Тогда-то в ее жизни происходит радикальный поворот. 29 октября 1332 года (в день св. Нарцисса) монастырь Мединген посещает Генрих Нёрдлингенский. Между двумя харизматиками сразу устанавливается глубокая духовная связь, вскоре перерастающая в многолетнюю дружбу. В частных беседах, за исповедью Генрих последовательно интерпретирует опыт Маргарет (болезнь, боль, одиночество) как опыт мистический, как предложенный Богом способ очищения и явное свидетельство ее избранничества им. Иными словами, он открывает М. Эбнер положительную перспективу и набрасывает план ее жизни. Для самого же Генриха Маргарет стала олицетворением его малой родины, которую он оставил по не зависящим от него обстоятельствам, по которой он тосковал, образ которой неизменно был с ним.
Будучи убежденным сторонником Папы (тогда как М. Эбнер была горячей сторонницей Людвига Баварского), Генрих вынужден в 1338 году оставить родные места. Больше чем на десять лет он удаляется в Базель, не подпавший под действие папского интердикта. Его встречи с Маргарет становятся редки. Зато между ними устанавливается интенсивный обмен письмами (см.: Federer 2011), самая ранняя частная переписка на немецком языке. Кроме того, через Генриха о Маргарет узнают И. Таулер, сам писавший ей и посещавший ее, а также базельские «Божьи друзья». Через Генриха же Маргарет знакомится с Ульрихом III Ниблунгом, аббатом цистерцианской обители Кайсхайм (корреспондентом баварской визионерки Лангманн), и начинает с ним переписываться. М. Эбнер скончалась 20 июня 1351 года и была погребена в зале монастырского капитула, вскоре преобразованного в капеллу.
Свои видения и благодатные переживания М. Эбнер стала собственноручно записывать, а иногда надиктовывать сестре, впоследствии приорессе, Элсбет Шепах (Elsbeth Schepach), по благословению Генриха Нёрдлингенского с Адвента 1344 года. Составленные на швабском диалекте и адресованные непосредственно Генриху, записи имеют дневниковый характер и образуют в совокупности внутреннюю автобиографию М. Эбнер, снабженную четкой календарной фиксацией, благодаря чему мы хорошо осведомлены о второй половине ее жизни. Мистический опыт медингенской монахини организован вокруг двух главных тем: младенчества Христа и его крестных страстей. Достигая предельных степеней интенсивности, этот опыт отмечен внутренней стигматизацией, которой сподобились до М. Эбнер некоторые германские харизматики: крайне болезненными ощущениями в членах тела, в боку, не переходящими, впрочем, в открытые раны, как у Франциска Ассизского. В записях М. Эбнер оставили след и «имяславческие» мотивы: описание ее молитвенно-медитативной практики, состоящей в многократном повторении имени Иисусова и в размышлениях о его существе (что имеет параллели в сочинениях и опыте бегинок и доминиканок южнонемецкого региона). Кроме прочего, особенность дневниковых записок М. Эбнер заключается в их исключительной, очевидной, не поддающейся стилизации искренности; они являются непосредственным и не обремененным воспитательными интенциями свидетельством о ее опыте. Как и Генрих, Маргарет находилась под сильным впечатлением от «Струящегося света Божества» Мехтхильды Магдебургской, алеманнский список которого передавался в 1345 году по дунайским обителям. Свидетельство этого впечатления — некоторые поэтические особенности ее дневниковых заметок (ритмизация прозы, внутренние рифмы и прочее).
Известно, что часть записей М. Эбнер была отправлена Генриху Нёрдлингенскому уже в 1345 году. На основе этой и прочих частей в 1353 году был составлен — вероятно, самим же Генрихом — корпус ее «Откровений» («Offenbarungen»). Судя по сохранившейся непринужденности повествования, редакторская обработка не сильно отклоняется от первоначального оригинала и сводится преимущественно к вставке авторитетных цитат на латыни, подтверждающих доброкачественность опыта М. Эбнер.