По окончании семинарии Алексей Мечев 14 октября 1880 года был определен во псаломщика Знаменской, на Знаменке, церкви Пречистенского сорока. Здесь ему суждено было понести тяжелое испытание.
Настоятель храма был человек крутого характера, неоправданно придирчивый. Он требовал от псаломщика выполнения и таких обязанностей, которые лежали на стороже, обходился грубо, даже бил, случалось и кочергой замахивался. Младший брат Тихон, посещая Алексея, нередко заставал его в слезах. За беззащитного псаломщика вступался иногда диакон, тот же все сносил безропотно, не высказывая жалоб, не прося о переводе в другой храм. И впоследствии благодарил Господа, что Он дал ему пройти такую школу, а настоятеля о. Георгия вспоминал как своего учителя.
Уже священником о. Алексий, услышав о смерти о. Георгия, с готовностью пришел на отпевание, со слезами благодарности и любви провожал его до могилы к удивлению знавших отношение к нему почившего.
О. Алексий говорил, что подобные люди указывают нам наши недостатки, которые мы сами-то за собой не замечаем; они помогают нам бороться со своим «яшкой». Два у нас врага — «окаяшка» и «яшка». «Яшкой» Батюшка называл самолюбие, человеческое «я», тотчас заявляющее о своих правах, когда его кто волей или неволей задевает и ущемляет. «Таких людей надо любить как благодетелей», — учил он в дальнейшем своих духовных детей.
В 1884 году Алексей Мечев женился на дочери псаломщика 18-летней Анне Петровне Молчановой. В том же году, 18 ноября, был рукоположен Преосвященнейшим Мисаилом, епископом Можайским, во диакона на псаломщической вакансии к Георгиевской, на Лубянке, церкви Сретенского сорока. Хиротония совершалась в Никитском монастыре. Церковь вмч. Георгия находится в Лубянском проезде между Лубянской площадью и Ильинскими воротами. Утвержден в должности штатного диакона Алексий Мечев был по Указу Консистории за № 2410 от 14 мая 1885 года.
Сделавшись служителем алтаря, диакон Алексий испытывал пламенную ревность о Господе, а внешне проявлял величайшую простоту, смирение и кротость. Брак его был счастливым. Анна Петровна любила мужа и сочувствовала ему во всем. Но она страдала тяжелым заболеванием сердца, и здоровье ее стало предметом его постоянных забот. В жене о. Алексий видел друга и первого помощника на своем пути ко Христу и был устремлен к совершенствованию при ее содействии. Дружескими замечаниями жены он дорожил и слушал их так, как иной слушает своего старца: тотчас исправлял отмеченные ею недочеты и был покоен в уверенности, что ее любящий глаз досмотрит и укажет то, что сам он в себе не заметил и упустил.
В семье родились дети: старшие дочери Александра (1887), Анна (1889), сыновья Алексей (1891), умерший на первом году жизни, Сергей (1892) и младшая дочь Ольга (1896).
19 марта 1893 года диакон Алексий Мечев был рукоположен Преосвященнейшим Нестором, управляющим Московским Новоспасским монастырем, во священника к Николаевской, в Кленниках, церкви Сретенского сорока. Хиротония состоялась в Заиконоспасском монастыре. Маленькая церковь свт. Николая в Кленниках находилась на улице Маросейке и приход ее был очень мал. В непосредственной близости высились большие, хорошо посещаемые храмы.
Готовясь к пастырству, о. Алексий имел заветным желанием попасть в какую-нибудь глухую деревню, «где народ попроще», отдать себя бескорыстному служению людям и объединить их в крепкую духовную семью во Христе по образу Первоапостольской Церкви: «Мне казалось, что среди простых людей достигнуть этого будет легче».
Получив вопреки своему стремлению приход в столице, о. Алексий всецело предал себя воле Божией и твердо решил терпеливо трудиться на том месте, какое указал ему Промысел Божий. В основу своего дела он положил молитву и духовное бодрствование, возлагая успех всецело на благословение Божие.
Став настоятелем одноштатной церкви свт. Николая в Кленниках, о. Алексий ввел здесь ежедневное богослужение, в то время как обычно в малых храмах оно совершалось лишь два-три раза в седмицу. Приходил Батюшка в храм часам к пяти утра, сам и отпирал его. Благоговейно приложившись к чудотворной Феодоровской иконе Божией Матери и другим образам, он, не дожидаясь никого из причта, готовил все необходимое для Евхаристии, совершал проскомидию. Когда же подходил установленный час, начинал утреню, за которой нередко сам читал и пел; далее следовала литургия.