«Кто мог наполнить безмерную пустоту, оставленную в Лавре кончиною Преподобного Сергия?» – вопрошает святитель Филарет и отвечает: по крайней мере, никто лучше Преподобного Никона не мог уменьшить чувства сего лишения. Между прочим он положил себе за непременное правило, во-первых, в точности и с любовию выполнять все то, что учредил и заповедал святой основатель обители, и, во-вторых, был первым на общих братских трудах. Он часто предлагал братии поучения в церкви, и его слово дышало отеческою любовию и духовною мудростью. Кротостию в обращении, заботливым управлением и отеческими советами он не только приобрел любовь и уважение всей братии, но и далеко за ограду обители распространились о нем благоговейное мнение и слава. Но эта слава очень тяготила его и устрашала. От своего великого наставника Сергия он научился только поневоле, ради блага других, начальствовать, а по влечению собственной души – уединяться и безмолвствовать. И вот от молвы дел начальнических он удалился в особую келлию, а как братия много скорбели о том, то он предоставил им избрать другого игумена. Избран был Савва, бывший дотоле братским духовником, но через шесть лет и тот оставил начальствование в обители Сергиевой и по просьбе Звенигородского Князя Юрия Димитриевича удалился в его удел, чтобы там основать новую обитель – «на Сторожах». Тогда братия слезными молениями убедили Преподобного Никона снова принять на себя труды управления, и Преподобный, из любви к братии, уступил их желанию, но с условием, чтобы ему не препятствовали известную часть дня посвящать богомыслию и слезной молитве.
Великий Сергий шел путем жестким, путем крайних лишений по своей доброй воле. Ученикам его пришлось идти путем нужд и лишений поневоле. В ноябре 1408 года к Москве подступил свирепый Едигей. Преподобный Никон молил Господа о защите обители и призывал на помощь своего наставника, дабы не погибли плоды трудов его пустынных. Раз после долгой ночной молитвы сел он для отдыха и задремал. Вдруг явились ему Святители Петр и Алексий и с ними Преподобный Сергий. «Так угодно судьбам Божиим, – сказал Сергий, – чтобы нашествие иноплеменных коснулось сего места. Но ты, чадо, не скорби, не смущайся: искушение будет непродолжительно, и обитель не запустеет, а распространится еще более». Преподав мир, святые стали невидимы. Преподобный Никон пришел в себя, поспешил к дверям келлии и нашел их запертыми. Он отпер и вышел и увидел святых, идущих от его келлии к церкви, чем и удостоверился, что это был не простой сон, а истинное видение.
Предсказание исполнилось. Обитель сожжена. Предупрежденные небесным известием, Преподобный Никон и братия временно удалились из нее и сберегли от расхищения некоторые святыни, книги и келейные вещи Преподобного Сергия. 20 декабря, в день памяти Святителя Петра, Едигей отступил от Москвы и скрылся в степях. Никон и братия возвратились на пепелище обители, которая через три года была обстроена вся заново, кроме церкви. Место, где погребен был Преподобный Сергий и где ныне стоит Троицкий собор, Преподобный Никон сберегал для будущего каменного храма197, почему деревянный храм и был построен на том месте, где теперь церковь Сошествия Святаго Духа. Этот храм был освящен в 1412 году, 25 сентября, в день памяти Преподобного Сергия198. И достойные видели, как святитель Алексий с Преподобным Сергием приходили освящать новые здания обители199.