За умелые действия и проявленные при этом старания Феодор Ушаков был произведен в капитаны первого ранга и награжден орденом святого Владимира четвертой степени.
Трактатом между Россией и Турцией от 28 декабря 1783 года Крым был окончательно присоединен к России. И тогда же Екатериной II был издан указ об устройстве на южных рубежах новых укреплений, среди которых необходимо было выстроить и «крепость большую Севастополь, где ныне Ахтияр и где должны быть Адмиралтейство, верфь для первого ранга кораблей, порт и военное селение». В августе 1785 года в Севастополь из Херсона на 66–пушечном линейном корабле «Святой Павел» прибыл капитан первого ранга Феодор Ушаков.
11 августа 1787 года Турция объявила войну России. Для ведения боевых действий были развернуты две армии: Екате–ринославская под предводительством генерал–фельдмаршала Г. А. Потемкина–Таврического и Украинская генерал–фельдмаршала П. А. Румянцева–Задунайского. На первое время им предписывалось лишь охранять российские границы и только Севастопольскому флоту было велено действовать решительно. Вскоре произошла первая генеральная баталия.
Турецкий флот насчитывал семнадцать линейных кораблей и восемь фрегатов, а в русской эскадре, авангардом которой командовал капитан бригадирского ранга Феодор Ушаков, было всего два линейных корабля и десять фрегатов. 29 июня 1788 года противники обнаружили друг друга и, находясь во взаимной близости, старались занять выгодную позицию и сохранить линию баталии. Но 3 июля у острова Фидо–ниси бой стал неизбежен. Турецкий флот всей мощью своей линии стал спускаться на русские корабли. И тут авангардный отряд Ушакова, «употребив старание и искусство», прибавил парусов и решительным маневром лишил возможности командующего турецким флотом Эски–Гассана охватить русские корабли и взять их на абордаж. Вместе с тем Ушаков отрезал от основных сил два передовых турецких корабля. Те, в свою очередь, обнаружив свое гибельное положение, не дожидаясь никакого сигнала, бросились спасаться бегством «с великой поспешностью». Эски–Гассан вынужден был пуститься вдогонку своим кораблям. Победа была за русской эскадрой.
Это сражение хотя и не имело существенного влияния на дела всей кампании, но оно было примечательно в другом. Впервые в открытом бою малочисленный русский флот одержал победу над превосходящими силами противника. Начальствуя только авангардом, Феодор Ушаков в действительности руководил боем всей эскадры, и его личная храбрость, искусное владение тактикой, выдающиеся качества командира и высокий духовный облик решили сражение в нашу пользу. Это была, прежде всего, духовная победа, в которой христианское самоотвержение исполнило силой воинское искусство. Вера в вечную жизнь, несомненное упование на помощь Божию и, следовательно, неустрашимость перед неприятелем — вот что было решающим во флотоводческом таланте Феодора Ушакова. По своему смирению и отсутствию тщеславия Феодор Ушаков в донесении не себе приписал успех, но отдал должное мужеству и стремлению к победе своих подчиненных: «Все находящиеся в команде вверенного мне корабля «Святого Павла» господа обер–офицеры и нижних чинов служители каждый по своему званию определенные от меня им должности исполняли с таким отменным старанием и храбрым духом, что за необходимый долг почитаю отнесть им всякую за то достойную похвалу…»
Закончился первый год войны, в который сокрушились турецкие морские силы, а молодой Черноморский флот одер–жал решительную победу, приведя Оттоманскую Порту «в чрезвычайный страх и ужас». Феодор Ушаков, получив чин контр–адмирала, был назначен в начале 1790 года командующим Черноморским флотом. Князь Потемкин писал Императрице: «Благодаря Бога, и флот и флотилия наши сильней уже турецких. Есть во флоте Севастопольском контр–адмирал Ушаков. Отлично знающ, предприимчив и охотник к службе. Он мой будет помощник». А в боевой инструкции князя Потемкина Феодору Ушакову говорилось: «Требуйте от всякого, чтоб дрались мужественно или, лучше скажу, по–черноморски; чтоб были внимательны к исполнению повелений и не упускали полезных случаев… Бог с вами! Возлагайте твердую на Него надежду. Ополчась Верою, конечно победим. Молю Создателя и поручаю вас ходатайству Господа нашего Иисуса Христа!»
С таковым напутствием служил православный воин Феодор Ушаков, умножая славу любезного Отечества.
В начале июля 1790 года, недалеко от Керченского пролива, произошло очередное сражение, в котором эскадра Ушакова вновь одержала блистательную победу. «Я сам удивляюсь проворству и храбрости моих людей, — писал Ушаков. — Они стреляли в неприятельский корабль не часто и с такою сноровкою, что, казалось, каждый учится стрелять по цели». Конечно, такая неустрашимость и спокойствие духа, проявленные участниками боя, говорят о великом примере их предводителя. Русские моряки поняли: где Ушаков — там победа! Князь Потемкин докладывал Императрице: «…бой был жесток и для нас славен тем паче, что жарко и порядочно контр–адмирал Ушаков атаковал неприятеля вдвое себя сильнее… разбил сильно и гнал до самой ночи… Контр–адмирал Ушаков отличных достоинств. Я уверен, что из него выйдет великий морской предводитель…» Екатерина II отвечала: «Победу Черноморского флота над Турецким мы праздновали вчера молебствием у Казанской… Контр–адмиралу Ушакову великое спасибо прошу от меня сказать и всем его подчиненным».
После поражения при Керчи разбросанный по всему морю турецкий флот вновь стал собираться в единую эскадру. Султан Селим III жаждал реванша. В помощь своему командующему Гуссейн–паше он дал опытного адмирала Саид–бея, намереваясь переломить ход событий в пользу Турции. Но одно дело намерения, а другое — встреча лицом к лицу с православным воинством. Утром 28 августа турецкий флот стоял на якоре между Гаджибеем (впоследствии Одессой) и островом Тендра. И вот, со стороны Севастополя Гуссейн–паша увидел идущий под всеми парусами Российский флот. Появление эскадры Ушакова привело турок в чрезвычайное замешательство. Несмотря на превосходство в силах, они спешно стали рубить канаты и в безпорядке отходить к Дунаю. Ушаков, мгновенно оценив ситуацию, приказал эскадре нести все паруса и, подойдя к противнику на дистанцию картечного выстрела, обрушил всю мощь бортовой артиллерии на передовую часть турецкого флота. Флагманский корабль Ушакова «Рождество Христово» вел бой с тремя кораблями противника, заставив их выйти из линии. Российские суда храбро следовали примеру своего предводителя. Начавшееся сражение поражало своей грандиозностью. Теснимые русскими судами передовые неприятельские корабли принуждены были пуститься в бегство. Флагманский корабль Саид–бея 74–пушечный «Капудания», будучи сильно поврежденным, отстал от турецкого флота. Русские корабли окружили его, но он продолжал храбро защищаться. Тогда Ушаков, видя упорство неприятеля, направил к нему «Рождество Христово». Подойдя на расстояние тридцати сажен, он сбил с него все мачты; затем встал бортом против носа турецкого флагмана, готовясь к очередному залпу. В это время «Капуда–ния» спустил флаг.
«Люди неприятельского корабля, — докладывал впоследствии Ушаков, — выбежав все наверх, на бак и на борта, и поднимая руки кверху, кричали на мой корабль и просили пощады и своего спасения. Заметя оное, данным сигналом приказал я бой прекратить и послать вооруженные шлюпки для спасения командира и служителей, ибо во время боя храбрость и отчаянность турецкого адмирала Саид–бея были столь безпредельны, что он не сдавал своего корабля до тех пор, пока не был весь разбит до крайности». Когда русские моряки с объятого пламенем «Капудании» сняли капитана, его офицеров и самого Саид–бея, корабль взлетел на воздух вместе с оставшимся экипажем и казной турецкого флота. Взрыв огромного флагманского корабля на глазах у всего флота произвел на турок сильнейшее впечатление и довершил победу, добытую Ушаковым при Тендре. «Наши, благодаря Бога, такого перцу туркам задали, что любо. Спасибо Федору Федоровичу», — так восторженно отозвался на эту победу князь Потемкин.
Сам же Феодор Феодорович ясно понимал: победы православному воинству дарует Господь и без помощи Божией все умение человеческое «ничтоже есть». Знал, что в России, на берегу реки Мокши, в Санаксарской святой обители, возносит молитвы о нем старец Феодор, в этот год приблизившийся к исходу от земного своего бытия. По возвращении в Севастополь командующим флотом Феодо–ром Ушаковым был дан приказ, в котором говорилось: «Выражаю мою наипризнательнейшую благодарность и рекомендую завтрашний день для принесения Всевышнему моления за столь счастливо дарованную победу; всем, кому возможно с судов, и священникам со всего флота быть в церкви Св. Николая Чудотворца в 10 часов пополуночи и по отшествии благодарственного молебна выпалить с корабля «Рождества Христова» из 51 пушки».