В настоящее время существуют разные мнения о необходимости заключения тогда, в 1918 году, мирного договора с Германией. Конечно, Россия потеряла огромные территории. Утверждения, что Ленин был немецким шпионом, а потому и пошел на такой унизительный для Советской России шаг, небезосновательны. Возможно, в тот момент подписание Брестского мирного договора являлось единственно верным решением. Особенно если учитывать разрыв отношений с Антантой, плохую подготовку армии к военным действиям, опасность захвата Петрограда.
Кстати, тогдашние союзники большевиков — левые эсеры — тоже решительно протестовали против Брестского мира. Они вышли из правительства, куда уже больше не вернулись. Позиция Яковлевой по договору с немцами негативно отразилась на ее взаимоотношениях с Лениным. Оставаясь внешне лояльным, он перестал доверять Варваре Николаевне.
24 февраля 1918 года Яковлева участвовала в заседании узкого состава Московского областного бюро РСДРП(б), которое выразило недоверие ЦК партии, отказалось подчиняться решению ЦК по вопросу о мире с Германией и заявило, что считает целесообразным в интересах международной революции идти на возможность утраты советской власти, становящейся после заключения договора чисто формальной.
Позднее Варвара Николаевна не только не стала членом, но и потеряла пост кандидата в члены ЦК партии. Ее дальнейшая судьба определилась на заседании ЦК РКП(б) 18 мая 1918 года. Тогда по просьбе Дзержинского с целью усиления комиссии ВЧК было решено «перевести туда ряд товарищей», в том числе Яковлеву, для работы в отделе по борьбе с контрреволюционерами при ЧК.
Начался один из самых значительных этапов жизни Яковлевой.
Варвара Николаевна еще в марте 1918 года стала членом коллегии НКВД, работая в Московской ЧК. Кроме того, с июля того же года она — член коллегии ВЧК, а в сентябре 1918 – январе 1919 гг. она председательствовала в Петроградской ЧК. Следует подробнее описать обстановку того времени, чтобы понять, какие обязанностями пришлось выполнять Яковлевой в органах госбезопасности.
До 10 марта 1918 года Петроград являлся столицей Российской империи. Потом правительство переехало в Москву. У руля власти в Петрограде встал Григорий Евсеевич Зиновьев (Г. А. Радомысльский). Так по-настоящему звали Григория Евсеевича Зиновьева. Он родился в 1883 году в Елисаветграде в семье владельца молочной фермы.
Волею судьбы Зиновьев стал фактическим правителем Петрограда. При нем сменилось девять секретарей Петроградского комитета партии, одиннадцать начальников губернской ЧК, а только за 1919 год на посту руководителя городской милиции побывало восемь человек. Зиновьев обладал неограниченной властью. Вот как отзывался о Зиновьеве член партии Федор Раскольников: «После Октябрьской революции Ленин простил Зиновьева и Каменева за «штрейкбрехерство» и не только сохранил их в партии, но и посадил обоих, как бояр, на «кормление»: Каменева — в Московскую, а Зиновьева — в Петроградскую вотчины. Кроме того, они были влиятельными членами не декоративного, а подлинного советского правительства — Политбюро Центрального Комитета». Раскольников отметил также, что «Зиновьев не отличался личной отвагой и, как и все трусливые люди, в панике хватался за орудие террора».
Так сложилось, что в 1918 году Петроград в связи с наступлением немецких войск стал прифронтовым городом и оказался почти в блокаде. В нем царили разруха, голод, террор. Как грибы после дождя, в городе возникали всевозможные нелегальные и полулегальные организации, враждебные новой власти. И хотя заключение Брестского мира остановило нашествие немцев на Петроград, но это было еще не все.
9 марта 1918 года началась военная интервенция стран Антанты. В этот день английский десант высадился в Мурманске, немного позже — в Архангельске, а в апреле того же года во Владивостоке появились американские и японские войска. Летом к советским берегам Черного моря пожаловали английские и французские корабли. Республика оказалась в кольце.
5 мая 1918 года состоялось экстренное заседание ЦК РКП(б), на котором обсуждался вопрос о международном положении Советской России. По предложению Ленина было принято постановление: «Немецкому ультиматуму уступить, а английский отклонить, ибо война против Германии грозит непосредственно бо́льшими потерями и бедствиями, чем против Японии».
Английский ультиматум сводился к требованию продолжить войну Советской России с Германией. Германия же потребовала передачи Финляндии последнего форта Ино, который входил в систему кронштадтских укреплений и прикрывал подступы к Петрограду. И еще один интересный факт: с 3 по 27 августа 1918 года в Берлине проходило совещание по Восточной Карелии. Финская сторона настаивала на безвозмездной передаче ей Мурманска, Кольского полуострова. Соловецких островов и большой части Онежской губы. Такая вот благодарность Финляндии за предоставленную ей независимость. (Эта страна находилась в орбите Германии вплоть до капитуляции во второй мировой войне в 1944 году).