Слезы и мольбы не помогли, не помогла любовь, которую опытный в духовной жизни подвижник оказал своему начинающему сподвижнику. Серапион взял необходимые припасы для пути и, простившись с преподобным Евфросином, ушел от него. Однако, Господь немедленно вразумил Серапиона и возвратил его в сожительство преподобного Евфросина. Близ места их подвигов протекал небольшой ручей, заросший кустарником. Преподобному Серапиону надо было перейти через него. И вот, рубя кустарник топором, чтобы проложить себе путь, он сильно рассек колено левой ноги. Нужда теперь заставила его вернуться к Евфросину и просить прощения. «Прости меня, отче, ради Бога, – говорил Серапион, – ибо согрешил я пред тобою уходом своим. И тут Господь явно наказал меня. Но святые молитвы твои снова привлекли меня к тебе. Теперь же не отойду я от тебя, пока не умру на этом святом месте».
Незлобиво и кротко принял раскаявшегося брата Евфросин и только заметил ему тихо: «О, брат! Это происходит от нашего маловерия». Затем утешил больного, простил его и скоро исцелил от раны.
С этого времени Серапион начал вести трудную жизнь пустынника, разделяя нужды, лишения и подвиги своего учителя, преподобного Евфросина. 55 лет подвизались они вместе, до самой кончины преподобного Серапиона, который умер раньше Евфросина.
В Толвской пустыне вырос большой монастырь, который подвижники устраивали общими трудами, в монастыре этом было много усердных подвижников. Но Серапион едва ли не был усерднее всех из братии преподобного Евфросина. На каждую монастырскую работу он приходил раньше всех и оставлял ее последним. Он помогал своему учителю в управлении братией и в устройстве монастыря.
Непрестанными трудами, воздержанием и добродетелями Серапион превосходил в обители всех братий, являясь для них образцом послушания и иноческих добродетелей. Когда кто-нибудь из иноков оскорблял его, незлобивый подвижник все претерпевал со смирением и сам же первый просил прощения у обидчика. «Прости меня, раб Божий, прости меня, грешного», – говорил он при этом.
Друг, сподвижник и ученик преподобного Евфросина, он ежедневно открывал учителю свои помыслы, как больной показывает врачу свои раны. Все уставы и иноческие правила, которые вводил Евфросин, твердо и строго соблюдал Серапион. Дорожа каждой свободной минутой, он уходил в свою келлию и предавался молитве, пению псалмов или чтению Божественного Писания. Случалось, что в монастырь приходили христолюбцы, городские благотворители, и после общей трапезы устраивалась беседа, в которой принимали участие вместе с преподобным Евфросином и остальные братия. Но Серапион, любя подвиг уединения и молчания, тотчас после трапезы уходил в свою келлию, самую худшую, самую темную в монастыре, в которой ничего не было кроме святых икон. Здесь он слезно молился о всех требующих Божией помощи и благотворителях святой обители. Изнуряя плоть свою, преподобный не довольствовался келейными подвигами, но часто по ночам выходил на болотные места или на источник к часовне и здесь, полуобнажившись, предавал плоть свою на съедение комарам и оводам.
Строго соблюдая устав своего учителя, данный Трехсвятительской обители, преподобный Серапион никогда не пропускал Божественной службы; ранее всех из братии приходил в храм и последним оставлял его. Особенно любил он молитву церковную и предпочитал ее келейной, преподобный говорил обыкновенно: «Двенадцать псалмов, пропетых в келлии, не могут равняться единожды пропетой в храме краткой молитве: «Господи, помилуй!».
Отрекшись от всех благ земных, изнуряя воздержанием плоть свою, преподобный Серапион не только никогда не принимал сладкой или вкусной пищи, но и скудную пищу употреблял лишь в той мере, сколько требовалось ее для поддержания жизни. Одеждой подвижника было ветхое, разодранное рубище, едва прикрывавшее его наготу. И до тех пор носил он это рубище, пока оно, совершенно истлевши, не спадало с его плеч. Чтобы не видеть своего тела, святой никогда не обнажал его и не только не ходил в баню, но даже и не умывал водою лица и рук. В свою келлию преподобный никогда не допускал женщин, и если случалось где-нибудь встречаться с ними, он не смотрел на них, не разговаривал, старался скорее уйти, чтобы и мыслью не согрешить пред Богом. Так поступал он, в строгости исполняя предписания устава преподобного Евфросина.
От непрерывных подвигов и воздержания преподобный однажды тяжело заболел и целых 12 дней находился между жизнью и смертью. Но от тяжелых страданий чудесно его избавил явившийся ему преподобный Онуфрий (память 12/25 июня), во имя которого был устроен придел в монастырском храме. «Я пришел к тебе, чадо, на помощь, чтобы ты еще более утвердился в подвигах и делах Божиих», – сказал явившийся чудотворец наделенному.