Крупная акция возмездия против египетского командования в секторе Газа явилась наглядным выражением политики решительного реагирования, за которую выступал Даян. Эта политика продолжалась проводиться в течение 1955 года, поскольку террористические действия «федаинов» не прекращались. Взаимная эскалация на границе еще больше усилилась в 1956 году.
В том же году сложился документально оформленный союз между Израилем и Францией на фоне антифранцузского национально-освободительного движения в Алжире. Даян несколько раз посетил Париж в сопровождении Шимона Переса, являвшегося заместителем министра обороны. В Израиль стало прибывать французское вооружение.
В это же время президент Египта Насер сконцентрировал значительные силы на укрепленных базах в Синайской пустыне рядом с израильской границей и подписал военный пакт с Сирией и Иорданией. Национализация Египтом Суэцкого канала спровоцировала международный кризис, в результате которого Англия и Франция начали собирать объединенную военную экспедицию с целью оккупации зоны канала. Израиль решил разорвать затягивавшуюся арабскую петлю, пока еще было не поздно.
В начале октября 1956 года состоялись секретные переговоры с англичанами и французами, в которых Даян участвовал вместе с Бен-Гурионом и новым министром иностранных дел Голдой Меир. Израилю было гарантировано авиационное прикрытие на случай египетских бомбардировок, которых очень опасался Бен-Гурион. Даян в свою очередь боялся, что Израиль будет вынужден прекратить военные операции раньше, чем сможет достигнуть своих главных целей: ликвидировать египетские военные базы на Синайском полуострове и прорвать морскую блокаду порта Эйлат.
Утром 29 октября израильские войска перешли границу на трех участках. В течение ста часов непрерывных боев египетская армия была разбита и окружена. Синай и сектор Газа были взяты, шесть тысяч солдат попали в плен вместе с огромным количеством вооружений и боеприпасов.
Одна израильская колонна пересекла залив Акаба и, используя фактор внезапности, окружила египетский гарнизон в Шарм аш-Шейхе. Блокада, существовавшая с 1948 года, была снята. Морской путь к израильскому порту Эйлат был открыт.
В первые дни войны Даян находился то на фронте, то в генеральном штабе. На третий день он остался на передовой. В своем дневнике он признался, что его отсутствие затрудняло работу генерального штаба. Но он не мог иначе: «Мое место — среди бойцов на передовой линии».
Сразу же после завершения боевых действий Даян приступил к созданию военного управления в полосе Газа. Он стремился выявить среди арабского населения силы, готовые сотрудничать с Израилем, хотя бы для того, чтобы обеспечить нормализацию жизни населения этого района. Именно в те дни Даян сделал несколько выводов, которые оказали решающее влияние на его политику к арабскому населению территорий, занятых в июне 1967 года в ходе «Шестидневной войны». Один из самых важных выводов состоял в том, что лояльное отношение арабского населения к Израилю зависит от продолжительности пребывания его войск в данном районе. Длительность этого периода, по мнению Даяна, должна была благотворно сказаться на обстановке здесь даже в случае последующего отвода израильских войск.
Надо сказать, что Даян отчаянно сопротивлялся уходу израильтян с Синайского полуострова в обмен на международные гарантии и пытался убедить Бен-Гуриона не уступать давлению со стороны «мирового общественного мнения». Когда ему стало ясно, что отвод войск неизбежен, он предложил, чтобы Израиль передал Синайский полуостров Египту, а не войскам ООН, с тем чтобы получить непосредственно от египтян гарантии свободы судоходства и спокойствия на границах. Такую же позицию Даян вторично занял после июня 1967 года в вопросе о путях мирного урегулирования с Египтом.
Вывод израильских войск состоялся спустя месяцы после переговоров. Благодаря тактике затягивания Израиль добился для себя ряд уступок. Основное достижение состояло в гарантии свободного прохода через Тиранский пролив и залив Акаба. Миротворческие силы ООН были размещены в секторе Газа вдоль Синайской границы и в Шарм аш-Шейхе. Наступило десятилетие относительного затишья.