Нужно ли говорить, в какое уныние была приведена Троицкая обитель нечаянным удалением из нее святого игумена? Лучшие иноки встревожились, но сначала думали еще, что он скоро возвратится. Ожидание их, однако же, не исполнялось… Тогда братия отправились по двое и по трое искать его по пустынным лесам, по селам и городам, но его нигде не находили… Некоторые, чувствуя духовное сиротство в разлуке с любимым старцем игуменом, решались уже покинуть и самую обитель, в которой теперь все казалось так пусто и бесприютно… Но вот один из братии пришел на Махру к Преподобному Стефану и от него услышал, что Сергий прошел в дальнюю пустыню, дабы там основаться. В порыве радости усердный инок хотел было устремиться по следам своего игумена, но потом одумался и поспешил возвратиться в Троицкую обитель, чтобы утешить скорбевших братий радостною вестию. Понятно, как велика была эта радость осиротевших иноков, когда они узнали, где привитает их любимый наставник и отец. Они не могли долее сносить разлуки и один по одному стали переселяться на Киржач. А Преподобный с любовию принимал их и сам помогал строить им келлии, сам, своими руками, ископал и кладязь, который существует доныне. Братия пожелали, чтобы построена была церковь; тогда Преподобный послал двух учеников своих к Митрополиту Алексию просить у него благословения на это; благословение скоро было получено, и церковь основана… Списатель жития Сергиева сохранил и молитву, которою помолился угодник Божий при основании сей церкви, вот эта молитва: «Господи Боже Сил, иже древле Израиля многими уверивый великими чудесы и законодавца Своего Moисея многими и различными известив знаменьми, и иже Гедеону руном образ победы показавый! Сам и ныне, Владыко Вседетелю, услыши и мене, раба Твоего, молящагося Тебе! Приими убо молитву мою и благослови место cиe, его же благоизволи создатися во славу Твою, в похвалу же и честь Пречистыя Твоея Матере, честнаго Ея Благовещения. Да и в том всегда славится имя Твое, Отца и Сына и Святаго Духа, аминь!»
При помощи Божией постройка церкви пошла успешно; над строением новой обители трудились добровольно многие иноки и миряне: кто строил келлии и церковь, кто доставлял материал, нашлись благотворители из князей и бояр, которые присылали и денежные пожертвования на постройки. Число братии быстро увеличивалось. Преподобный и здесь ввел общежительный устав.
Прошло три-четыре года113. Иноки Троицкой обители, не пожелавшие расстаться с первоначальным местом подвигов Преподобного своего игумена, все еще утешали себя надеждою, что их старец скоро возвратится в свою возлюбленную обитель! Им казалось невозможным, чтобы любвеобильный Сергий навсегда покинул место, на котором так долго трудился и над которым уже видел и Божие благословение. Не раз приходили они в Киржач и упрашивали Преподобного возвратиться под кров Живоначальныя Троицы, но он отклонял их просьбы и оставался в новой обители. Тогда троицкие старцы в порыве сыновней любви к своему святому игумену и сердечной привязанности к родной обители пошли в престольный град Москву к самому Святителю Алексию и, зная, как Сергий свято чтит волю Архипастыря, со слезами стали умолять его, чтобы он своею святительскою властию возвратил им, осиротевшим детям, чадолюбивого отца.
– Владыко святый, – говорили они Митрополиту, – ведает святое твое владычество о разлуке нашей с отцем нашим духовным; живем мы теперь как овцы без пастыря; священноиноки, и простые старцы, и все святое, Богом собранное братство, не в силах будучи сносить разлуку эту, один за другим покидают нашу обитель и уходят к нему… Да и сами мы не можем дольше жить без него… Итак, если соизволишь, Богом данный Архипастырь наш, исполнить смиренное моление наше, то повели ему возвратиться в свою прежнюю обитель, чтобы она не пришла в запустение.
Святитель хорошо понимал, как нужен Сергий для обители Троицкой, но видел и то, как тяжело огорчили блаженную душу своевольные, которые возмутились и против отца своего, и против воли Вселенского Патриарха. Жаль ему было и учеников, безутешно скорбящих в разлуке с наставником, но не хотел он действовать и на святого друга своего одною только властию архипастырской… Благословив троицких иноков и сказав им слово утешения, Митрополит отпустил их в свою обитель и немедленно отправил почетное посольство к Преподобному Сергию, состоявшее из двух архимандритов – Герасима и Павла. Посланные прибыли на Киржач и братски приветствовали Сергия. «Отец твой, – сказали они, – Алексий Митрополит благословляет тебя и очень рад, что имеет добрые вести о твоей жизни в этой далекой пустыне и что имя Божие и тут прославляется чрез тебя. Но он повелел нам сказать тебе: “Довольно и того, что ты здесь построил церковь и собрал немало братий. Избери теперь из числа своих учеников опытного в духовной жизни и оставь его строителем новой обители, а сам возвратись опять в монастырь Пресвятыя Троицы, дабы братия, так долго скорбящие о разлуке с тобою, не разошлись вовсе из той обители. Непокорных и строптивых я выведу вон оттуда, чтобы там не было ни одного твоего недоброжелателя. Только не ослушайся нас, и милость Божия и наше благословение всегда да будут над тобою!”»