А между тем миссия его в Средиземном море еще не закончилась. В Северной Италии русские под предводительством славного Суворова громили «непобедимую» армию французов. Суворов просил адмирала Ушакова с юга оказывать ему всемерную поддержку. И вот, находясь в теснейшем взаимодействии, они били французских республиканцев на суше и на море. Два великих сына России — они показали всему миру, что такое русское воинство. Отряды кораблей с десантом стремительными передвижениями по Адриатике и вдоль юго–западных берегов Италии наводили панику на французские гарнизоны. Но и тут не обошлось без козней: интриговали англичане, а их знаменитый контр–адмирал Горацио Нельсон всячески пытался досаждать Ушакову; слава русского флотоводца не давала покоя Нельсону. В переписке с своими друзьями он заявлял, что Ушаков «держит себя так высоко, что это отвратительно». Спокойная учтивость русского адмирала раздражала Нельсона: «Под его вежливой наружностью скрывается медведь…» И наконец, уже с полной откровенностью: «Я ненавижу русских…» Это чувствовал и сам Феодор Феодо–рович: «Зависть, быть может, против меня действует за Корфу… Что сему причиною? не знаю…» Тем временем русские моряки и десантники взяли город Бари, где отслужили благодарственный молебен у мощей Святителя Николая чудотворца, затем Неаполь и 30 сентября 1799 года вошли в Рим.
Неаполитанский министр Мишуру, бывший при нашем отряде, с изумлением писал адмиралу Ушакову: «В промежуток 20 дней небольшой русский отряд возвратил моему государству две трети королевства. Это еще не всё, войска заставили население обожать их… Вы могли бы их видеть осыпанными ласками и благословениями посреди тысяч жителей, которые назвали их своими благодетелями и братьями… Конечно, не было другого примера подобного события: одни лишь русские войска могли совершить такое чудо. Какая храбрость! Какая дисциплина! Какие кроткие, любезные нравы! Здесь боготворят их, и память о русских останется в нашем отечестве на вечные времена».
Предстояло еще взятие Мальты, но тут на исходе 1799 года адмирал Феодор Ушаков получил приказ Императора Павла I о возвращении вверенной ему эскадры на родину, в Севастополь…
Он еще несколько времени провел на Корфу, готовя эскадру к длительному пути, занимаясь делами местного управления, прощаясь с Островами. Он полюбил греков, и они сторицею платили ему тем же; они видели в нем друга и освободителя. «Безпрестанно слышу я просьбы и жалобы народные, и большей частью от бедных людей, не имеющих пропитания…» — и адмирал, будучи печальником народных нужд, старался с помощью Божией, насколько мог, способствовать улучшению их жизни. Жители Республики Семи Соединенных Островов прощались с адмиралом Феодором Ушаковым и его моряками не скрывая слез, благодаря их и благословляя. Сенат острова Корфу назвал адмирала «освободителем и отцом своим». «Адмирал Ушаков, освободя сии острова геройственною своею рукою, учредив отеческими своими благорасположениями соединение их, образовав нынешнее временное правление, обратил яко знаменитый освободитель все свое попечение на пользу и благоденствие искупленных им народов». На золотом, осыпанном алмазами мече, поднесенном ему, была надпись: «Остров Корфу — адмиралу Ушакову». На золотой медали от жителей острова Итака — «Феодору Ушакову, российских морских сил главному начальнику, мужественному освободителю Итаки». Столь же памятные и дорогие награды были и от других островов. Но адмирал, слишком хорошо уже узнавший превратности высшей политической жизни, покидал Ионические острова с чувством тревоги за их дальнейшую судьбу. На душе его было скорбно…
26 октября 1800 года эскадра адмирала Феодора Ушакова вошла в Севастопольскую бухту.
В ночь на 11 марта 1801 года заговорщиками был убит Император Павел I. На Российский престол взошел его сын Александр I. Политика России менялась. Вскоре адмирал Феодор Ушаков был переведен в Санкт–Петербург. При Дворе возобладало мнение о ненужности большого флота для «сухопутной» России. Тогдашний морской министр высказывался о флоте, что «он есть обременительная роскошь», а другой деятель морского ведомства писал: «России нельзя быть в числе первенствующих морских держав, да в том и не представляется ни пользы, ни надобности». В 1804 году Феодор Феодорович составил подробнейшую записку о своем служении Российскому флоту, в которой подытоживал свою деятельность: «Благодарение Богу, при всех означенных боях с неприятелем и во всю бытность онаго флота под моим начальством на море, сохранением Всевысочайшей Благости ни одно судно из онаго не потеряно и пленными ни один человек из наших служителей неприятелю не достался».