Но Лукреция сильна была не только в сексуальных утехах, но в политике. Она уже вовсю рулит делами отца. Она большую часть времени сидит в комнатах Папы и занимается, как бы сейчас сказали, деловой перепиской отца. Она вскрывает письма, депеши, пишет ответы, советуется с отцом, созывает священную коллегию кардиналов. Говорит, кого наградить, кого наказать. Иногда заседание превращается в разнузданный пир. Лукреция едва прикрыв свою наготу прозрачной тканью, ласкает отца и потешается над священниками. Но все боятся что-то сказать соблазнительной девушке, они знают: месть ее будет ужасной. И что самое главное ее всегда поддержит ее могущественный отец.
Почему Родриго Борджиа доверял дочери настолько, что позволял от своего имени решать едва ли не любые вопросы? Как-то он назначил Лукрецию губернатором городов Сполетто и Фолиньо, нарушив незыблемое до сих пор правило, гласившее, что такой высокий пост мог занимать лишь мужчина с кардинальским титулом. Но злопыхатели были посрамлены: Лукреция проявила себя в политике с самой наилучшей стороны. Например, когда враждовавшие между собой города Терни и Сполетто готовы были начать войну, Лукреция убедила предводителей городов заключить перемирие. Видимо недаром Родриго направил свою дочь в мятежные города — был уверен в уме и дипломатических и деловых качествах Лукреции. Он знал: она его не подведет и не предаст. Она его дочь, любовница и советник. Три в одном.
Все больше возрастает влияние при папском дворе Джованни Борджиа. Все понимают он приемник Александра VI. Джованни на правах первого мужчины Лукреции иногда по ночам навещает сестру. Другого брата — Чезаре — это бесит. Он страшно ревнует Лукрецию к Джованни. И он решает устранить соперника. К тому же смерть брата выгодна Чезаре вдвойне. Дело в том что Родриго Борджиа желал чтобы Чезаре делал церковную карьеру, а не военную. А сын не хотел этого, прирожденный воин и полководец он страстно желал военной карьеры
В ночь на 14 июня 1497 года недалеко от пьяццы делла Джудекка наемники нападают на Джованни и наносят 9 резано-колотых ран, затем зверски перерезают ему глотку, а труп скидывают в Тибр. Убийство осталось нераскрытым. Свидетелей преступления не было, кроме одного рыбака, который видел, как двое неизвестных выбрасывали тело в реку. Убийство было явно заказным, у жертвы не забрали даже кошелек с 30-ю золотыми дукатами. По другой версии, убийцей являлся отец молодой девушки Антонио Пико дела Мирандола, представитель древнего римского рода. Его дом находился в близости от Тибра. Незадолго до смерти Джованни обесчестил его четырнадцатилетнюю дочь. Оскорбленный отец чтобы отомстить ловеласу нанял киллеров и дескать те его и закололи. Но это всего лишь версия, большинство склонялось к тому мнению что главным и основным заказчиком преступления был все-таки Чезаре Борджиа.
Чезаре боится мести со стороны отца и быстро покидает Рим. Спешный отъезд Чезаре из города делает его главным подозреваемым в убийстве в глазах Родриго. Борджиа "запытал" до смерти многих вельмож, избранных наугад, и по их доказательствам уверился в своей версии.
Смерть Джованни, своего первого мужчины, глубоко потрясает Лукрецию. Она уходит добровольно в монастырь. Но как Родриго Борджиа обойдется без своего верного помощника и любовницы. Ее надо было срочно вызволять из монастыря. Ей писали письма с просьбой одуматься, покаяться, вернуться в лоно клана, даже приезжал брат Чезаре, но она не пожелала его видеть. Она не хотела его прощать, справедливо подозревая в смерти Джованни.
Тогда Родриго Борджиа придумал хитроумный план. Сначала папа подослал ей служанку по имени Пантисилея. Она должна была пробудить интерес отшельницы к светской жизни. Она привезла кучу роскошных модных и красивых нарядов. Лукреция отвыкшая от мирской жизни стала разглядывать их, примерять, жадно слушать рассказы о балах, карнавалах, праздниках. Лукреция все больше и больше интересовалась мирской жизнью и стала следить за своей внешностью. Поняв, что умонастроения дочери изменились Родриго бросил в бой своего камердинера красавчика Педро Кальдеса по прозвищу Перотто. Он прислал его в монастырь чтобы тот дал того что она чего не имела в церковных стенах и что имела в полном изобилии в Риме — а именно обыкновенного секса.
Педро удалось выполнить поручения папы, и даже перевыполнить. Лукреция безумно соскучившаяся по мужчинам быстро и страстно отдалась камердинеру. И не только отдалась, но и влюбилась в него. Как и тот в нее. Встречались, встречались — и девушка забеременела. Естественно возникло головокружение, стало рвать, затошнило, потянуло на солененькое. Животик предательски округлился и тайна тут же и открылась. Но пока очень узкому кругу. Служанка — секретный папский агент — так прониклась переживаниями и чувствами влюбленных, что начала прикрывать их преступную связь. Отчеты к Александру VI стали спокойными и умиротворенными.