В память о покойном герцоге Бишелье у Лукреции остается сын — Родриго Арагонский, который умрёт в 1512 году в возрасте 13 лет.
И вот наступает черный и переломный в судьбе клана Борджиа 1503 год. Небывалый случай: погибает от яда распутный и алчный папа Александр VI. Папа — он же и заказчик, он же исполнитель, и он же жертва. Как же так спросите вы. Александр VI пренебрег одной истиной: "не рой другому яму, сам в нее попадешь". Вот он и угодил в нее.
Он принял решение разом свести счеты с четырьмя неугодными ему кардиналами, чтобы потом конфисковать их состояния. Для этого он пригласил их во дворец на званый обед. Для покушения приготовили две бутылки красного вина, одна с отравой — естественно для жертв, другая нормальная — для папы и кардинала Борджиа. Но слуга, которому по трагичной случайности не сказали об особенностях содержимого в бутылках, перепутал их и дал испить самим заговорщикам. Родриго Борджиа выпил свой кубок залпом, а Чезаре разбавил вино водой. Тут же оба почувствовали себя плохо, начались сильные боли в желудке. Родриго умер в сильнейших муках, не прожив и суток. А Чезаре несколько дней находился на волосок от смерти. Но сильный организм и спасительная вода снизившая концентрацию яда вдвойне спасли Борджиа от смерти, он выжил. Правда, окончательно он пришел в норму лишь через год
Лукреции испытывала амбивалентные чувства после этой кончины. С одной стороны ей было жалко отца. Ведь он возвел ее на вершины славы и власти. Он был непревзойденным любовником. А с другой стороны она испытала облегчение. Никто теперь не будет ей манипулировать ради политических выгод и выдавать замуж за кого попало. Никто не будет убивать ее любимых людей и решать за нее. И комплекс Электры куда-то исчез.
Все было конечно хорошо, но оставался ее еще один надсмотрщик за ее честью и моралью — ее брат Чезаре. Он не давал ей свободно вздохнуть особенно после смерти отца. Но недолго контролировал сестру Чезаре. 12 марта 1507 год он попадает в засаду около городка Виана, и после непродолжительного, но ожесточенного боя погибает. На его растерзанном теле обнаружат 25 тяжелейших ранений, каждое из которых могло тогда оказаться смертельным.
Итак, последнего куратора белокурой красавицы не стало.
Странно, но Лукреция равнодушно воспринимает его смерть. Ей стало почему-то неожиданно легко, словно тяжелый груз упал с ее плеч. И страх пропал. Ведь Чезаре всегда с маниакальной страстью любил ее и преследовал. Он убивал ее женихов, любимых, даже брата. И теперь его рядом нет. Никто не будет ходить тенью за ней. Ревновать, преследовать. Она вздохнет спокойно и отныне будет жить своей жизнью. И не будет она больше никого травить. Пусть эти мерзавцы-мужчины живут. Ей необходимо лишь один но любимый человек и одно но простое женское счастье, которого ее лишали ее отец и брат и суровая эпоха Средневековья.
Лукреция стала вдруг очень набожной, вступила в ассоциацию мирян при Ордене Святого Франциска, прекратила пиры, разврат, убийства, перестала приглашать гостей, вместо богатых одежд таскать простенькие наряды. Хотя несмотря на сексуальную разнузданность и на то что она убивала людей Лукреция всегда верила в Бога. И это не было ханжеством. Она истинно верила. Лукреция стала ездить по монастырям, пела там псалмы. Она приглашала в свой дворец проповедников, художников, рисовавших на богословские темы. Построила несколько больниц и монастырь, занималась благотворительностью.
Третьим ее мужем был Альфонсо д' Эсте, принц Феррары. Она родила ему несколько детей и вела очень скромный образ жизни. Они жили в Ферраре. Принц оказался страшным ревнивцем. Его слуги постоянно следили за Лукрецией. Но она почти некуда не выходила из дворца и не с кем принцу не изменяла.
Затем она забеременела.
Но уже с весны Лукреция не вставала с постели. Ей было постоянно плохо. Беременность протекала не очень гладко. Силы истощились. Лекари решили вызвать преждевременные роды. Начались непроизвольные схватки. Девочка родилась недоношенной и умерла. Родильная горячка охватила Лукрецию, и она умерла 24 июня 1519 года.
На ее могильной плите из мрамора высекли следующие слова: "Здесь покоится Лукреция Борджиа, дочь, невестка и жена Папы Александра VI"
Она пережила своих братьев Чезаре и Джованни, отца Родриго. Своих наставников и первых и неизменных любовников. Лукреция оказалась живучее и хитрее чем ее близкие люди. Она была хорошей ученицей. Во всем. В сексе, в искусстве отравления, в политике, в дипломатии, в управлении Ватиканом и страной. Но была несчастна в любви. Женское счастье в конце концов уплыло из ее рук. В этом виноват и ее брат Чезаре и ее отец. Но в основном она. Ей хотелось так жить и нравилось так жить. Скучная тихая и мирная жизнь была не для нее. Ее всегда привлекали страсти, борьба, интриги, приключения. Огонь — а не женщина! И это была ее стихия.