь Н. С. Хрущев. Кто знает, проголосовал бы Антипов за предложение не Шкирятова, а Сталина — может быть, и остался бы в живых. Николая Кирилловича арестовали 21 июня 1937 года по обвинению в том, что он примкнул к контрреволюционной организации правых в 1928 году. 28 июля 1938 года суд приговорил Антипова к высшей мере наказания — расстрелу, и на следующий день приговор был приведен в исполнение. 30 июля 1956 года Военная коллегия Верховного суда СССР отменила этот приговор, и дело было прекращено за отсутствием состава преступления.
Но что стало c Варварой Николаевной Яковлевой после того, как она ушла с поста председателя ПЧК? В Москве к работе во Всероссийской ЧК она не приступила, более того, была выведенa из коллегии не только ВЧК, но и НКВД. В январе 1919 года Варвара Николаевна стaлa членим коллегии Наркомата продовольствия. Таким образом, причины срочного вызова Яковлевой в Москву совершенно непонятны. На этот счет есть несколько версий.
Не вина, а беда Варвары Николаевны состояла в том, что чуть ли не с момента создания Петроградской ЧК на ключевых постах осели авантюристы, предатели и шпионы. Яковлева же, будучи председателем комиссии, не приняла должных мер для их выявления и разоблачения. Ну, а к тем сотрудникам, чья враждебная деятельность ей стала известна, отнеслась снисходительно. Роковую роль сыграло и то обстоятельство, что Яковлева была неопытным руководителем. Понятно, что коллектив ПЧК оставлял желать лучшего. Ведь революционеры (а именно они составляли основной костяк ПЧК) не имели должного образования и соответствующего интеллектуального развития. Пo этой причине и проводились «пробы» на чекистские должности.
Подтверждением неблагополучного положения дел в Чрезвычайной комиссии Пeтpoгада может служить документ, обнаруженный в Гуверовском архиве (США), как pаз относящийся к периоду работы Яковлевой:
«…Имеем, кроме того, возможность читать не только бумаги самого секретного характера, но даже резолюции, на них налагаемые. Настоятельно необходимо в кратчайший срок поддержать наше крупное дело и увеличить против сметы расходы, чтобы спасти могущее погибнуть государственное достояние. Дороговизна такова, что наши сотрудники буквально голодают. Все эти люди вполне сознают важность своей задачи и потому, оставаясь на своих постах, просят поддержать их во имя пользы России и дать возможность продолжать их работу для облегчения оккупации Петрограда, спасения многомиллионного государственного имущества и избежания излишних потерь в оккупационных войсках. М. В. и В. Н.»