Бальдур фон Ширах хорошо поработал в Вене во славу Гитлера: к 1942 году число жителей-евреев сократилось до 7 тысяч человек. Позднее он всю вину старался свалить на Гиммлера, а он будто бы полагал, что евреи в Польше будут работать ремесленниками в текстильной промышленности и вести примерный образ жизни. Генриетта вообще ни о чем не знала и даже не предполагала, что ее муж запретил евреям ходить в Венский лес и другие общественные парки, пользоваться трамваем, электричкой и почтой, зато по воскресеньям они обязаны были бесплатно рубить дрова и подметать улицы города, покупать же продукты могли только в определенных магазинах. Гораздо больше ее волновало, что культурная жизнь города замерла. Талантливые актеры-евреи или были депортированы, или, кому повезло, смогли уехать за рубеж. Если актер был талантлив, но не еврей, он уезжал в Берлин, где жизнь била ключом.
Несмотря на войну, супруги вели светскую жизнь. В 1942 году они в своем доме отмечали 80-летие Герхарда Гауптмана, а спустя два года 80-летие Рихарда Штрауса, наградив многих почетных деятелей культуры. Но при этом Ширах распорядился закрыть старинный мужской монастырь в Клостернойбурге. Борман заявил, что население не возражает против закрытия монастырей, а Ширах поспешил выполнить пожелание. Потом супруга утверждали, что Борман приказал, а они не могли ослушаться. Несколько раз приезжал Гитлер, и вечера проводились в узком семейном кругу.
Позже Гитлер часто вспоминал эти поездки и говорил, что супруги Ширах «полностью уловили атмосферу этого города» и «теперь, когда я снова буду в Вене, там не будет этого грязного хлама (евреев), это теперь свободный город».
Весной 1943 года Генриетта была в Голландии и стала свидетельницей депортации еврейских детей и женщин. Она была шокирована и попросила объяснить, что происходит. Ее друг Мидль спокойно сказал: «Это эвакуация евреек». Узнав, что это делают немцы, она наивно предположила, что Гитлер ничего не знает. Мидль иронически предложил ей проинформировать фюрера.
Никто никогда не называл Генриетту, глупой женщиной, но тем не менее, приехав на страстную пятницу в «Бергхоф», она стала возмущенно рассказывать увиденную в Голландии картину. В столовой наступила мертвая тишина. Все застыли в ожидании взрыва. Гитлер помолчал, потом воскликнул: «Вы сентиментальны! Какое вам дело до евреев в Голландии». Кто-то из гостей подошел к Гении и шепнул: ««Сейчас вам лучше уйти». Геббельс после этого написал в своем дневнике, что Гении вела себя, как глупая индейка, и цинично заметил, что супруги Ширак проявили сочувствие только тогда, когда почти 60 тысяч евреев одновременно депортировали из своих домов. Через некоторое время Генриетта обратилась к фюреру с просьбой перевести их в Мюнхен. Неизвестно, чем бы это закончилось, если бы не Борман.
Этот вечный интриган везде видел угрозу. Строго говоря, Ширах совершенно не представлял угрозы для Бормана. Он вряд ли стал бы претендовать на место Бормана, да и Гитлер никогда не сделал бы такую перестановку. Тем не менее он постоянно рассказывал Гитлеру всевозможные анекдоты про Шираха, которые выставляли того перед фюрером в самом невыгодном свете, пока не добился того, что Гитлер перестал его приглашать. Теперь Борман был спокоен и стал даже нахваливать гауляйтера, однако иногда делал это столь двусмысленно, что у Гитлера появилась стойкая антипатия к нему.
В сентябре 1944 года начались бомбардировки Вены, и Ширах отослал Генриетту с детьми в Баварию. Весной 1945 года на подступах к городу уже были советские войска и Шираху пришлось думать об отступлении. Конечно, он не мог бежать с большим багажом, поэтому постарался упаковать в черный чемодан самые ценные, вещи: картину Рубенса, одну Ренуара, несколько инкунабул, а также подлинники писем Гете к сыну Августу. По его словам, все это принадлежало его матери, которая происходила из очень богатой семьи. Можно предположить, что картины украшали стены дома, но такие вещи, как письма Гете и инкунабулы, обычно не держат в ящике письменного стола, да еще во время войны. Когда, после бегства наместника, австрийские борцы за свободу вошли в дом, то обнаружили много произведений искусства, которые раньше принадлежали замку Шенбрунн, Клостернойбургскому монастырю и другим музеям Вены.