В 1929 году началось очередное гонение на Русскую Православную Церковь, в данном случае имевшее своей целью закрытие всех без исключения монашеских обителей, и СтароГолутвин монастырь был закрыт. 14 мая 1929 года ОГПУ арестовало архимандрита Никона, обвинив его в антисоветской агитации при произнесении проповедей.
Будучи допрошен, отец Никон сказал: «Иногда я произношу проповеди для укрепления веры в слушателях. В отдельных проповедях приходится касаться безбожников, так, по моему мнению, легко относящихся к вопросам веры, при этом ссылаюсь на более авторитетные лица, которые вопрос о бытии Бога решали не так легко.
В праздничные дни я читаю специальную молитву, списанную мной в Московском Петровском монастыре… содержание выдержки следующее:«Господи Боже наш, Великий и Многомилостивый! Сохрани под крылами Твоея благости вся православныя архиереи, даждь им Церковь Российскую сохранити и управити, верныя овцы Христовы негиблемы соблюсти, злыя же волки далече отогнати и козни их сокрушити. Сохрани и вся люди Твоя от тлетворных учений, от церковных соблазнов, неверия. В напастех терпение подаждь нам»…
Под волками подразумеваются все восстающие на Церковь и веру, сюда же относятся активные безбожники, но кто они, безбожники, это нас не касается. Под напастями я понимаю всякое несчастье в жизни человека, ссылка и арест верующих тоже относятся к несчастьям — напастям. Под врагами Церкви я понимаю всех, кто разрушает веру и Церковь. Член ВКП(б) как коммунист для меня безразличен, но коммунист активный безбожник — враг, разрушитель веры».
26 июля 1929 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило архимандрита Никона к трем годам заключения в Соловецком концлагере. 9 августа 1932 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ уже без рассмотрения дела прибавило к этому три года ссылки в Северный край, отправив туда отца Никона с тюремным этапом.
Вернувшись из ссылки, отец Никон был назначен в храм Трех Святителей в село Белоомут Луховицкого района Московской области, но вскоре он был переведен во Власьевскую церковь в Волоколамске. Служа в Волоколамске, священник в 1936 году был приговорен судом к штрафу в двести рублей за то, что отпел умершего прихожанина без регистрации смерти в государственных учреждениях.
В 1937 году, во время очередного гонения на Русскую Православную Церковь, секретарь Волоколамского горсовета по требованию НКВД дал следующую характеристику деятельности священника: «В городе проводит оживленную работу среди церковников, устраивая всякого рода собрания граждан и мобилизуя их на религиозную пропаганду…»
27 ноября 1937 года архимандрит Никон был арестован и заключен в тюрьму в Волоколамске. Были вызваны свидетели, один из них, сосед отца Никона, показал: «Его дом систематически посещают служители культа из сельской местности, в его квартире проходят тайные контрреволюционные сборища, но что на них обсуждают, мне не известно… Квартиру часто посещали верующие из близлежащих селений, которых Беляев дружески принимал. Кроме этого, весной 1937 года в магазине, где присутствовало человек десять колхозников, Беляев заявил:«Издала советская власть закон о свободной продаже хлеба, а сама его не выполняет, крестьяне собирают хлеб, а целыми днями стоят в очередях, хлеб разбирают по учреждениям, а горожане остаются голодными». Кроме этого, в ноябре 1937 года к нему в дом постучались три колхозника из деревни Ченцы. К ним вышел Беляев и около дома говорил:«Меня, наверно, скоро арестуют коммунисты. Они сейчас усиливают гонение… я вас прошу, реже посещайте мою квартиру…«Летом 1937 года священник возвращался домой после совершения в церкви всенощной с группой лиц, ночью я никого из них не узнал. Беляев около своего дома говорил:«У советской власти правды ни в чем нет и не будет, вот меня судили три раза ни за что. Также будет и с новой конституцией, останется она на бумаге, а в жизни будут проводиться такие же репрессии, как и раньше»».
28 ноября следователь допросил священника.
— Вы арестованы как активный организатор контрреволюционной группы, в которую входили служители культа… совместно с ними проводили контрреволюционную антисоветскую деятельность, направленную на срыв мероприятий советской власти. Следствие от вас требует правдивых показаний по этому вопросу, — сказал следователь.
—Я в контрреволюционной организации не состою и контрреволюционной антисоветской деятельностью никогда не занимался, — ответил отец Никон.