Началась Отечественная война 1812 года. На борьбу с французами поднялся весь народ. В Тамбовской губернии, как и по всей России, создавались ополчения для защиты Отечества. На губернском собрании дворянства, в котором Феодор Феодорович не смог принять участия по болезни, он был избран большинством голосов начальником внутреннего тамбовского ополчения. Предводитель дворянства писал ему: «Долговременная опытность службы Вашей и отличное усердие перед Престолом Российской державы, Вами доказанные, да подадут дворянству твердые способы к ревностным подвигам на пользу общую, да подвигнут всех к благодетельным пожертвованиям и да вдохнут готовность в сердце каждого принять участие к спасению Отечества…» «За благосклонное, доброе обо мне мнение и за честь сделанную приношу всепокорнейшую мою благодарность, — отвечал адмирал. — С отличным усердием и ревностию желал бы я принять на себя сию должность и служить Отечеству, но с крайним сожалением за болезнью и великой слабостью здоровья принять ее на себя и исполнить никак не в состоянии и не могу». Но, между тем, вместе с темниковским соборным протоиереем Асинкритом Ивановым он устроил госпиталь для раненых, дав деньги на его содержание. Две тысячи рублей им было внесено на формирование 1–го Тамбовского пехотного полка. Все, что имел, отдавал он «на воспомоше–ствование ближним, страждущим от разорения злобствующего врага…» Еще в 1803 году им были внесены двадцать тысяч рублей в Опекунский совет Санкт–Петербургского воспитательного дома; теперь он всю сумму с причитающимися на нее процентами передал в пользу разоренных войной: «Я давно имел желание все сии деньги без изъятия раздать бедствующим и странствующим, не имеющим жилищ, одежды и пропитания». Не только крестьяне окрестных деревень и жители города Темникова, но и из отдаленных мест приезжали к нему многие. С страдальцами, лишившимися имуществ, делился он тем, что имел; обремененных скорбию и унынием утешал непоколебимою надеждой на благость Небесного Промысла. «Не отчаивайтесь! — говорил он. — Сии грозные бури обратятся к славе России. Вера, любовь к Отечеству и приверженность к Престолу восторжествуют. Мне немного остается жить; не страшусь смерти, желаю только увидеть новую славу любезного Отечества!»
Остаток дней своих, по словам того же иеромонаха Нафанаила, адмирал провел «крайне воздержанно и окончил жизнь свою как следует истинному христианину и верному сыну Святой Церкви 1817 года октября 2–го дня и погребен по желанию его в монастыре подле сродника его из дворян, первоначальника обители сия иеромонаха Феодора по фамилии Ушакова же».
Отпевал Феодора Феодоровича в Спасо–Преображенской церкви города Темникова протоиерей Асинкрит Иванов, который за день до кончины праведника, в праздник Покрова Пресвятой Владычицы нашей Богородицы, принимал его последнюю исповедь и причащал Святых Тайн; когда гроб с телом усопшего адмирала, при большом стечении народа, был вынесен на руках из города, его хотели положить на подводу, но народ продолжал нести его до самой Санаксар–ской обители. Там встретила благоверного воина Феодора монастырская братия. Феодор Феодорович был погребен у стены соборного храма, рядом с родным ему преподобным Старцем, чтобы быть им отныне вместе навеки.
После праведной кончины Феодора Феодоровича прошло почти два столетия. Его подвижническая и высокодуховная жизнь, его добродетели не были забыты в родном Отечестве. Его заветами жили русские воины и флотоводцы, ученики и продолжатели его идей и идеалов преумножали славу русского флота.
Когда наступили времена гонений на Русскую Православную Церковь, Санаксарский монастырь, где упокоился Фео–дор Феодорович, был закрыт. Часовня, выстроенная над его могилой, была до основания разрушена, честные его останки в 1930–е годы были осквернены безбожниками.
В годы Великой Отечественной войны 1941 — 1945 годов воинская слава Феодора Феодоровича Ушакова была вспомянута, его имя, наряду с именами святых благоверных князей Александра Невского и Димитрия Донского, и великого русского полководца Александра Суворова, вдохновляло к подвигу защитников Родины. Были учреждены орден и медаль адмирала Ушакова, которые стали высшими наградами для воинов–моряков.