Чтобы видимо убедить всех, что Господу и Царице Небесной угодно, дабы о. Серафим занимался Дивеевской обителью, великий старец выбрал вековое дерево и помолился, чтобы оно преклонилось, в знак Божия определения. Действительно, на утро это дерево оказалось выворочено с громадным корнем при совершенно тихой погоде. Об этом дереве имеется множество записанных повествований сирот о. Серафима.
Так, Анна Алексеевна, одна из 12-ти первых сестёр обители, рассказывает следующее: «Была я тоже свидетельницею великого чуда с покойной сестрой обители, Ксенией Ильиничной Потехиной, впоследствии недолго бывшей начальницей нашей мельничной общинки, позже благочинной монастыря нашего, монахиней Клавдией. Приходит к батюшке Серафиму живописец Тамбовский, Саровский послушник Иван Тихонович. Долго толковал с ним батюшка, что напрасно блазнятся на него, что печётся он о нас; что это он делает не от себя, а по приказанию ему Самой Царицы Небесной. «Помолимся, — говорит батюшка Серафим.— Мню, что древу этому более ста лет...» — при этом он указал на дерево громадных размеров. «Простоит оно ещё много лет... Аще же я творю послушание Царицы Небесной,— преклонится древо сие в их сторону!..» — и указал на нас. «Так и знай,— продолжал о. Серафим,— что нет мне дороги оставлять их, хотя они и девушки! И если брошу я их, то и до Царя, пожалуй, дойдёт!» Приходим мы на другой день, а батюшка-то и показывает нам это самое здоровое и громадное дерево, точно бурею какою вывороченное со всеми своими корнями. И приказал батюшка, радостный, весь сияющий, разрубить дерево и отвезти к нам в Диве ев». (Корень его хранится доселе в кладбищенской церкви с прочими вещами о. Серафима.)
Настоятель Николо-Барковской пустыни, игумен Георгий, бывший гостинник Саровской пустыни Гурий, свидетельствует, что, пришедши однажды к старцу о. Серафиму в пустынку, нашёл его, что он перерубал сосну для дров, упавшую с корнем. По обычном приветствии, старец открыл об этой сосне, которую рубил, следующее: «Вот, я занимаюсь Дивеевскою общиною; вы и многие меня за это зазирали, что для чего я ими занимаюсь; вот, я вчерашний день был здесь, просил Господа для уверения вашего, угодно ли ему, что я ими занимаюсь? Если угодно Господу, то, в уверение того,— чтобы это дерево преклонилось. На этом дереве, от корня аршина полтора вышины, заметка была вырублена крестом. Я просил Господа сего уверения; вместе с тем, что если вы или кто о них попечётся, то будет ли угодно это Богу? Господь исполнил для вашего уверения: вот — дерево преклонилось. Почему я занимаюсь ими? Я о них имею попечение за послушание старцев строителя Пахомия и казначея Исаии, моих покровителей; они о них обещались пещись до кончины своей, а по кончине заповедали они, чтобы Саровская обитель вечно не оставляла их. А за что? Когда строился холодный соборный храм, денег не было в обители, и тогда странствовала вдова полковника, имя ей Агафия; она пришла сюда, и с нею три рабыни единомышленные. Эта Агафия, возжелав спастись близ старцев, избрала местом спасения село Дивеево, тут поселилась и сделала пожертвование деньгами на устройство собора; не знаю, сколько тысяч, но знаю только, что привезено было от неё три мешка денег: один был с золотыми, один с серебряными, а третий с медными, и были они полны оными-то деньгами. Собор и сооружён её усердием; вот, за что обещались о них вечно пещись и мне заповедывали. Вот, и я вас прошу: имейте о них попечение, ведь они жили тут двенадцать человек, а тринадцатая сама Агафия. Они трудились для Саровской обители, шили и обмывали бельё, а им из обители давали на содержание всю пищу; как у нас трапеза была, и у них такова же была. Это продолжалось долго, но батюшка игумен Нифонт это прекратил и отделил их от обители; по какому случаю, на знаю! Батюшка Пахомий и Исаия пеклись о них, но никогда в их распоряжения не входили, ни Пахомий, ни Иосиф; я и то не распоряжался ими, и никому нет дороги ими распоряжаться».
В столь трудное время для дивного старца о. Серафима его одобряла и укрепляла Царица Небесная. Вот что пишет по этому поводу протоиерей о. Василий Садовский: «Однажды (1830 г.), дня три спустя после праздника иконы Успения Божией Матери, пришёл я к батюшке Серафиму в Саровскую пустынь и нашёл его в келии без посетителей. Принял он меня весьма милостиво, ласково и, благословившись, начал беседу о богоугодном житии святых, как они от Господа сподоблялись дарований, чудных явлений, даже посещений Самой Царицы Небесной. И, довольно побеседовавши таким образом, он спросил меня: «Есть ли у тебя, батюшка, платочек?» Я ответил, что есть. «Дай его мне!» — сказал батюшка. Я подал. Он его разложил, стал класть из какой-то посудины пригоршнями сухарики в платок, которые были столь необыкновенно белы, что с роду я таких не видывал. «Вот, и у меня, батюшка, была Царица, так вот, после гостей-то и осталось!» — изволил сказать батюшка. Личико его до того сделалось божественно при этом и весело, что и выразить невозможно! Он наклал полный платочек и, сам завязав его крепко-накрепко, сказал: «Ну, гряди, батюшка, а придёшь домой, то самых этих сухариков покушай, дай своему подружью (так он всегда звал жену мою), потом поди в обитель и духовным-то своим чадам, каждой вложи сам в уста по три сухарика, даже и тем, которые близ обители живут в келиях: они все наши будут!» Действительно, впоследствии все поступили в обитель. По молодости лет, я и не понял, что Царица Небесная посетила его, а просто думал, не какая ли земная царица инкогнито была у батюшки, а спросить его не посмел, но потом сам угодник Божий уже разъяснил мне это, говоря: «Небесная Царица, батюшка, Сама Царица Небесная посетила убогого Серафима, и во! Радость-то нам какая, батюшка! Матерь-то Божия неизъяснимою благостию покрыла убогого Серафима. «Любимиче мой! — рекла Преблагословенная Владычица, Пречистая Дева.— Проси от меня, чего хощеши!» Слышишь ли, батюшка? Какую нам милость-то явила Царица Небесная!» — и угодник Божий весь сам так и просветлел, так и сиял от восторга. «А убогий-то Серафим,— продолжал батюшка,— Серафим-то убогий и умолил Матерь-то Божию о сиротах своих, батюшка! И просил, чтобы все, все в Серафимовой-то пустыне спаслись бы сироточки, батюшка! И обещала Матерь Божия убогому Серафиму сию неизреченную радость, батюшка! Только трём не дано, три погибнут, рекла Матерь Божия! — при этом светлый лик старца затуманился.— Одна сгорит, одну мельница смелет, а третья... (сколько ни старался я вспомнить, никак не могу; видно, уж так надо)».