Создалось пагубное мнение, что я один что‑то могу сделать без вашей помощи. Напуганные запустением родного и близкого храма вы лучше мне помогали в первые годы, чем потом. Помните, что запустение отдалено нашими совместными усилиями, но оно не уничтожено и может вновь наступить, если вы меня одного оставите.
Многие оставляли храм и возвращались, но всегда с храмом было Милосердие Божие. Наш храм порой из приходского обращался в беспризорного, ищущего общехристианского милосердия, но Всемогущая Рука Божия провела нашу жизнь с честью и через третий год. Я выматывал жилы своими просьбами о помощи храму, по словам соседнего священника, а Бог родил жалость в сердце человеческом к этому дивному храму. И мы чудом, не видимою, но явно осязаемою помощью Божественною в этом году сделали ремонт храма, сшили два облачения, черное и белое, поправили три Евангелия, приобрели сосуд, крестильный ящик, ризу на икону Богоматери, две иконы преподобного Серафима. Я говорю это, чтобы вы воздали славу Богу, дивно действующему через нас, недостойных и немощных, во святом этом храме молящихся».
Затем, поблагодарив некоторых из прихожан поименно за оказанную помощь, отец Николай сказал: «Не смею вам указывать и предлагать, что нужно сделать в четвертом году нашей работы и пребывания в этом храме. Я глубоко верю, что ваше сердце не изменит и в этом году храму Святой и Животворящей Троицы, дающей попущение бедности, заброшенности, оставленности, но по вере и дивно помогающей во всем».
К престольным праздникам и к памятным дням отец Николай отправлял поздравительные открытки прихожанам, которые иногда сопровождал наиболее созвучными его сердцу стихами русских поэтов; одной из прихожанок, например, он отправил в поздравление стихи Хомякова:
«Подвиг есть и в сраженье,
Подвиг есть и в борьбе,
Высший подвиг — в терпенье, любви и мольбе.
Если сердце заныло перед злобой людской
Иль насилье хватило тебя цепью стальной,
Если скорби земные жалом в душу впились, —
С верой бодрой и смелой ты за подвиг берись.
Есть у подвига крылья,
И взлетишь ты на них,
Без труда, без усилья
Выше мраков земных,
Выше крыши темницы,
Выше злобы слепой,
Выше воплей и криков гордой черни людской.
Подвиг есть и в сраженье,
Подвиг есть и в борьбе,
Высший подвиг — в терпенье, любви и мольбе.
Не забудьте храм своею милостью в праздник святой мученицы Параскевы», — закончил свое письмо отец Николай.
Власти пристально следили за ревностным пастырем, и 28 октября 1929 года он был арестован и заключен в Бутырскую тюрьму в Москве. 2 ноября состоялся допрос. Отвечая на вопросы следователя, отец Николай сказал: «Я являюсь священником Троицкой церкви, которая представляет из себя историческую ценность… и приходится принимать усиленные меры к изысканию средств на его поддержание, к тому же этот район чисто рабочий, где мало верующих людей.
Сестричество организовано мной в начале моего назначения в этот храм… на него возложена главная забота о храме, чем оно и занимается… Для этой же цели были введены членские взносы от верующих, которые поступают и вносятся в книги прихода.
В притворе храма при входе висит доска для объявлений, на которой объявляется о богослужениях. Таким путем мной вывешено объявление о взносах на храм.
Мной были посылаемы сестры–прихожанки с подписными листами с целью сбора средств на нужды прихода. На престольный праздник мучеников Кира и Иоанна были торжественные службы с участием архиепископа. Я, как молодой священник, сознательно цели борьбы с советской властью не ставил, и если обращался к верующим, то только в силу своих религиозных убеждений для поддержания храма».
Сразу же после допроса следователь на основании сказанного только что священником заявил, что отец Николай «организовал группу верующих для ведения антисоветской пропаганды под церковным флагом. И вел пропаганду также и сам лично, и в печати, а потому… привлечь Кобранова Николая Яковлевича в качестве обвиняемого, предъявив ему обвинение по 58 статье УК…»
20 ноября 1929 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ постановило заключить протоиерея Николая на три года в концлагерь, и он был отправлен в Соловецкий лагерь особого назначения. По окончании заключения отец Николай был отправлен на три года в ссылку в Казахстан, откуда он вернулся в 1935 году и поселился в деревне Кукарино Можайского района. Бывая в Москве, отец Николай встречался с монахинями и игумениями, иногда совершал в квартире богослужения, что впоследствии ему и было поставлено в вину.
27 апреля 1936 года отец Николай был арестован и заключен в 48–ю камеру Бутырской тюрьмы в Москве. В тот же день состоялся допрос.
—Признаете ли вы себя виновным в том, что, вернувшись из ссылки в 1935 году, начали организовывать нелегальный монастырь? — спросил следователь Байбус отца Николая.
—Нет, не признаю. Я не организовывал никаких нелегальных монастырей.
— Вы устраивали нелегальные богослужения на квартире игуменьи?
— Да, устраивал. Я совершил молебное пение.
— На этом собрании вы вели контрреволюционные беседы?
— Нет, не вел.
— Вы говорите неправду. Следствию известно, что вы высказывали контрреволюционные взгляды и допускали выпады против руководимого советской властью государства. Что вы можете показать?
— Это я отрицаю. Я ни с кем на эту тему не говорил. Мое личное отношение к советской власти заключается в несогласии с ней по религиозному вопросу, так как она разрушает… храмы и репрессирует невинно верующих и духовенство.
Следствие продолжалось в течение месяца. На одном из допросов следователь спросил священника:
—Признаете ли вы себя виновным в предъявленном вам обвинении в том, что, являясь активным участником контрреволюционной группы, участвовали в нелегальных собраниях группы и вели антисоветскую агитацию?
—Виновным в предъявленном мне обвинении себя не признаю, — ответил отец Николай.
— Вы признаете, что организовали нелегальные группы, вернувшись из ссылки?
— Нет, не признаю.
—С какой же целью вы устраивали нелегальные собрания на квартире?
— На квартире я нелегальных собраний не устраивал, а совершал богослужение.
— Вы зарегистрированы как служитель религиозного культа в административном отделе?
— После возвращения из ссылки я в административном отделе не регистрировался, также не регистрировался и в Синоде.
— Вы на нелегальных собраниях группы распространяли контрреволюционную клевету! Это вы признаете?
— Нет, не признаю.
— Вы говорите неправду. Известно, что на нелегальных собраниях вы распространяли контрреволюционную клевету о том, что в Советском Союзе жить стало совершенно невозможно, такого рабства, насилия и репрессий нигде нет. Вы это подтверждаете?
— Это я отрицаю. Контрреволюционной клеветы я не распространял.
Во время допроса Байбус, желая уязвить священника, заявил, что даже жена священника считает его помешанным на религиозной почве и вскоре пришлет ему развод. «Но не беспокойтесь, святым вас не сделаем», — зло сказал он.
16 мая 1936 года отец Николай подал заявление прокурору по надзору за органами НКВД с объявлением, что он начинает бессрочную голодовку до освобождения.
20 мая 1936 года следствие было закончено и следователь, вызвав отца Николая на допрос, спросил, желает ли он чем дополнить следствие, на что тот сказал, что не желает, и подал следователю заявление, в котором писал, что просит считать его голодовку не протестом против советской власти, а средством для обретения внутреннего равновесия в условиях крайнего насилия. Переносить тюрьмы и репрессии в обстановке крайней несправедливости он может, только прибегая к крайним средствам, могущим вернуть ему самообладание, каковым и является для него голодовка–пост. Он писал, что просит вести его дело без задержек, но не настаивать на отказе от голодовки. ««Мы не терзаем, не казним, но вместе жить мы не хотим». Насилия не переношу всякого», — писал в своем заявлении отец Николай.
В тот же день администрация тюрьмы, пригласив известных профессоров, освидетельствовала священника на предмет его психического здоровья и дала заключение, что душевным заболеванием отец Николай не страдает, а в его поступках проявляется его личный характер и фанатичная вера. Начальник секретного политического отдела НКВД Тимофеев в свою очередь пообещал священнику, что лагерь ему заменят ссылкой.