Понятно, что подобные призывы к сопротивлению власти не могли остаться безнаказанными для их авторов. Для Новоселова, в частности, еще и потому, что он продолжал активно работать на ниве духовного просвещения, предоставив свою квартиру для занятий Богословских курсов, открывшихся весной 1918 г. с благословения Святейшего Патриарха Тихона. «Курсы ставили целью приблизить православных мирян к сокровищам благодатной жизни Церкви, знакомя их с проявлениями церковного духа по первоисточникам (Слово Божие, жития святых, творения святых отцов, богослужебные книги и т. д.), и подготовить их к деятельному служению Церкви». На этих курсах Новоселов преподавал и сам. Многое из того, что было подготовлено Михаилом Александровичем для занятий на курсах, было затем использовано им в главном труде его жизни — в «Письмах к друзьям».
Эта непрекращающаяся активность Новоселова неизбежно должна была привлечь к нему внимание органов ГПУ. После распространения весной 1922 года в церковных кругах Москвы резкого воззвания против обновленцев, озаглавленного «Братское предостережение чадам истинной Церкви Христовой», отпечатанного типографским способом в виде листовок и подписанного: «Братство ревнителей Православия. Издание друзей истины», чекистам нетрудно было догадаться о причастности Новоселова к его составлению. Чекисты нагрянули к нему с обыском в ночь на 12 июля, но предполагаемого арестанта дома не оказалось. Однако возвращаться домой Новоселову было уже нельзя, и он переходит на нелегальное положение, «затерявшись» на бескрайних просторах еще помнящей Бога России.
Но и в новых условиях своего существования Новоселов не перестал работать на ниве церковной — вплоть до своего ареста в 1928 году. Памятником этой работы являются его «Письма к друзьям», которые он писал с 1922 по 1927 год — время, когда за горячее слово о христианской вере можно было заплатить не только свободой, но и жизнью. Письма эти предназначались для распространения среди православных, они переписывались и перепечатывались.
Делясь с друзьями по их просьбе мыслями по поводу текущих церковных событий и христианского вероучения, Михаил Александрович писал им письма, беседуя о вере и Церкви. Откликаясь на «злобу дня», он, однако, в своих письмах постепенно переходит к систематическому рассмотрению общего учения о Церкви, ее сущности, ее роли в Божественном Домостроительстве. «Письма к друзьям» — церковно–исторический памятник, спасенный от гибели и дошедший до нас сквозь годы безвременья благодаря подвижническим усилиям и мужеству многих православных верующих.
Последнее письмо, а с ним и вся книга Новоселова завершается следующими возвышенными словами: «Блажен, кто не отступит от Христа среди тяжких искушений, постигающих Церковь, воодушевляясь участием в ее всемирном торжестве, имеющем открыться по скончании мира». К этим блаженным мы, безусловно, должны отнести и самого М. А. Новоселова: вскоре после написания этих строк он был арестован и вступил на крестный путь истинного последователя Христа — Христова исповедника и мученика.
В конце 1928 года Новоселов был арестован. 17 мая 1929 года Особым Совещанием при коллегии ОГПУ он был приговорен к 3–м годам лагеря по статье 58, п. 10 и отбывал срок в тюрьме города Ярославля. Уже в тюрьме 12 сентября 1931 года он получил новый срок — 8 лет, а 7 февраля 1937 года — еще 3 года за контрреволюционную деятельность.
От одного из заключенных, Ахмета Ихсана, чудом вырвавшегося на волю, имеются сведения о пребывании Новоселова в тюрьме. Этот заключенный был турком, обращенным Михаилом Александровичем в православие и ставшим его духовным чадом. Среди своих соузников Новоселов пользовался большим уважением как человек твердый в вере, его почтительно называли аввой и богословом, — против последнего именования Новоселов неизменно возражал. В тюрьме Михаил Александрович продолжал отмечать все православные праздники, память святых. Множество людей тянулись к нему, жаждали его духовного руководства, хотя он и не был священником, просили его молитв.
26 июня 1937 года Новоселова перевели из Ярославской тюрьмы в Вологодскую, где возбудили против него новое уголовное дело за «систематическое распространение среди сокамерников клеветнических сведений по адресу руководителей ВКП(б) и Советского Правительства с целью вызвать недовольство и организованные действия против установленных тюремных правил и [продолжение?] борьбы в условиях тюрьмы». Как и ранее, Михаил Александрович держался спокойно и твердо, предъявленного ему обвинения не признал и 17 января 1938 года был приговорен Особым совещанием к расстрелу.