В то время Петроградскую ЧК возглавлял Моисей Соломонович Урицкий. (Он также был начальником комиссариата внутренних дел Петрограда). Урицкий, имея юридическое образование, пытался организовать деятельность правоохранительных органов на правовой основе. Однако ему не удалось осуществить задуманное, проявляя «сдержанность в репрессиях» нередко он совершая ошибки в подборе и расстановке кадров на ключевые должности.
Так с подачи Урицкого на работе в ЧК появились такие личности с преступными наклонностями, как начальник комиссаров и разведчиков С. Л. Геллер и заведующий следствием С. А. Байковский.
Геллер, уроженец города Вильно (его родители с 1917 года проживали в США), был принят в члены РКП(б) по рекомендации Урицкого. Исполняя обязанности начальника комиссаров и разведчиков, он использовал свое служебное положение для хищения ценностей, конфискованных ПЧК у арестованных, покровительствовал криминальным элементам, в частности, знакомя некоторых из них с материалами следствия. 10 января 1920 года президиум ПЧК приговорил Геллера и трех его сподвижников к расстрелу.
Станислав Александрович Байковский, выходец из Польши, до октября 1919 года находился на посту заведующего следствием ПЧК. Он принимал решения о судьбах арестованных жителей Петрограда и стоял у истоков таких методов допроса, которые позволяли получать в ходе следствия любые «нужные» показания. Байковский судил людей по анкетным данным. В 1938 году он был репрессирован.
После убийства Урицкого в августе 1918 года место председателя Петроградской ЧК занял Глеб Иванович Бокий. А как же Яковлева? После завершения дела «заговор послов» она не уехала в Москву. 16 сентября 1918 года ЦК РКП(б) принял решение «о необходимости самого тесного сотрудничества между Петроградом и Москвой в Чрезвычайной Комиссии, как Всероссийской, так и Петроградской, ввиду того, что многие дела возникают в одном месте, а нити имеют в другом». По этой причине Яковлевой было предложено продлить свое пребывание в Петрограде.
Так из «гостьи» Варвара Николаевна превратилась в полноправного сотрудника Петроградской ЧК, члена президиума комиссии и заместителя Бокия. В начальный период работы на новом месте Яковлева вела себя предельно осмотрительно, ограничиваясь лишь функциями наблюдателя из Центра. Вместе с тем она подписывала кое-какие документы, не имевшие, правда, существенного значения. Вполне возможно, что ее, женщину, местные чекисты не воспринимали в качестве руководителя такого ранга. А зря.
Бокий руководил Петроградской ЧК всего ничего — чуть более месяца. После чего Зиновьев, испытывая глубокую неприязнь к нему, с помощью интриг сумел не только снять Бокия с должности, но и вообще убрать из Петрограда.
10 ноября 1918 года новым председателем ЧК стала Варвара Яковлева.
В тот период в стране бушевал «красный террор». Вот что говорилось в постановлении СНК ст 5 сентября 1918 года: «Необходимо опубликовать имена всех расстрелянных, а также основания применения к ним этой меры». В октябре — декабре того же года в газете «Петроградская правда» за подписью Яковлевой появилось шесть списков расстрелянных. количество которых составляло в общей сложности 106 человек. В их числе, например, были: убийца Урицкого Каннигисер; четыре человека — по деду «об организации, поставившей себе целью вербовку на Мурмаи»; десять по делу «о выступлении матросов»; пять — бывших чекистов, а остальные — преимущественно бандиты, грабители, спекулянты и убийцы. Среди пяти разоблаченных и расстрелянных чекистов оказались люди, появившиеся на работе и комиссии еще при Урицком. Это комиссары Роман Иванович Юргенсон и Густав Иоганнонич Менам — «за намерение присвоить деньги, отобранные при обыске и затем бежать», бывший комиссар Иосиф Филиппович Доссель — «за шантаж и ряд мелких уголовных дел», бывшие сотрудники Алексей Васильевич Кузьмин и Георгий Степанович Кузнецов — по делу «о налете на восьмую роту».