В дальнейшем ее роль в политической жизни страны фактически сводилась к одобрению курса партии и правительства по всем вопросам. Яковлева была делегатом VII, X, XI, XIV, XVI и XVII съездов партии, членом ВЦИК и ЦИК СССР.
В 1929 году Варвара Николаевна стала народным комиссаром финансов РСФСР. Ее 14 статей ло финансовым вопросам вышли отдельными изданиями в 1931–1936 гт. Среди них: «Строго соблюдать финансовую дисциплину» (1935 г.) и «Все средства на социалистическое строительство» (1936 г.), выдержанные в духе того времени, обильно разбавленные цитатами из произведений Сталина.
Но Яковлева не подозревала, что жить ей оставалось недолго.
Весь 1936 год и начало 1937 года НКВД по заданию Сталина активно собирало материалы на Бухарина и Рыкова. Венцом травли этих известных политических деятелей стал Пленум ЦК ВКП(б), открывшийся 23 февраля 1937 года. На нем была образована специальная комиссия, которая спустя четыре дня постановила: «Исключить из состава кандидатов в члены ЦК и из рядов ВКП(б) Бухарина и Рыкова; суду не предавать, а направить дело в НКВД». Пленум ЦК партии утвердил это постановление, и в тот же день означенные личности были арестованы.
После этого работа по так называемому «антисоветскому правотроцкистскому блоку» Бухарина и Рыкова стала набирать обороты: были проведены аресты еще 19 человек. Наряду с их допросами подбиралась и свидетельская база из числа отбывавших наказание оппозиционеров, проводились новые аресты.
Суд в отношении деятельности антисоветских организаций состоял из нескольких слушаний. Много людей оказались виновными в итоге, подведенным Вышинским, Троцкий отметил, что выходило так, будто «советское государство выступает как централизованный аппарат государственной измены. Глава правительства и большинство народных комиссаров (Рыков, Каменев, Рудзутак, Смирнов, Яковлев, Розенгольц, Чернов, Гринько, Иванов, Осинский и др.); важнейшие советские дипломаты (Раковский, Сокольников, Крестинский, Карахан, Богомолов, Юренев и др.); все руководители Коминтерна (Зиновьев, Бухарин, Радек); главные руководители хозяйства (Пятаков, Смирнов, Серебряков, Лифшиц и пр.); лучшие полководцы и руководители Красной армии (Тухачевский, Гамарник, Якир, Уборевич, Корк, Муралов, Мрачковский, Алксиис, адмирал Орлов и пр.); наиболее выдающиеся рабочие-революционеры, выдвинутые большевизмом за 35 лет (Томский, Евдокимов, Смирнов, Бакаев, Серебряков, Богуславский, Мрачковский): глава и члены правительства Российской советской республики (Сулимов, Варвара Яковлева); все без исключения главы трех десятков советских республик, т. е. Вожди, выдвинутые движением освобожденных национальностей (Буду Мдивани, Окуджава, Кавтарадзе, Червяков, Гололед, Скрыпник, Любченко, Нестор Лакоба, Фанзула Ходжаев, Икрамов и десятки других); руководители ГПУ в течение последних десяти лег, Ягода и его сотрудники; наконец, и это важнее всего, члены всемогущего Политбюро, фактической верховной власти страны: Троцкий, Зиновьев, Каменев, Томский, Рыков, Бухарин, Рудзутак, — все они состояли в заговоре против советской власти, даже в те годы, когда она находилась в их руках. Все они, в качестве агентов иностранных держав, стремились разорвать построенную ими советскую федерацию в клочья и закабалить фашизму народы, за освобождение которых боролись десятки лет».
В числе арестованных оказалась и Варвара Яковлева. 12 сентября 1937 года ее посадили в тюрьму по подозрению в антисоветской деятельности, но 26 декабря того же года это обвинение было изменено. Яковлева, по мнению следствия, якобы уже была достаточно изобличена в том, что «являлась активным участником нелегальной контрреволюционной троцкистской организации и занималась вредительской террористической деятельностью».
Что же послужило основанием для предъявления столь сурового обвинения? По всей видимости, Варвара Николаевна не давала следствию нужных показаний в отношении Бухарина, левых коммунистов и их позиции по мирному договору с Германией 1918 года.
Незаконные методы следствия были тогда широко распространены. Многие люди оказались морально сломленными, физически униженными при такой «добыче информации». Яковлева не стала исключением.
В феврале–марте 1938 года она предстала на суде, предметом разбирательства которого стал «антисоветский протроцкистский блок». Обвинительную речь полагалось произнести Главному прокурору СССР Вышинскому. Точную характеристику этому человеку дал Л. Д. Троцкий в своей статье «Итоги процесса»: «В годы революции он был в лагере белых. Переменив после окончательной победы большевиков ориентацию, он долго чувствовал себя униженным и подозреваемым. Теперь он берет реванш. Он может глумиться над Бухариным. Рыковым, Раковским, имена которых в течение ряда лет произносил с преувеличенной почтительностью».