В печали новгородцы молились Богу и Пречистой Богородице о спасении города. В третью ночь святитель Иоанн, когда он молился перед образом Спасителя, услышал голос, повелевший идти в церковь Спасителя на Ильине улице, взять икону Пресвятой Богородицы и поставить ее на острове. Наутро святитель рассказал собору о повелении и послал архидиакона с клириками Софийской церкви за иконой. Войдя в церковь, архидиакон поклонился пред иконой и хотел взять ее, но икона не двигалась. Архидиакон вернулся к архиепископу и рассказал о случившемся. Тогда святитель со всем собором пришел в Ильину церковь и коленях начал молиться пред иконой: «О Премилостивая Госпоже, Дево Богородице, Ты – упование, надежда и заступница нашему городу. Ты – стена, покров и прибежище всех христиан, посему и мы, грешные, надеемся на Тебя; молись, Госпоже, Сыну Твоему и Богу нашему за город наш, не предай нас в руки врагов за грехи наши, но услыши плач и воздыхание людей Твоих, пощади нас, как некогда пощадил ниневитян Сын Твой за их покаяние, яви и на нас Свою милость, Владычице».
Окончив молитву, святитель начал молебен, и когда клир воспел кондак: «Предстательство христиан непостыдное», внезапно честная икона Пресвятой Богородицы двинулась сама собой. Весь народ, видя такое поразительное чудо, единогласно воскликнул: «Господи, помилуй!» А святейший архиепископ, взяв в руки честную икону и благоговейно облобызав ее, отправился с народом, совершая молебное пение, поднял икону на городскую стену и поставил ее против врагов. В то время неприятели стали все сильнее теснить город, пуская на него тучу стрел. В шестом часу вечера начался приступ, стрелы сыпались дождем. Тогда Божиим Промыслом икона обратилась ликом к городу, и из глаз Пресвятой Богородицы потекли слезы, которые святитель собрал в фелонь. Тьма, словно пепел, покрыла суздальцев, они начали слепнуть и с ужасом отступили. Это было 25 февраля 1170 года. Святитель Иоанн установил в честь этого торжественный праздник для Новгорода – Знамение Пресвятой Богородицы (празднование 27 ноября/10 декабря).
В одно время святой Иоанн вел духовную беседу с честными мужами – с игуменами, священниками и благочестивыми гражданами, он рассказывал жития святых, говорил много о душеполезных подвигах и между прочим сообщил о своей поездке в Иерусалим, но не называл самого себя, а как будто говорил о ком-либо другом. «Я, – сказал он, – знаю такого человека, который в одну ночь из Новгорода достиг до Иерусалима: поклонившись Гробу Господню и Животворящему Древу Креста Господня, он снова в ту же самую ночь вернулся в Новгород: во время своего путешествия он ездил на бесе, которого он связал своем запрещением, сделав его как бы пленником своим…»
Слушатели сильно удивлялись сему рассказу святого, а диавол скрежетал зубами своими на архиепископа, говоря: «Так как ты рассказал тайну, то наведу на тебя искушение, что будешь ты осужден своими гражданами как блудник».
И с того времени бес, Божиим попущением, начал действительно строить свои коварные козни святителю, стараясь лишить его доброго имени. Он показывал людям которые во множестве приходили к Иоанну просить благословения, в келлии святого разные видения: то женскую обувь, то ожерелья, то какие-либо женские одежды. Приходящие к архиепископу люди, видя сие, сильно смущались и, толкуя между собой о виденном, говорили друг с другом, что человеку-блуднику недостойно занимать апостольский престол. Однажды, когда большая толпа горожан, возбужденная завистливыми и недоброжелательными людьми, собралась у келлии святого, бес превратился в девицу, которая побежала перед народом, как бы удаляясь из келлии блаженного. Видевшие сие закричали и погнались было за девицей, чтобы схватить ее, но бес убежал за келлию святого и стал невидим. Услышав народный крик и шум, святитель вышел из келлии и спросил собравшихся: «Что случилось, дети моя, о чем вы шумите?» Раздраженная толпа, выкрикивая разные обвинения в порочной жизни святителя, повлекла его к реке Волхов. Святителя посадили на плот и пустили вниз по течению реки, рассчитывая избавиться от него. Но плот, вопреки ожиданию, поплыл против течения прямо к мужскому Юрьеву монастырю, находившемуся в трех верстах от Новгорода. Видя это, люди раскаялись и с плачем и криком устремились в город. Сердце простодушного архипастыря было переполнено благодатной радостью не столько за себя, сколько за свою паству. «Господи, не вмени им этого во грех!» – молился он и всем даровал прощение.