А между тем миссия его в Средиземном море еще не закончилась. В Северной Италии русские под предводительством славного Суворова громили «непобедимую» армию французов. Суворов просил адмирала Ушакова с юга оказывать ему всемерную поддержку. И вот, находясь в теснейшем взаимодействии, они били французских республиканцев на суше и на море. Два великих сына России — они показали всему миру, что такое русское воинство. Отряды кораблей с десантом стремительными передвижениями по Адриатике и вдоль юго–западных берегов Италии наводили панику на французские гарнизоны. Но и тут не обошлось без козней: интриговали англичане, а их знаменитый контр–адмирал Горацио Нельсон всячески пытался досаждать Ушакову; слава русского флотоводца не давала покоя Нельсону. В переписке с своими друзьями он заявлял, что Ушаков «держит себя так высоко, что это отвратительно». Спокойная учтивость русского адмирала раздражала Нельсона: «Под его вежливой наружностью скрывается медведь…» И наконец, уже с полной откровенностью: «Я ненавижу русских…» Это чувствовал и сам Феодор Феодо–рович: «Зависть, быть может, против меня действует за Корфу… Что сему причиною? не знаю…» Тем временем русские моряки и десантники взяли город Бари, где отслужили благодарственный молебен у мощей Святителя Николая чудотворца, затем Неаполь и 30 сентября 1799 года вошли в Рим.
Неаполитанский министр Мишуру, бывший при нашем отряде, с изумлением писал адмиралу Ушакову: «В промежуток 20 дней небольшой русский отряд возвратил моему государству две трети королевства. Это еще не всё, войска заставили население обожать их… Вы могли бы их видеть осыпанными ласками и благословениями посреди тысяч жителей, которые назвали их своими благодетелями и братьями… Конечно, не было другого примера подобного события: одни лишь русские войска могли совершить такое чудо. Какая храбрость! Какая дисциплина! Какие кроткие, любезные нравы! Здесь боготворят их, и память о русских останется в нашем отечестве на вечные времена».
Предстояло еще взятие Мальты, но тут на исходе 1799 года адмирал Феодор Ушаков получил приказ Императора Павла I о возвращении вверенной ему эскадры на родину, в Севастополь…
Он еще несколько времени провел на Корфу, готовя эскадру к длительному пути, занимаясь делами местного управления, прощаясь с Островами. Он полюбил греков, и они сторицею платили ему тем же; они видели в нем друга и освободителя. «Безпрестанно слышу я просьбы и жалобы народные, и большей частью от бедных людей, не имеющих пропитания…» — и адмирал, будучи печальником народных нужд, старался с помощью Божией, насколько мог, способствовать улучшению их жизни. Жители Республики Семи Соединенных Островов прощались с адмиралом Феодором Ушаковым и его моряками не скрывая слез, благодаря их и благословляя. Сенат острова Корфу назвал адмирала «освободителем и отцом своим». «Адмирал Ушаков, освободя сии острова геройственною своею рукою, учредив отеческими своими благорасположениями соединение их, образовав нынешнее временное правление, обратил яко знаменитый освободитель все свое попечение на пользу и благоденствие искупленных им народов». На золотом, осыпанном алмазами мече, поднесенном ему, была надпись: «Остров Корфу — адмиралу Ушакову». На золотой медали от жителей острова Итака — «Феодору Ушакову, российских морских сил главному начальнику, мужественному освободителю Итаки». Столь же памятные и дорогие награды были и от других островов. Но адмирал, слишком хорошо уже узнавший превратности высшей политической жизни, покидал Ионические острова с чувством тревоги за их дальнейшую судьбу. На душе его было скорбно…
26 октября 1800 года эскадра адмирала Феодора Ушакова вошла в Севастопольскую бухту.
В ночь на 11 марта 1801 года заговорщиками был убит Император Павел I. На Российский престол взошел его сын Александр I. Политика России менялась. Вскоре адмирал Феодор Ушаков был переведен в Санкт–Петербург. При Дворе возобладало мнение о ненужности большого флота для «сухопутной» России. Тогдашний морской министр высказывался о флоте, что «он есть обременительная роскошь», а другой деятель морского ведомства писал: «России нельзя быть в числе первенствующих морских держав, да в том и не представляется ни пользы, ни надобности». В 1804 году Феодор Феодорович составил подробнейшую записку о своем служении Российскому флоту, в которой подытоживал свою деятельность: «Благодарение Богу, при всех означенных боях с неприятелем и во всю бытность онаго флота под моим начальством на море, сохранением Всевысочайшей Благости ни одно судно из онаго не потеряно и пленными ни один человек из наших служителей неприятелю не достался».
Обострялись болезни, усиливались душевные скорби. Но не забывал адмирал заботиться о ближних своих: в его дом в Петербурге часто приходили за помощью. Одних он снабжал деньгами, одеждой, за других, особо нуждающихся, ходатайствовал перед более имущими господами. Например, переписываясь с известным благотворителем графом Н. П. Шереметевым, построившим в Москве в память своей умершей жены Странноприимный дом, Феодор Феодорович не однажды обращался к нему с просьбами подобного характера: «Зная доброе расположение Ваше к спасительным делам и благодеянию, посылаю к Вашему Сиятельству двух странниц, пришедших из отдаленного края просить позволения о построении храма Божиего и устроении жилищ в пользу увечных и больных. По их бедности я содержу их в своем доме и одел их». Кроме того, он взял на себя покровительство и заботу об осиротевших племянниках.
Продолжая нести службу в должности главного командира Балтийского гребного флота, а кроме того еще и начальника Петербургских флотских команд и председателя квалификационной комиссии «по производству в классные чины шкиперов, подшкиперов, унтер–офицеров и клерков Балтийских и Черноморских портов», образованной при Морском кадетском корпусе, Феодор Ушаков старался и эти обязанности исполнять с ревностью и усердием, как это вообще было ему свойственно в любом деле. С болью следил он за происходившим в Европе: близился к завершению один из этапов франко–русской войны, готовился мир в Тильзите; Император Александр I сделается союзником Наполеона Бонапарта, а Ионические острова будут переданы «зловредным» французам. Феодору Феодоровичу предстояло пережить и это.
19 декабря 1806 года он подал Императору прошение об отставке: «Душевные чувства и скорбь моя, истощившие крепость сил и здоровья, Богу известны — да будет воля Его святая. Все случившееся со мною приемлю с глубочайшим благоговением…» Эти слова, венчающие ратный подвиг, славное и многотрудное служение родному Отечеству, свидетельствуют, что непобедимый адмирал исполнен был смирения и покорности воле Божией, и благодарения Богу за все, — это были чувства истинно христианские.
Отойдя от служебных дел, он некоторое время жил в Санкт–Петербурге, продолжая покровительствовать племянникам, и готовился к переезду на постоянное и уже последнее место своей земной жизни. У него было несколько небольших деревень на родине в Ярославской губернии, был участок земли вблизи Севастополя… Душа адмирала, от младенчества взыскавшая Господа, просила покоя, уединения, молитвы. Он принял решение, исполненное глубокого смысла: он избрал для жительства тихую деревню Алексеевку, в Темниковском уезде, вблизи Санаксарского Рождество–Богородичного монастыря, где в годы его ратных подвигов молился о нем его родной дядя — преподобный Феодор. Несомненно, что молитвенное их общение никогда не прерывалось. Потому и устремилась сюда, к святой обители душа адмирала, что здесь подвизался о Господе и упокоился самый духовно близкий ему человек на земле. Монах и моряк — они оба были воинами Христовыми, оба делали одно дело: ревностно служили Господу — на том поприще, на которое Он их призвал.