Однако когда в 1480 г. возмущенный хан Ахмат действительно явился, чтобы наказать великого князя московского, Софья проявила малодушие, которое ей не простят никогда. «Римлянка» бежала из Москвы на север, в Белоозерск, вместе с казной. В Византии этот шаг с большой долей вероятности расценили бы как разумную осторожность василисы (жены государя), спасающей свою драгоценную (во всех смыслах) особу. Но в России, часто подвергавшейся нападениям, княгини не покидали осажденных городов и в отсутствие мужей и сыновей сами организовывали их оборону. Многие в Москве еще помнили тезку царевны, бабку Ивана III Софью Витовтовну, в восьмидесятилетием возрасте решительно руководившую обороной столицы от татарского нашествия; помнили и отказ матери великого князя инокини Марьи покинуть город. Бегство же Софьи, «за которой никто не гнался» (как не без ехидства написали в летописи), возмущенные москвичи сочли однозначным предательством. Да и нападение татар на Москву на этот раз не состоялось: татарские и русские войска долго стояли друг против друга на берегах реки Угры, пока хан Ахмат вдруг не обратился в бегство и поспешил обратно в Орду, где союзники Ивана III разгромили столицу Сарай.
Так пало трехсотлетнее ордынское иго, и Софья могла более не стыдиться титула великой княгини московской. Впечатляли и другие успехи ее мужа, справедливо считающегося одной из ключевых фигур российской истории. В правление Ивана III Русь во главе с Москвой, наконец, преодолела феодальную раздробленность и превратилась в единую, сильную державу. Территория московского княжества в этот период увеличилась более чем в шесть раз: под власть Москвы попали почти все суверенные ранее удельные княжества и мощнейшая Новгородская республика с ее огромными землями и неисчислимыми богатствами. Именно Иван III первым стал использовать титул «Государь всея Руси». При нем в 1497 г. был создан первый Судебник — общегосударственный свод законов, и стали формироваться единые органы управления страной — Приказы. При нем в только что отстроенной Грановитой палате принимали послов уже не из соседних русских княжеств, а от римского папы, германского императора и польского короля. При нем византийский двуглавый орел, «привезенный» Софьей в качестве символического приданого, стал гербом нашего государства. Наконец, при нем в отношении нашей страны стали использовать слово «Россия».
Новое государство нуждалось в соответствующей его величию столице, и Москва при Иване III сильно меняется, на долгие годы превратившись в строительную площадку. Великий князь московский, которому жена и ее греко-итальянское окружение много рассказывают о достижениях европейской архитектуры, оказывается весьма восприимчив к новому и отправляет в Италию, одно за другим, пять посольств с целью пригласить в свою столицу архитекторов, ювелиров, врачей. Среди приглашенных был и итальянский зодчий Аристотель Фиораванти. Сперва он возводит знаменитый Успенский собор, а затем приступает к капитальной реконструкции Кремля: растут и укрепляются зубчатые стены, возводятся башни… Так, вместо белокаменного Кремля Дмитрия Донского появился тот краснокирпичный Московский Кремль, который мы знаем и сегодня. Он красив, величествен и уже вполне соответствует представлениям о Москве как «третьем Риме». Там же, в Кремле, строится предполагаемый и до сих пор не открытый потомкам каменный сейф для приданого Софьи Палеолог. В деревянной Москве часто случались пожары (особенно разрушительный произошел буквально через полгода после приезда Софьи), и рисковать она не хотела. То, что привезла в Россию византийская «бесприданница», было значительно ценнее золота. Как уже упоминалось, существуют сведения о том, что на семидесяти подводах, прибывших с Софьей из Европы, ехала «Либерия» — огромная, собранная за века библиотека византийских императоров, ставшая впоследствии основой знаменитой библиотеки Ивана Грозного. В «Либерии» этой, как утверждают скупые и редкие свидетельства, находились рукописные экземпляры на греческом, латинском, древнееврейском, арабском языках: «История» Тита Ливия, труды Цицерона, сочинения авторов, не ведомых современной науке, — Вафиаса, Кеда, Замолея, Гелиотропа… Если верить этим свидетельствам, после внезапной смерти Ивана Грозного его библиотека так и осталась спрятанной в подземных тайниках Кремля. Ищут ее и поныне.
В характере византийской царевны было привнести в жизнь великокняжеского двора всяческую смуту и беспокойство: являясь мастером интриг, Софья плела их в основном успешно и была замешана почти во всех крупных политических конфликтах, чем вызывала неприязнь бояр, говоривших, что до ее приезда «земля русская жила в миру и тиши». Софья придает двору блеск, причем — с оттенком светскости, он теряет былую степенность и провинциальность. Сама же великая княгиня, увы, не пленяет. Полная в молодости, с годами она «расплывается» и становится чрезвычайно толстой, но черты ее лица остаются четкими и красивыми до старости, о чем можно судить по созданному благодаря методу пластической реконструкции останков княгини ее скульптурному портрету. Это лицо волевой и умной женщины, в нем ясно выражены средиземноморские черты и оно имеет очевидное сходство с лицом ее внука Ивана Грозного.
По традиции, византийские императрицы имели собственную канцелярию и казну, которыми распоряжались весьма вольно. Это же позволяла себе и супруга московского великого князя, и, как сказано в летописи, иногда это шло вразрез с его желаниями. Впрочем, свою казну Софья использовала вполне традиционно — находя с ее помощью путь к сердцам князей и бояр. И все же история с великолепным ожерельем первой жены великого князя, тверской княжны Марии, переполнила чашу боярского терпения. Иван III хотел подарить это ожерелье своей невестке Елене — дочери молдавского господаря Стефана Великого, но оказалось, что Софья уже одарила роскошной драгоценностью свою племянницу Марию Палеолог, вышедшую замуж за князя Верейского. Князь отказался вернуть ожерелье и бежал в Литву — излюбленное место тогдашних политических изгнанников. По большому счету, шум, поднятый из-за драгоценности, того не стоил, но явился отражением недовольства московской знати Софьей. Основной же причиной этого недовольства было то, что великая княгиня, нарушая русские традиции, хотела в обход законных наследников посадить на престол своего сына Василия. Дальнейшее поведение княгини также не способствовало ее популярности.
Дело было в том, что рождение детей Софьи и Ивана (всего их было девять — пять сыновей и четыре дочери) запутало династические отношения в государстве. У Ивана III был сын и от первого брака — тоже Иван, которого, в отличие от отца, звали Молодым. Это был красивый, умный и храбрый юноша. Сыновья же самой Софьи, согласно сложившейся традиции наследования, могли претендовать только на удельные княжения. Великокняжеский трон отодвинулся от детей Софьи еще дальше, когда у Ивана Молодого, женатого на упомянутой выше Елене Стефановне, родился сын Дмитрий. Внешне обе княгини — Софья и Елена — ладили друг с другом, и со стороны казалось, будто ничто не мешает Ивану Молодому по праву занять отцовский престол: уже с 1477 г. Иван Иванович упоминается как соправитель великого князя. Но внезапно все изменилось: Иван Молодой заболел. Болезнь была не самая страшная — подагра, вылечить которую взялся врач Леон, выписанный Софьей из Венеции. Но, к удивлению и горю москвичей, очень любивших наследника, подагра неожиданно оказалась смертельной. Сразу же возникли слухи об отравлении, ну, а виновницей называли ту, кому эта смерть была наиболее выгодна, — «греческую бабу-чародейку». Врача казнили, Софья же продолжала бороться за трон для своего потомства. Ее влияние сохранилось, и в 1497 г. великая княгиня в лучших традициях византийского двора организует некое подобие заговора против мужа, желавшего передать престол внуку Дмитрию. Впрочем, никто из влиятельных бояр в авантюре участия не принял, великого князя поставили в известность, и началось расследование, в ходе которого выяснилось, что во дворец к Софье «ходили колдуньи и ворожеи, приносившие зелья». Далее — все по накатанной колее: участников заговора казнили, «лихих баб» утопили в Москве-реке, а отношения великого князя с женой испортились. Он вспомнил странную скоропостижную смерть сына и стал жить с женой «в бережении», то есть опасаясь ее.