— Бондаренко мне говорил, что ты теперь не наш, отошел от нас, нарушил православную веру.
— Бондаренко, этот случай вы подтверждаете?
— Нет, таких разговоров не было.
— Бондаренко, граждане села Алексеевское подтверждают, что вы занимались антисоветской деятельностью. По–вашему, они лгут, наговаривают на вас?
— Виновным себя в антисоветской агитации не признаю.
— Что же, по–вашему, люди на вас все наговаривают, лгут?
— На этот вопрос я ответить не могу.
21 марта 1935 года следствие было закончено. Иеромонах Ксенофонт обвинялся в том, что «среди крестьян села Алексеевское систематически вел антисоветскую агитацию, обрабатывал крестьян в антисоветском духе, распространял провокационные слухи о гибели советской власти; в результате этой деятельности колхоз в селе Алексеевском к началу 1935 года оказался в глубоком прорыве».
31 марта 1935 года Особое Совещание при НКВД приговорило отца Ксенофонта к трем годам заключения в исправительнотрудовом лагере, и он был отправлен в Темлаг в город Потьму, где провел все время заключения.
В августе 1937 года он вернулся из Темниковского лагеря и поселился в городе Александрове Владимирской области, ближе к Москве ему как вернувшемуся из заключения запрещено было жить. В это время уже начинались широкие гонения на Русскую Православную Церковь и сотрудники НКВД собирали сведения и следили за всеми, кто, с их точки зрения, подлежал аресту, а это в первую очередь было духовенство. Поэтому посещение отцом Ксенофонтом в Загорске бывшего наместника Лавры архимандрита Кронида (Любимова) не осталось незамеченным. Он посетил архимандрита Кронида 19 сентября, заехал к нему как к своему старому другу и единомышленнику, чтобы рассказать о своем аресте и о жизни в заключении. Рассказ произвел такое впечатление, что старец стал его утешать и призывать к терпению, так как в то время повсеместно пастыри терпели гонения и притеснения от безбожных властей.
Отец Ксенофонт спросил, стоит ли ему устраиваться в храм священником, но архимандрит посоветовал не идти в храм, а устроиться на какое‑нибудь гражданское предприятие, так как только в этом случае он может скрыть то, что судился за контрреволюционную деятельность, и не быть сразу же вновь арестованным. Настали тяжелые времена, сказал старец, на пастырей Церкви и верующих идет гонение, и им живется сейчас нелегко, много труднее, чем раньше.
После этого визита отец Ксенофонт посещал архимандрита Кронида еще несколько раз и, в частности, был у него и 20 ноября 1937 года, когда отец Кронид и его келейник были арестованы. Застав в доме отца Ксенофонта, сотрудники НКВД сначала попросили его расписаться в ордере на обыск в качестве свидетеля, а затем, уведя архимандрита и его келейника, арестовали и иеромонаха Ксенофонта. Все арестованные монахи были заключены в Таганскую тюрьму в Москве.
— Следствие располагает точными данными о том, что вы являетесь активным участником контрреволюционной монархической монашеской группы. Вы подтверждаете это? — спросил отца Ксенофонта следователь.
— Нет, не подтверждаю, — ответил отец Ксенофонт.
— Следствию известно, что вы, являясь секретарем Кронида Любимова, имели с ним общение и тесную связь. Даже после заключения вас в Темниковские концлагеря вы имели с ним письменную связь, а по возвращении из лагерей после отбытия трехгодичного заключения за контрреволюционную деятельность неоднократно посещали последнего, несмотря на то, что вам в зону Московской области въезд был воспрещен. Вы подтверждаете это?
—Действительно, я был у отца Кронида послушником и выполнял все его поручения. После ареста в 1935 году за контрреволюционную деятельность, будучи направлен для отбытия наказания в Темниковские концлагеря на три года, я написал ему оттуда одно письмо, а по отбытии срока наказания в августе 1937 года я три раза приезжал на квартиру архимандрита Кронида в город Загорск Московской области, где мне запрещено было жить. Целью посещения было то, что я приезжал его навестить как прежнего знакомого ввиду его престарелости.
— Следствие располагает точными данными о том, что вы вели антисоветские разговоры на квартире Кронида против выборов в Верховный Совет. Следствие требует от вас правдивых показаний.
— Даю совершенно правдивые показания, что я нигде не говорил против выборов в Верховный Совет и никакой антисоветской деятельностью не занимался.
На этом допросы были окончены. 7 декабря 1937 года тройка НКВД приговорила отца Ксенофонта к расстрелу. Иеромонах Ксенофонт (Бондаренко) был расстрелян 10 декабря 1937 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.