«Правую-то ручку, радость моя,— говорил о. Серафим церковнице Ксении,— положила мне на голову, а в левой-то ручке держала жезл; и этим-то жезлом, радость моя, и коснулась убогого Серафима; у меня на том месте, на правом бедре-то, и сделалось углубление, матушка; вода-то вся в него и вытекла, и спасла Царица Небесная убогого Серафима; а рана пребольшая была, и до сих пор яма-то цела, матушка, погляди-ка, дай ручку!» — «И батюшка, бывало, сам возьмёт, да и вложит мою руку в яму,— прибавляла матушка Ксения,— и велика же она была у него, так вот весь кулак и взойдёт!» Много душевной пользы принесла Прохору эта болезнь: дух его окреп в вере, любви и надежде на Бога.
В период послушничества Прохора, при настоятеле о. Пахомии, предприняты были в Саровской пустыне многие нужные постройки. В числе их на месте келии, в которой болел Прохор, строилась больница для лечения недужных и успокоения престарелых, и при больнице церковь о двух этажах с престолами: в нижнем во имя свв. Зосимы и Савватия, чудотворцев Соловецких, в верхнем — во славу Преображения Спасителя. Прохор после болезни, молодой ещё послушник, был посылаем за сбором денег в разные места на сооружение церкви. Благодарный за своё исцеление и попечение начальства, он с охотою понёс трудный подвиг сборщика. Странствуя по ближайшим к Сарову городам, Прохор был и в Курске, на месте своей родины, но не застал уже матери своей в живых. Брат Алексей, со своей стороны, оказал Прохору немалую помощь для построения церкви. Вернувшись домой, Прохор, как искусный столяр, построил собственными руками престол из кипарисного дерева для нижней больничной церкви в честь преподобных Зосимы и Савватия.
В течение восьми лет юный Прохор был послушником. Наружный вид его к этому времени изменился: будучи высокого роста, около 2 арш. и 8-ми вершков, несмотря на строгое воздержание и подвиги, он имел полное, покрытое приятною белизною, лицо, прямой и острый нос, светло-голубые глаза, весьма выразительные и проницательные; густые брови и светло-русые волосы на голове. Лицо его окаймлялось густою, окладистою бородою, с которою на оконечностях рта соединялись длинные и густые усы. Он имел мужественное сложение, обладал большими физическими силами, увлекательным даром слова и счастливой памятью. Теперь он прошёл уже все степени монастырского искуса и был способен и готов принять монашеские обеты.
13-го августа 1786 года, с соизволения Св. Синода, о. Пахомий постриг послушника Прохора в сан инока. Восприемными отцами его при пострижении были о. Иосиф и о. Исаия. При посвящении ему было дано имя Серафима (пламенный). 27-го октября 1786 года монах Серафим, по ходатайству о. Пахомия, был посвящён преосвященным Виктором, епископом Владимирским и Муромским, в сан иеродиакона. Он вполне предался новому своему, поистине уже ангельскому, служению. Со дня возведения в сан иеродиакона он, храня чистоту души и тела, в течение пяти лет и 9-ти месяцев, почти беспрерывно находился в служении. Все ночи на воскресные и праздничные дни проводил в бодрствовании и молитве, неподвижно стоя до самой литургии. По окончании же каждой Божественной службы, оставаясь ещё надолго в храме, он, по обязанности священно-диакона, приводил в порядок утварь и заботился о чистоте Алтаря Господня. Господь, видя ревность и усердие к подвигам, даровал о. Серафиму силу и крепость, так что он не чувствовал утомления, не нуждался в отдыхе, часто забывал о пище и питье и, ложась спать, жалел, что человек, подобно Ангелам, не может беспрерывно служить Богу.
Строитель о. Пахомий теперь ещё более прежнего привязался сердцем к о. Серафиму и без него не совершал почти ни одной службы. Когда он выезжал по делам монастыря или для служения, один или с другими старцами, то часто брал с собою о. Серафима. Так, в 1789-м году, в первой половине июня месяца, о. Пахомий с казначеем о. Исаией и иеродиаконом о. Серафимом отправились по приглашению в село Леметь, находящееся в 6-ти верстах от нынешнего города Ардатова, Нижегородской губ., на похороны богатого благодетеля своего, помещика Александра Соловцева, и заехали по дороге в Дивеево навестить настоятельницу общины Агафию Семёновну Мельгунову, высокочтимую всеми старицу и также благодетельницу свою. Мать Александра была больна и, получив от Господа извещение о скорой кончине своей, просила отцов-подвижников, ради любви Христовой, особоровать её. О. Пахомий сперва предлагал отложить елеосвящение до возвращения их из Лемети, но святая старица повторила свою просьбу и сказала, что они её не застанут уже в живых на обратном пути. Великие старцы с любовью совершили над нею таинство елеосвящения. Затем, прощаясь с ними, мать Александра отдала о. Пахомию последнее, что имела и накопила за года подвижнической жизни в Дивеево. По свидетельству жившей с нею девицы Евдокии Мартыновой своему духовнику, протоиерею о. Василию Садовскому, матушка Агафья Семёновна передала строителю о. Пахомию: мешочек золотом, мешочек серебром и два мешка меди, суммою в 40 тысяч, прося выдавать её сёстрам всё потребное в жизни, так как они сами не сумеют распорядиться. Матушка Александра умоляла о. Пахомия поминать её в Сарове за упокой, не оставлять и не покидать неопытных послушниц её, а также попещись в своё время об обители, обетованной ей Царицею Небесною. На это старец о. Пахомий ответил: «Матушка! Послужить по силе моей и по твоему завещанию Царице Небесной и попечением о твоих послушницах не отрекаюсь; также и молиться за тебя не только я до смерти моей буду, но и обитель вся наша никогда благодеяний твоих не забудет, а в прочем не даю тебе слово, ибо я стар и слаб, но как же и браться за то, не зная, доживу ли до этого времени. А вот иеродиакон Серафим — духовность его тебе известна, и он молод — доживёт до этого; ему и поручи это великое дело».