После смерти Николая Васильевича заботы по храму взял на себя его старший сын Василий Николаевич, который был старостой до времени своего отъезда с территории Мароновского прихода в 1895 году, после чего его заменил его брат Иван Николаевич. Главной святыней храма является чудотворный образ преподобного Марона, к которому обращаются страдающие от горячки и лихорадки.
Во время обучения в Усачевском институте, как впоследствии рассказала игумения Афанасия на допросе у следователя в тюрьме, она жила хорошо, всем была довольна, много веселилась и многие студенты относились к ней с большим уважением, много было среди них и поклонников.
Но неожиданно для многих, после окончания в 1902 году института, молодая девушка ушла в монастырь — Троице–Одигитриевскую Зосимову пустынь. В 1904 году игумения Зосимовой пустыни София (Быкова) послала Александру Васильевну в Понетаевский монастырь для обучения живописи. Полгода Александра Васильевна обучалась художеству и, вернувшись в Зосимову пустынь, стала исполнять послушание иконописки. В 1920 году она была пострижена в мантию с именем Афанасия и избрана игуменией Зосимовой пустыни.
В это время монастырь по требованию властей был преобразован в сельскохозяйственную артель, и игумении пришлось часто сталкиваться с представителями властей, ведя с ними переговоры относительно хозяйственной деятельности монастыря. Игумению как главу артели приглашали на заседания уездного исполнительного комитета. Заседания эти проходили в местном клубе. Все члены исполкома рассаживались в этих случаях вокруг поставленного на сцене стола. Появление игумении, сопровождаемой послушницей, вызывало среди членов исполкома неловкость, и однажды один из них, решив пошутить, показал на висящий на стене портрет Маркса и сказал:
— А вот, матушка игумения, Маркс. Он является, собственно, учеником первого социалиста — Христа.
—Вот портрет «ученика» вы поместили здесь, а почему же нет портрета Учителя? —спросила игумения.
В то время, когда игумении пришлось управлять обителью, к трудностям от преследования властями прибавились скорби от болезней, так как уже больше двадцати лет мать Афанасия страдала малярией. Ее часто лихорадило, она не лечилась, и хроническое заболевание в конце концов разрушило ее здоровье. На пасхальной неделе в 1925 году сестры послали за врачом в Алабинскую больницу. Вот как описывает свое посещение игумении врач Михаил Михайлович Мелентьев: «Монастырский дворкладбище был необширен, тих и пустынен. В центре стоял небольшой белый храм, окруженный намогильными крестами, кое–где с горящими лампадами. По мосткам прошли к игуменскому корпусу, где меня встретила маленькая, согбенная старая монахиня, ласковая и приветливая. В корпусе стоял какой‑то давний, уютный запах древней мебели, печеного хлеба, ладана. Тикали часы, и стояла ничем не нарушаемая тишина. Монахиня пригласила меня к столу откушать, а сама пошла доложить игумении о моем приезде…
Держалась она [игумения] величаво–спокойно, говорила чуть–чуть нараспев, с низкими контральтовыми нотами. Ближайший угол и стена были заняты образами. У большого распятия горела лампада и стоял аналой.
Здоровье игумении оказалось в очень плохом состоянии. Я сказал ей, не скрывая, о ее положении и предложил на ближайшее лето выехать в другое место и попытаться подлечиться там. Обстановка с монастырем была сложна и внешне, и внутренне. В монастыре было до трехсот человек сестер, в том числе шестьдесят беспомощных старух. Всех их нужно было прокормить, отопить, одеть, обуть. Поплакала игумения, погоревала, и все это сдержанно, с ясным сознанием огромной ответственности за триста душ, и отпустила меня, не дав ответа. Однако в дальнейшем ухудшение здоровья заставило ее смириться. Я взял на себя ответственность поднять ее на ноги. Это была трудная задача, но Бог помог мне, и моя больная к концу лета настолько поправилась и окрепла, что могла вернуться к себе и приняться за свои дела».
В 1928 году власти закрыли обитель, и игумения Афанасия переехала в село Алабино Наро–Фоминского района, где поселилась вместе со старой монахиней Антонией, которая была с ней с первых дней ее монастырского жития, и послушницей Евдокией Бучиневой. Врач Михаил Мелентьев пишет в своих воспоминаниях об этом времени: «Игумения Афанасия правила всю дневную службу и являлась умственным центром этой маленькой общины. Она же, вместе с матерью Антонией, стегала одеяла. Дуня выполняла более тяжелую работу и служила для сношения с внешним миром. На первую и последнюю недели Великого поста двери их жилища закрывались для всех. Это были дни молитвенного труда и молчания. Но зато и праздник Воскресения был праздником истинно Воскресшего Христа.
К ним ходили за помощью, за советом, за утешением, но ходили в сумерки, вечерком, ночью, чтобы меньше видели, меньше сказали. Они же ни к кому не ходили, потому что боялись с собою принести и подозрения, и кару на ту семью, где бы они побывали.
В первый день Троицы 1931 года я пришел к игумении Афанасии, зная, что у нее праздник, что она по–праздничному бездеятельна и что она будет рада мне. Нашел я ее в десяти шагах от ее дома в небольшом перелеске. Она только что пережила очередное воспаление легких, была слаба, и все ее радовало в ее возвращении к жизни. Стоял чудесный день, жужжали пчелы, пахло лесом. Божий мир стоял во всей своей красе. А через час, когда я ушел, пришла грузовая машина, привезла оперативных работников НКВД, те перевернули жилище, обыскали его, ничего не нашли, конечно, и забрали игумению Афанасию с собой в районный центр, Наро–Фоминск».
Это произошло 25 мая 1931 года. Игумению обвинили в активной антисоветской деятельности и агитации, направленной на срыв мероприятий советской власти в деревне, в особенности коллективизации. Отвечая на вопросы следователя, игумения сказала: «В 1920 году я была избрана игуменией и была ею до 1928 года. Во время моего игуменства был полный порядок и все мне подчинялись. В результате все было хорошо. Во время пребывания моего в монастыре я крепко была предана Богу и так же предана Ему в настоящее время и готова за Бога и за Христа жизнь положить. Больше показать ничего не могу».
Через несколько дней после ареста состояние здоровья игумении резко ухудшилось и ее отправили в больницу, откуда она 30 мая написала врачу: «Многоуважаемый Михаил Михайлович! Шлю Вам привет из Наро–Фоминской больницы. Лежу в заразном бараке. Чувствую себя плохою. Все болит, а особенно левый бок. Температура повышена. Просила дать мне бумагу о моей болезни и нетрудоспособности, но мне ответили — «пока полежите». Сердце мое истерзалось. Осталась я одна. Дуню, наверное, пока я в больнице, угонят, как угнали уж многих. Боюсь я, как бы Антонию без меня не взяли. Войдите в мое положение! Что буду я делать одна, когда не в состоянии понести и пяти фунтов. Хотя бы Вы что‑нибудь мне написали и с кем‑нибудь ручно передали. Письма и посылки в больницу передают, но личного свидания не разрешают. Может быть, Вы увидите Антонию. Скажите ей, чтобы она прислала мне молитвенник и Часослов маленького формата. Неизвестность хуже всего. Буду ждать от Вас какого‑нибудь слова. Не забывайте меня, находящуюся в большом горе и всегда Вас уважающую».
Вместе с игуменией Афанасией была в то время арестована и послушница Евдокия.
Преподобноисповедница Евдокия (Евдокия Тимофеевна Бучинева) родилась в 1885 году в деревне Дубовицы Спасского уезда Рязанской губернии в крестьянской семье. До 1907 года она работала на фабрике в Москве, а затем поступила в Зосимову пустынь, где подвизалась до закрытия монастыря. Будучи арестованной вместе с игуменией, она так ответила на вопросы следователя: «После ликвидации монастыря мы с игуменией поселились в поселке Алабино Наро–Фоминского района, и я до сего времени состою при игумении. Проживая в поселке Алабино, мы с игуменией занимались рукоделием, на что и существовали, а также к игумении приезжали неизвестные мне люди и привозили продукты. Что касается предъявленных мне обвинений в антисоветской агитации, то я таковой никогда не вела и виновной себя в этом не признаю».