Благоприятный ветер подул 18 февраля, и в семь часов пополуночи начался штурм. Первоначально удар был обрушен на остров Видо, с моря прикрывавший главную крепость. В описании Егора Метаксы читаем: «Безпрерывная страшная пальба и гром больших орудий приводили в трепет все окрестности; несчастный островок Видо был можно сказать весь взорван картечами, и не только окопы, прекрасные сады и аллеи не уцелели, не осталось дерева, которое бы не было повреждено сим ужасным железным градом…» В решительных случаях Феодор Ушаков подавал собою пример: так и теперь, сигналом приказавши всем судам продолжать свои действия, сам подошел вплотную к берегу против сильнейшей батареи французов и через короткое время сбил эту батарею, у которой «в печах было множество приготовленных каленых ядер», и она ими палила. «Турецкие же корабли и фрегаты — все были позади нас и не близко к острову; если они и стреляли на оный, то чрез нас, и два ядра в бок моего корабля посадили…» — писал впоследствии адмирал. «Остров усеян был нашими ядрами, сильною канонадою все почти батареи его истреблены и обращены в прах». В то же время на флагманском корабле «Святой Павел» был поднят сигнал к высадке десанта, заблаговременно посаженного на гребные суда. Под прикрытием корабельной артиллерии десант утвердился между вражескими батареями и пошел к середине острова. Турки, входившие в состав десанта, озлобленные упорным сопротивлением французов, принялись резать головы всем пленным, попавшимся в их руки. Происходили жестокие сцены, подобные следующей, описанной очевидцем: «Наши офицеры и матросы кинулись вслед за турками, и так как мусульманам за каждую голову выдавалось по червонцу, то наши, видя все свои убеждения не действительными, начали собственными деньгами выкупать пленных. Заметив, что несколько турок окружили молодого француза, один из наших офицеров поспешил к нему в то самое время, когда несчастный развязывал уже галстух, имея перед глазами открытый мешок с отрезанными головами соотечественников. Узнав, что за выкуп требовалось несколько червонцев, но не имея столько при себе, наш офицер отдает туркам свои часы — и голова француза осталась на плечах…» Увещания и угрозы не могли привести турок к послушанию; тогда командир русских десантников составил каре из людей своего отряда, чтобы в середине его укрывать пленных, и тем спасена была жизнь весьма многих. Впоследствии Егор Метакса писал: «Русские и здесь доказали, что истинная храбрость сопряжена всегда с человеколюбием, что победа венчается великодушием, а не жестокостью, и что звание воина и христианина должны быть неразлучны».
К двум часам пополудни остров Видо был взят. На следующий день, 19 февраля 1799 года, пала и крепость Корфу. Это был день великого торжества адмирала Феодора Ушакова, торжества его военного таланта и твердой воли, поддержанных храбростью и искусством его подчиненных, их доверием к своему победоносному предводителю и его уверенностью в их непоколебимое мужество. Это был день торжества русского православного духа и преданности своему Отечеству. Взятый в плен «генерал Пиврон был объят таким ужасом, что за обедом у адмирала не мог удержать ложки от дрожания рук, и признавался, что во всю свою жизнь не видал ужаснейшего дела». Узнав о победе при Корфу, великий русский полководец Суворов воскликнул: «Ура! Русскому флоту! Я теперь говорю сам себе: зачем не был я при Корфу хотя мичманом?»
На другой день после сдачи крепости, когда главнокомандующему привезены были на корабль «Святой Павел» французские флаги, ключи и знамя гарнизона, он сошел на берег, «торжественно встреченный народом, не знавшим границ своей радости и восторга, и отправился в церковь для принесения Господу Богу благодарственного молебствия… Радость греков была неописуема и непритворна. Русские зашли как будто на свою родину. Все казались братьями, многие дети, влекомые матерями на встречу войск наших, целовали руки наших солдат, как бы отцовские. Сии, не зная греческого языка, довольствовались кланяться на все стороны и повторяли: «Здравствуйте, православные!», на что греки отвечали громким «ура!» Тут всякий мог удостовериться, что ничто так не сближает два народа, как вера, и что ни отдаленность, ни время, ни обстоятельства не расторгнут никогда братских уз, существующих между русскими и единоверцами их…
27 марта, в первый день Святой Пасхи, адмирал назначил большое торжество, пригласивши духовенство сделать вынос мощей Угодника Божиего Спиридона Тримифунтского. Народ собрался со всех деревень и с ближних островов. При выносе из церкви святых мощей расставлены были по обеим сторонам пути, по которому пошла процессия, русские войска; гробницу поддерживали сам адмирал, его офицеры и первые чиновные архонты острова; святые мощи обнесены были вокруг крепостных строений, и в это время отовсюду производилась ружейная и пушечная пальба… Всю ночь народ ликовал».