Другой свидетель — священник Владимир Беляев — из‑за страха оговорил отца Феодора в том, что слышал от него антисоветские высказывания.
Во время допроса отец Феодор, понимая, что любое слово о ком‑либо может повредить этому человеку, пожелал отвечать на все вопросы следователя сдержанно.
— Виновным себя в предъявленном мне обвинении не признаю. В практике моей службы как священника Богородской церкви никогда не произносил никаких проповедей, касающихся положения в стране, а также на темы антисоветского характера. Будучи аполитичным, в личных беседах с крестьянами я никогда никаких недовольств по отношению к советской власти не высказывал, в период коллективизации я никаких разговоров и бесед ни с кем не имел. Из духовенства связи ни с кем не имею, ни к кому не хожу, и никто у меня не бывает, а также ни с кем никакой переписки не веду.
— Вы писали когда‑либо письма священнику Горскому?
— Нет, не писал.
На следующем допросе следователь стал спрашивать об отношении отца Феодора к запрету преподавать Закон Божий в школах. «Издание декрета советским правительством о запрещении преподавания Закона Божия в школе меня обескуражило, — ответил священник. — Я психологически не мог с этим примириться, считал, что это насилие над человеческой совестью. На собрании в школе предложил послать письмо Всероссийскому Поместному Собору от имени верующих с просьбой ходатайствовать о разрешении проводить преподавание Закона Божия в школе. Никогда я не арестовывался. В Подольске находился с ноября 1918 по июнь 1919 года в тыловом ополчении, исполнял всякие хозяйственные работы. В восстании Зеленого участия не принимал и сочувственно к нему не относился. Со всеми мероприятиями советской власти я соглашался и соглашаюсь, за исключением вопроса о том, что религия — враг народа. На основании этого убеждения я среди верующих пытаюсь путем бесед и проповедей привить мысль, что религия не есть враг народа, а способна его утешить и развивать чувства милосердия и братских отношений».
Следствие в начале сентября 1930 года было закончено. Следователь, формулируя обвинительное заключение, в частности, написал: «В своих показаниях обвиняемый Грудаков не отрицает, что ведет среди населения агитацию с целью привить мысль, что религия не есть враг народа, с тем чтобы разбить установку советской власти, что таковая — дурман».
5 сентября 1930 года тройка ОГПУ приговорила священника Феодора Грудакова к пяти годам заключения в исправительнотрудовой лагерь. Наказание он отбывал на строительстве Беломорского канала и затем на строительстве Сорбского порта. В апреле 1934 года отец Феодор был освобожден. Сначала он служил в Рязанской епархии, а в апреле 1937 года получил назначение в храм в честь святых мучеников бессребреников Космы и Дамиана в селе Старая Кашира Каширского района Московской области.
В 1937 году председатель колхоза в селе Старая Кашира послал в районное отделение НКВД с нарочным заявление, в котором просил срочно арестовать отца Феодора. Свою просьбу он мотивировал тем, что священник сорвал важное мероприятие. Вечером 3 декабря планировалось собрать колхозников для беседы о предстоящих выборах в Верховный Совет, а отец Феодор, как писал доносчик, «этот враг трудящегося народа, собрал вечерню, созвал к себе в церковь всех избирателей, огораживая себя праздником Введения».
Священник Феодор Грудаков был арестован 4 декабря 1937 года Каширским районным отделением НКВД и в тот же день допрошен. Свидетели, вызванные для дачи показаний, рассказали, что отец Феодор призывал людей ходить молиться в храм, и авторитет его, несмотря на непродолжительный срок служения в селе, очень высок.
— Вы арестованы за антисоветскую агитацию, которую проводили среди колхозников. Вы это признаете? — спросил следователь.
— Никакой антисоветской агитации среди колхозников я никогда не вел и виновным себя в этом не признаю.
— Вам зачитываются показания свидетеля, уличающие вас в антисоветской агитации. Вы эти показания подтверждаете?
— Нет, не подтверждаю. Никогда антисоветской агитации я не вел.
В тот же день следствие было закончено. Отца Феодора перевели в Таганскую тюрьму в Москве. 7 декабря 1937 года тройка НКВД приговорила его к десяти годам заключения в исправительно–трудовом лагере.
27 декабря 1937 года с этапом заключенных отец Феодор прибыл в Самарлаг НКВД, где и умер от непосильного труда и голода 27 ноября 1940 года и был погребен в безвестной общей могиле.