В 1918 году делегаты VIII съезда РКП(б) приняли программу развернутого строительства коммунизма. Делегаты, четверть которых не имела вообще никакого образования! Ситуация складывалась не лучшим образом. Большевики после взятия власти в октябре 1917 года и не думали выполнять свои обещания: «Земля — крестьянам! Фабрики и заводы — рабочим!» С лета 1918 года участились случаи, когда рабочие отказывались трудиться. В связи с этим разрабатывалась система мер принуждения к труду, например, трудовые армии 1920 года. Троцкий предлагал даже увековечить эти трудовые армии сделать из них ударные батальоны и «посылать на важнейшие стройки, чтобы они повысили производительность труда своим примером и репрессиями». Словом, его идеи носили черты «казарменного коммунизма», «аракчеевщины».
Гражданская война заканчивалась. В стране царили голод и разруха. Особенно сложная обстановка складывалась в Петрограде.
13 апреля 1921 года на общегородском совещании представителей фабрик и заводов Зиновьев признал: «Да, товарищи, в Советской России живется очень туго, о Петрограде нечего и говорить — нигде кладбища не росли так быстро, как в Петрограде. Вы не найдете здесь ни одной рабочей семьи, у которой смерть не вырвала бы кого-нибудь за последние годы… Мы делали массу ошибок, так как проделывали гигантскую, беспримерную в истории работу. Только в 1921 году мы присту пили к строительству советской власти».
Однако народ обещаниям уже не верил. В стране нарастали гражданские волнения. Самым недобрым напоминанием властям о настроениях народа стал кронштадтский мятеж, названный Лениным восстанием, «которое потрясло устои только что созревающей советской власти — еще неизведанного до сих пор строя».
Выступая на Политбюро ЦК РКП(б), Троцкий требовал подавить мятеж штурмом, иначе «промедление может настежь открыть ворота для контрреволюции». Для осуществления его плана в Петроград уехали делегаты X съезда партии, в том числе Ворошилов, Дзержинский, Тухачевский.
Следует отметить, что на X съезде ЦК РКП(б), состоявшемся 8–21 марта 1921 года, Яковлева была в числе делегатов, которые выдвигались в члены ЦК партии. При голосовании она получила 117 голосов при необходимых 240. Так Варвара Николаевна осталась «за бортом». К тому времени Яковлева являлась членом Сиббюро ЦК РКП(б) и начальником Сибполитпути. С декабря 1920 она — секретарь Московского комитета РКП(б), а с 1921 — Сиббюро ЦК РКП(б).
Внутри партии назревал конфликт. Формировалась оппозиция курсу Ленина, возникали различные политические платформы. В 1920–1921 гг. Троцкий организовал профсоюзную дискуссию, сутью которой было огосударствление профсоюзов, то есть он выступал за милитаризацию профсоюзов и снижение роли партии в строительстве социализма.
По данному вопросу известный революционер Раскольников признавал: «Я никогда не был троцкистом, но в то время совершил грехопадение и примкнул к платформе Троцкого. Я считал, что сведение профессиональных союзов на роль "школы коммунизма" и защитника профессиональных интересов трудящихся недостаточно, необходимо привлечь профсоюзы к управлению государством. Поэтому я с горячностью защищал пресловутые тезисы о «перетряхивании» профессиональных союзов и об их «сращивании» с руководящими хозяйственными организациями. В этой платформе веял синдикалистский душок, роднивший с платформой «рабочей оппозиции» Шляпникова и Коллонтай. Дискуссия оказалась бесплодной, как библейская смоковница. Платформа Троцкого не предвидела нэпа, крупнейшего и крутого поворота. на пороге которого стояла тогда страна».
В 1923–1924 гг. Троцкий вновь предложил дискуссию. Ее началом стали письмо членам ЦК и ЦКК партии от 8 октября и так называемое «Заявление сорока шести» от 15 октября 1923 года. Авторы документов обвиняли ЦК партии в неправильном руководстве, грозили расколом и требовали отмены решения партийного съезда о запрете фракций и группировок. «Заявление сорока шести» было вызвано резким обострением экономического кризиса, нарастающим бюрократизмом партийного и государственного аппарата, активизацией деятельности «тройки» — Зиновьева, Каменева и Сталина.
Эти события не могли пройти мимо Варвары Николаевны Яковлевой. В 1920–1921 гг. во время дискуссии о профсоюзах она входила в «буферную группу», руководимую Бухариным, а затем примкнула к Троцкому. В 1923 году Яковлева подписала «Заявление сорока шести» и до 1927 года вела организационную работу в троцкистском центре. Спустя некоторое время она порвала с оппозицией и стала сторонницей Сталина.